PDB-9bvf: Identification of multiple ligand hotspots on SOS2, compound 6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bvf

タイトル

Identification of multiple ligand hotspots on SOS2, compound 6

要素

Son of sevenless homolog 2

キーワード

SIGNALING PROTEIN / small molecule complex crystal structure / SOS2 / guanosine nucleotide exchange factor / RAS-activator / oncogenes / inhibitor of SOS-mediated guanosine nucleotide exchange

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of pro-B cell differentiation / regulation of T cell differentiation in thymus / Interleukin-15 signaling / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / Activation of RAC1 / NRAGE signals death through JNK / B cell homeostasis / regulation of T cell proliferation / RAC1 GTPase cycle / guanyl-nucleotide exchange factor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.822 Å

データ登録者

Phan, J. / Fesik, S.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Discovery of Small Molecules that Bind to Son of Sevenless 2 (SOS2).
著者: Zak, K.M. / Waterson, A.G. / Geist, L. / Braun, N. / Hauer, K. / Rumpel, K. / Ramharter, J. / Stadtmueller, H. / Wolkerstorfer, B. / Schoenbauer, D. / Cui, J. / Phan, J. / Abbott, J.R. / ...

履歴

登録	2024年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bvf.cif.gz	227.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bvf.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bvf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9bvf_validation.pdf.gz	770.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9bvf_full_validation.pdf.gz	772.5 KB	表示
XML形式データ	9bvf_validation.xml.gz	25.9 KB	表示
CIF形式データ	9bvf_validation.cif.gz	37.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/9bvf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/9bvf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9bveC 9bviC 9ginC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (23) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (3) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Son of sevenless homolog 2

ヘテロ分子

61 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.016, 86.246, 107.238
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Son of sevenless homolog 2 / SOS-2 分子量: 60492.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07890
#2: 化合物	ChemComp-A1ASX / 4-({4-[(3S)-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]quinazolin-2-yl}amino)phenol 分子量: 349.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₃N₅O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.93 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 22% PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane, pH 7.5, 200 mM sodium sulfate, 5% glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.978 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.822→50 Å / Num. obs: 52763 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.091 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.099 / Χ²: 1.008 / Net I/σ(I): 9.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.83-1.86	6.5	1.04	2621	0.659	0.891	0.44	1.131	1.064	100
1.86-1.9	6.6	0.856	2580	0.773	0.934	0.359	0.929	1.094	100
1.9-1.93	6.7	0.707	2594	0.813	0.947	0.294	0.766	1.074	100
1.93-1.97	6.7	0.604	2619	0.867	0.964	0.251	0.655	1.103	100
1.97-2.01	6.7	0.473	2598	0.906	0.975	0.197	0.512	1.084	100
2.01-2.06	6.8	0.362	2603	0.949	0.987	0.15	0.392	1.091	100
2.06-2.11	6.7	0.308	2619	0.957	0.989	0.128	0.334	1.089	100
2.11-2.17	6.8	0.263	2590	0.969	0.992	0.109	0.285	1.078	100
2.17-2.23	6.8	0.231	2625	0.974	0.993	0.096	0.25	1.05	100
2.23-2.31	6.8	0.2	2601	0.978	0.994	0.083	0.217	1.055	100
2.31-2.39	6.8	0.174	2612	0.98	0.995	0.072	0.189	1.01	100
2.39-2.48	6.8	0.153	2642	0.986	0.997	0.064	0.166	1.031	100
2.48-2.6	6.8	0.134	2628	0.988	0.997	0.056	0.145	1.052	100
2.6-2.73	6.7	0.118	2624	0.99	0.997	0.049	0.128	1.004	100
2.73-2.9	6.7	0.11	2663	0.99	0.997	0.046	0.12	1.061	100
2.9-3.13	6.7	0.113	2635	0.988	0.997	0.047	0.122	1.067	99.9
3.13-3.44	6.7	0.108	2656	0.989	0.997	0.045	0.117	1	100
3.44-3.94	6.4	0.084	2695	0.991	0.998	0.036	0.091	0.971	99.7
3.94-4.97	6.5	0.064	2705	0.995	0.999	0.027	0.07	0.826	99.9
4.97-50	6.2	0.044	2853	0.998	0.999	0.019	0.048	0.345	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.822→31.508 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2132	2000	3.8 %
R_work	0.1787	-	-
obs	0.1801	52675	99.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.822→31.508 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3919	0	35	405	4359

