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- PDB-9bvd: Crystal structure of SRY HMG box bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bvd
タイトルCrystal structure of SRY HMG box bound to DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*TP*AP*GP*TP*G)-3')
  • Sex-determining region Y protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA-complex / transcription factor / sex-determination / SRY / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of male gonad development / Transcriptional regulation of testis differentiation / sex differentiation / male sex determination / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / calmodulin binding ...positive regulation of male gonad development / Transcriptional regulation of testis differentiation / sex differentiation / male sex determination / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / calmodulin binding / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of gene expression / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor SRY / : / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Sex-determining region Y protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Georgiadis, M.M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Role of nucleobase-specific interactions in the binding and bending of DNA by human male sex determination factor SRY.
著者: Racca, J.D. / Chen, Y.S. / Brabender, A.R. / Battistin, U. / Weiss, M.A. / Georgiadis, M.M.
履歴
登録2024年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details / Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Sex-determining region Y protein
A: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*TP*AP*GP*TP*G)-3')
F: Sex-determining region Y protein
D: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*TP*AP*GP*TP*G)-3')
I: Sex-determining region Y protein
G: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*TP*AP*GP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,17511
ポリマ－62,0519
非ポリマー1242
水28816
1
C: Sex-determining region Y protein
A: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*TP*AP*GP*TP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6843
ポリマ－20,6843
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area10580 Å2
手法PISA
2
F: Sex-determining region Y protein
D: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*TP*AP*GP*TP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6843
ポリマ－20,6843
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4080 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area10430 Å2
手法PISA
3
I: Sex-determining region Y protein
G: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*TP*AP*GP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8085
ポリマ－20,6843
非ポリマー1242
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.506, 91.226, 73.756
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.390, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Sex-determining region Y protein / Testis-determining factor


分子量: 9940.705 Da / 分子数: 3 / 断片: HMG box, residues 59-136 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRY, TDF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05066
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*G)-3')


分子量: 5233.395 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*TP*AP*GP*TP*G)-3')


分子量: 5509.594 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M KCl, 0.1M Mg(OAc)2, 0.05M MES 6.5, 8% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→57.09 Å / Num. obs: 26500 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 68.03 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 91922
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.48-2.613.50.4161363338880.9460.260.4922.599
7.83-57.093.30.03128788670.9960.020.03824.396.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.19_4092精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Y60

