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- PDB-9bve: Identification of multiple ligand hotspots on SOS2, compound 9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bve
タイトルIdentification of multiple ligand hotspots on SOS2, compound 9
要素Son of sevenless homolog 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / small molecule complex crystal structure / SOS2 / guanosine nucleotide exchange factor / RAS-activator / oncogenes / inhibitor of SOS-mediated guanosine nucleotide exchange
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of pro-B cell differentiation / regulation of T cell differentiation in thymus / Interleukin-15 signaling / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / Activation of RAC1 / NRAGE signals death through JNK / regulation of T cell proliferation / B cell homeostasis / RAC1 GTPase cycle / guanyl-nucleotide exchange factor activity ...regulation of pro-B cell differentiation / regulation of T cell differentiation in thymus / Interleukin-15 signaling / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / Activation of RAC1 / NRAGE signals death through JNK / regulation of T cell proliferation / B cell homeostasis / RAC1 GTPase cycle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / insulin receptor signaling pathway / G alpha (12/13) signalling events / Ras protein signal transduction / protein heterodimerization activity / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain ...Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / : / SOS1/NGEF-like PH domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Histone-fold / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Son of sevenless homolog 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Phan, J. / Fesik, S.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Lustgarten Foundation 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Discovery of Small Molecules that Bind to Son of Sevenless 2 (SOS2).
著者: Zak, K.M. / Waterson, A.G. / Geist, L. / Braun, N. / Hauer, K. / Rumpel, K. / Ramharter, J. / Stadtmueller, H. / Wolkerstorfer, B. / Schoenbauer, D. / Cui, J. / Phan, J. / Abbott, J.R. / ...著者: Zak, K.M. / Waterson, A.G. / Geist, L. / Braun, N. / Hauer, K. / Rumpel, K. / Ramharter, J. / Stadtmueller, H. / Wolkerstorfer, B. / Schoenbauer, D. / Cui, J. / Phan, J. / Abbott, J.R. / Sarkar, D. / Hodges, T.R. / Arnold, A. / Sensintaffar, J.L. / Fesik, S.W. / Kessler, D.
履歴
登録2024年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Son of sevenless homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8832
ポリマ－60,4921
非ポリマー3911
水4,540252
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area25700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.234, 86.349, 106.587
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Son of sevenless homolog 2 / SOS-2


分子量: 60492.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07890
#2: 化合物 ChemComp-A1ASY / N-(1H-indol-5-yl)-4-[4-(propan-2-yl)piperazin-1-yl]-5,6,7,8-tetrahydroquinazolin-2-amine


分子量: 390.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H30N6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.66 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 22% PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane, pH 7.5, 200 mM sodium sulfate, 5% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→50 Å / Num. obs: 28277 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 1.83→1.86 Å / 冗長度: 1.9 % / Num. unique obs: 2621 / CC1/2: 0.66

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
SAINTデータスケーリング
SAINTデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→17.939 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3053 1143 5.01 %
Rwork0.254 --
obs0.2565 22815 95.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→17.939 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3912 0 29 255 4196
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044084
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6085524
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1372535
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04596
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004713
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.5090.37271290.32272449X-RAY DIFFRACTION89
2.509-2.64080.38661420.31872698X-RAY DIFFRACTION97
2.6408-2.80570.34731430.31122702X-RAY DIFFRACTION97
2.8057-3.02140.36411450.30722745X-RAY DIFFRACTION99
3.0214-3.32370.3451440.31042741X-RAY DIFFRACTION98
3.3237-3.80070.29781380.27782641X-RAY DIFFRACTION93
3.8007-4.77350.2761450.20542758X-RAY DIFFRACTION97
4.7735-17.9390.24041570.18132938X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2120.12330.59151.16420.74861.3882-0.00130.0877-0.0275-0.3226-0.14280.1215-0.02220.05060.15920.26820.0315-0.04190.3901-0.03310.2811-17.6463-16.0572-27.5865
21.6490.53120.27362.31730.28642.55890.0794-0.08560.01360.0019-0.14870.14680.2757-0.26220.00670.24760.01330.02170.2124-0.02330.2081-21.8107-17.0962-15.6277
31.90330.16250.99120.36090.22250.22350.2615-0.3978-0.34470.6282-0.28520.1587-0.0072-0.1013-0.00620.5374-0.06230.03730.30870.02290.3341-8.3809-11.52820.253
43.18941.39850.2942.2622-0.20440.83970.0338-0.03510.06790.11210.0080.09770.0253-0.0446-0.03840.20610.00640.01340.1748-0.02040.187322.42438.3785-4.6854
52.42770.38970.33921.9067-0.38561.2590.00540.7258-0.0929-0.14480.10070.0630.49810.0067-0.05240.37620.01530.02360.3101-0.03030.254522.43280.1627-18.0965
62.7920.8321.22933.34311.23844.12490.2671.14420.5605-0.6408-0.1237-0.5789-0.05690.6372-0.33320.3894-0.04910.09010.43740.05890.3918-2.4681-3.0923-24.9248
71.3816-0.5322-0.19413.21820.17290.95220.15470.0391-0.39610.2068-0.16290.36540.1105-0.20180.03560.2725-0.0281-0.00850.3818-0.00410.292917.46624.8472.7865
81.9033-0.55150.57421.85950.06421.94590.0759-0.08740.44-0.0108-0.0809-0.4185-0.2764-0.04360.01830.3455-0.08570.06940.34510.05170.332433.119121.3517-5.1895
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -4 through 622 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 623 through 701 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 702 through 762 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 763 through 896 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 897 through 945 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 946 through 976 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 977 through 1003 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 1004 through 1045 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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