+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9bun | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | RhoBAST aptamer RNA in complex with 5(6)-carboxytetramethylrhodamine | |||||||||
要素 | RNA (48-MER) | |||||||||
キーワード | RNA / aptamer / fluorophore / dye / TAMRA | |||||||||
機能・相同性 | 5-carboxy methylrhodamine / IRIDIUM HEXAMMINE ION / RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Batey, R.T. / Siwik, S.H. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of RhoBAST RNA aptamer in complex with 5(6)-carboxytetramethylrhodamine (TAMRA) 著者: Batey, R.T. / Siwik, S.H. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9bun.cif.gz | 140.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb9bun.ent.gz | 109.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9bun.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9bun_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 9bun_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9bun_validation.xml.gz | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9bun_validation.cif.gz | 24.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/9bun ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/9bun | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
---|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
2 |
| |||||||||
3 |
| |||||||||
4 |
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 15586.393 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-IRI / #3: 化合物 | ChemComp-FH8 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.8 % / 解説: elongated prism |
---|---|
結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 40 mM sodium cacodylate, 12 mM sodium chloride, 80 mM potassium chloride, 5% MPD, 20 mM spermine tetrahydrochloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.0972 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0972 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→44.45 Å / Num. obs: 58528 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 64.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.013 / Rrim(I) all: 0.103 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 34.2 / Num. measured all: 3750599 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 46.3 % / Rmerge(I) obs: 8.15 / Num. measured all: 188221 / Num. unique obs: 4067 / CC1/2: 0.319 / Rpim(I) all: 1.18 / Rrim(I) all: 8.239 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I) obs: 0.6 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→44.236 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.26 / 立体化学のターゲット値: MLHL
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.236 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|