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万見
- PDB-9bv0: NMR structure of the Z0 CCHC zinc-finger of transcription repress... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bv0
タイトルNMR structure of the Z0 CCHC zinc-finger of transcription repressor Bcl11A
要素B-cell lymphoma/leukemia 11A
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / C2HC zinc finger / atypical zinc finger / protein interacting zinc finger / FOG-related / Bcl11A / transcription repressor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of neuron remodeling / transcription regulatory region nucleic acid binding / negative regulation of branching morphogenesis of a nerve / negative regulation of dendrite extension / negative regulation of protein homooligomerization / negative regulation of collateral sprouting / regulation of dendrite development / negative regulation of dendrite development / negative regulation of axon extension / cellular response to L-glutamate ...negative regulation of neuron remodeling / transcription regulatory region nucleic acid binding / negative regulation of branching morphogenesis of a nerve / negative regulation of dendrite extension / negative regulation of protein homooligomerization / negative regulation of collateral sprouting / regulation of dendrite development / negative regulation of dendrite development / negative regulation of axon extension / cellular response to L-glutamate / positive regulation of collateral sprouting / paraspeckles / ALK mutants bind TKIs / SWI/SNF complex / protein sumoylation / transcription coregulator activity / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear matrix / positive regulation of neuron projection development / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / negative regulation of neuron projection development / postsynapse / DNA-binding transcription factor binding / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
B-cell lymphoma/leukemia 11A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Alexandrescu, A.T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NMR structure of the Z0 CCHC zinc-finger of transcription repressor Bcl11A
著者: Alexandrescu, A.T.
履歴
登録2024年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-cell lymphoma/leukemia 11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,2202
ポリマ－3,1551
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 60structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質・ペプチド B-cell lymphoma/leukemia 11A / BCL-11A / B-cell CLL/lymphoma 11A / COUP-TF-interacting protein 1 / Ecotropic viral integration ...BCL-11A / B-cell CLL/lymphoma 11A / COUP-TF-interacting protein 1 / Ecotropic viral integration site 9 protein homolog / EVI-9 / Zinc finger protein 856


分子量: 3154.750 Da / 分子数: 1 / 断片: B0 atypical C2HC zinc-finger domain, residues 46-72 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H165
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
121isotropic12D 1H-1H TOCSY
232isotropic12D 1H-1H NOESY
242isotropic12D 1H-1H NOESY
252isotropic12D 1H-1H TOCSY
262isotropic12D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution140 uM Bcl11A-Z0, 600 uM Zn2+, 90% H2O/10% D20H2O samplesample_190% H2O/10% D20
solution240 uM Bcl11A-Z0, 600 uM Zn2+, 100% D20D2O samplesample_2100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
40 uMBcl11A-Z0natural abundance1
600 uMZn2+natural abundance1
40 uMBcl11A-Z0natural abundance2
600 uMZn2+natural abundance2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpHPH err圧 (kPa)温度 (K)
10.6 mMsample_16.3 0.11 atm298 K
20.6 mMsample_25.8 pD0.11 atm298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: cryogenic probe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr Analysis2.5.2CCPNchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIH3.8Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
CcpNmr Analysis2.5.2CCPNpeak picking
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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