4y60


解像度: 2.48→35.38 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2348 1317 4.99 %
Rwork0.1995 25101 -
obs0.2012 26418 97.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 184.56 Å2 / Biso mean: 94.1168 Å2 / Biso min: 57.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.48→35.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1929 2057 8 16 4010
Biso mean--143.35 82.2 -
残基数----320
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.48-2.580.33791550.32452757291299
2.58-2.690.33131540.30422789294398
2.69-2.830.3451470.31472744289197
2.84-3.010.3871410.31432779292098
3.01-3.250.24841460.22592801294798
3.25-3.570.22751360.20392800293698
3.57-4.090.23911430.19572790293398
4.09-5.150.21051360.17012842297899
5.15-35.380.19531590.16032799295897
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2083-1.54930.69755.7472-0.60912.3628-0.32220.08040.2874-0.62660.07970.2215-0.2315-0.06370.11280.6031-0.0256-0.03770.66940.05860.752428.4892-4.981559.0291
22.223-0.60741.39841.10210.54312.0005-0.0497-0.504-0.4250.3143-0.08650.0411-0.0579-0.01940.1970.77680.05110.06830.75020.07510.754930.9238-16.924672.4653
35.9352-2.4887-3.38199.5079-5.05946.9213-1.5215-1.3122-0.71571.8211.7191-0.36891.3867-0.6546-0.10671.41980.36340.33621.2423-0.05951.750310.46623.458974.4892
43.43891.3679-0.86611.3071-0.64084.1394-0.0619-0.5389-0.67180.07610.09181.60330.3816-1.3577-0.12780.7209-0.07460.12720.95380.09251.281416.6549-16.147564.9565
51.91480.15841.47225.8978-0.92486.1889-1.13720.6715-1.1449-0.821-0.0842-0.2923-0.24810.76861.5171.2677-0.42550.20411.2040.06451.72513.4153-29.183162.3258
63.0626-1.5025-0.61162.8762-2.12582.61460.25190.030.1654-0.0080.3191.2344-0.4562-1.1045-0.49350.67310.17040.10240.9530.07731.264616.007-2.387766.7734
73.21231.19481.6024.1851-0.71181.97040.06260.18730.4238-0.90320.04291.06310.2232-0.15550.03540.6268-0.0782-0.08610.62270.12650.662833.10278.780783.071
82.3303-0.71240.476.22942.04081.48930.2499-0.0737-0.22440.72230.103-1.92920.29830.2896-0.39320.84770.0638-0.01950.78350.00770.659642.13364.726785.744
97.0412-0.6729-1.15714.03790.02465.58150.2824-0.56770.7122-0.88160.09760.7927-0.4872-0.3345-0.06720.72010.0074-0.02810.63420.02461.019830.201322.515382.4586
105.2349-2.982.7466.4005-2.11942.0587-0.41940.72670.12540.13830.32431.15180.305-1.42110.26430.75230.06060.25021.3020.05831.34419.933120.264298.2483
113.14690.57730.01096.3646-2.15365.35840.0959-0.32061.5173-1.50990.64952.3534-0.0184-0.4384-0.79121.4771-0.40040.23951.20780.36321.359621.108-7.574998.4808
128.17294.044-0.7762.5675-2.19885.63621.7038-2.96660.3032.1944-1.86881.43461.898-0.3580.02381.3986-0.3206-0.04920.9048-0.03090.850235.61944.912995.7641
132.9103-0.341-0.94472.2870.96044.00630.5155-0.39860.54171.26430.29210.4345-0.5237-0.4494-0.68631.0884-0.02820.33610.883-0.12610.902731.610421.855102.6721
140.7888-1.4767-1.57735.78680.43994.15510.1443-0.26950.13170.75910.8027-0.9093-0.4899-0.2074-0.74741.03450.06830.22360.8605-0.12831.009633.717118.4774101.7165
151.8687-0.7355-2.27133.6671-2.53157.27230.1421-0.7116-0.4595-0.03130.1010.63991.37171.5553-0.25061.2319-0.25850.06711.17160.32020.841829.5342-4.519795.1601
164.5122-1.47420.95585.9022-1.03933.12980.6376-0.032-0.766-1.1250.3062-0.42540.71550.0908-0.74430.6909-0.1119-0.06030.6231-0.15480.563351.836-18.901884.4801
176.65080.8261-0.0617.7359-5.91584.59020.0508-0.75540.69250.5415-0.20460.3053-2.6747-0.2381-0.16810.9382-0.01130.07330.7564-0.09740.80945.1366-4.344583.5596
181.41151.2435-0.83335.75760.43813.4068-0.2677-0.0455-0.21820.10540.3472-0.62130.16850.1113-0.00160.6162-0.0183-0.0760.666-0.06810.662950.024-26.269186.7959
193.1259-1.5798-0.79663.3493-0.62140.65320.11360.2422-0.08710.4485-0.1494-1.5795-0.0904-0.0995-0.170.8944-0.1558-0.31181.6462-0.13531.403366.7836-25.9014100.0398
203.4263.35270.41846.05520.30624.24860.5675-1.59270.96841.571-0.5795-1.7342-0.68130.7608-0.19471.0773-0.1441-0.20.932-0.26581.345354.802-9.749596.5324
210.55030.054-0.34182.62630.25370.2270.6611-1.8762-1.15761.1530.9567-1.32950.1-0.08810.13411.43040.2176-0.65241.52860.07310.89856.044-29.5391107.9748
221.2707-2.46970.83755.6601-0.70422.0184-0.0834-0.8443-0.62931.47511.00030.6574-0.01030.0471-0.65851.43330.1496-0.40310.89190.15331.251552.282-25.5683104.5529
232.63920.14341.92585.30240.62794.66970.2215-1.37030.97291.5515-0.9828-0.0396-1.2109-1.45770.51391.213-0.3019-0.00961.1879-0.62621.633355.1345-2.747193.8873
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 4 through 47 )C4 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 48 through 77 )C48 - 77
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 0 through 4 )A0 - 4
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 5 through 16 )A5 - 16
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 0 through 4 )B0 - 4
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 5 through 16 )B5 - 16
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'F' and (resid 5 through 27 )F5 - 27
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'F' and (resid 28 through 47 )F28 - 47
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'F' and (resid 48 through 68 )F48 - 68
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'F' and (resid 69 through 77 )F69 - 77
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 0 through 4 )D0 - 4
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 5 through 9 )D5 - 9
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 10 through 16 )D10 - 16
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 0 through 9 )E0 - 9
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 10 through 16 )E10 - 16
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'I' and (resid 6 through 26 )I6 - 26
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'I' and (resid 27 through 31 )I27 - 31
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'I' and (resid 32 through 67 )I32 - 67
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'I' and (resid 68 through 77 )I68 - 77
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'G' and (resid 1 through 10 )G1 - 10
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'G' and (resid 11 through 16 )G11 - 16
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'H' and (resid 0 through 9 )H0 - 9
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'H' and (resid 10 through 16 )H10 - 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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