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- PDB-9bv4: NMR Solution Structure of Excelsatoxin A in DPC micelles -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bv4
タイトルNMR Solution Structure of Excelsatoxin A in DPC micelles
要素Excelsatoxin A
キーワードTOXIN
機能・相同性: / sodium channel regulator activity / defense response / toxin activity / extracellular region / Excelsatoxin A
機能・相同性情報
生物種Dendrocnide excelsa (植物)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Saipriyaa, P.V. / Chin, Y.K. / Mehdi, M.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC) オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NMR Solution Structure of Excelsatoxin A in DPC micelles.
著者: Saipriyaa, P.V. / Chin, Y.K. / Mehdi, M.
履歴
登録2024年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Excelsatoxin A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,8891
ポリマ－3,8891
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Excelsatoxin A / ExTxA


分子量: 3888.710 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dendrocnide excelsa (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DQP3
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
141isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
151isotropic13D 1H-15N NOESY
181isotropic13D CBCA(CO)NH
171isotropic13D HCACO
161isotropic13D HN(CA)CB
191isotropic13D HNCO
1101isotropic13D HBHA(CO)NH

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試料調製

詳細タイプ: micelle
内容: 300 uM [U-13C; U-15N] ExTxA, 5 % w/v DPC, 25 mM Bis Tris, 5 % v/v D2O, 95% H2O/5% D2O
詳細: ExTxA in DPC micelles, with D2O added / Label: 13C 15N / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMExTxA[U-13C; U-15N]1
5 % w/vDPCnatural abundance1
25 mMBis Trisnatural abundance1
5 % v/vD2Onatural abundance1
試料状態イオン強度: 25 mM / Label: Condition_1 / pH: 6.5 / 圧: 101325 Pa / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE NEO / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE NEO / 磁場強度: 900 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
XEASYBartels et al.peak picking
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
TALOS-NYang Shen and Ad Baxgeometry optimization
Rowland NMR Toolkit (RNMRTK)Rowland解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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