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4134
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.807	5592
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.379	2552
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	600
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	721

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8224-1.868	0.3297	133	0.2899	3393	X-RAY DIFFRACTION	94
1.868-1.9185	0.3226	142	0.2511	3582	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9185-1.9749	0.2915	142	0.2348	3594	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9749-2.0386	0.2477	141	0.2137	3572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0386-2.1115	0.2624	142	0.2033	3598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1115-2.196	0.2687	141	0.1989	3595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.196-2.2959	0.2007	143	0.1894	3614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2959-2.4169	0.2292	143	0.1902	3617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4169-2.5683	0.241	143	0.1916	3607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5683-2.7665	0.2439	143	0.191	3634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7665-3.0447	0.2385	143	0.1903	3643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0447-3.4848	0.2161	145	0.1845	3668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4848-4.3885	0.1758	146	0.15	3693	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3885-31.5	0.1768	153	0.1555	3865	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0651	0.4645	-0.2752	0.6701	0.4795	1.4497	-0.1677	0.1361	-0.0371	-0.3235	0.1221	-0.0397	-0.0398	0.1752	-0.0043	0.3841	-0.0003	-0.0342	0.3675	-0.0324	0.3098	-19.2313	-17.4548	-30.4923
2	3.1579	1.1555	0.1192	3.8055	0.7038	2.5656	0.0738	-0.0224	-0.0729	0.1556	-0.109	0.0656	0.1482	-0.0993	0.0059	0.2267	0.017	0.005	0.2149	-0.0138	0.1935	-17.3294	-13.5486	-14.307
3	8.223	1.7208	2.677	0.4774	0.7637	1.1095	0.359	-0.8606	-0.9554	0.1381	-0.2643	-0.3096	0.1512	-0.3091	-0.1326	0.5225	-0.0362	-0.0277	0.3942	0.112	0.4129	-2.6546	-15.5466	2.9483
4	2.4678	1.0468	0.2372	1.9314	0.1969	0.9129	0.0542	0.0778	-0.0316	-0.0002	-0.004	0.0388	0.1158	0.006	0.0193	0.2258	0.0189	0.0091	0.1794	-0.0063	0.1889	22.3156	6.2438	-8.1137
5	8.0384	0.585	4.2979	3.5702	-0.2063	6.0084	-0.0211	0.9713	0.4331	-0.5166	0.1006	-0.0729	-0.0995	0.2788	-0.0629	0.3659	-0.0469	0.0752	0.3584	0.0189	0.3249	-2.4015	-2.9016	-25.0995
6	2.3225	-0.4319	0.2186	3.413	-0.8758	1.919	0.1062	-0.2214	-0.1572	0.4461	-0.0448	0.1297	0.0592	-0.275	-0.0758	0.3164	-0.0281	0.0528	0.3701	0.015	0.2619	17.3521	4.849	2.8585
7	3.4014	-1.3963	1.6845	3.6367	-1.3189	2.6371	-0.1286	0.0387	0.3401	0.0968	-0.0567	-0.3709	-0.3787	0.0617	0.1863	0.3291	-0.0227	0.0314	0.2875	-0.0342	0.3298	32.8458	21.0871	-4.7249

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -27 through 602 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 603 through 725 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 726 through 762 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 763 through 944 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 945 through 976 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 977 through 1003 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1004 through 1045 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)