PDB-9buf: Hydrolase domain of Chitinase 1 from Streptomyces venezuelae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9buf

タイトル

Hydrolase domain of Chitinase 1 from Streptomyces venezuelae

要素

Exochitinase 1

キーワード

HYDROLASE / chitinase / exochitinase / GH18 / hydrolase domain

機能・相同性

機能・相同性情報

chitinase / polysaccharide binding / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces venezuelae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Dalton, J.A.T. / Smith, O.B. / Frkic, R.L. / Jackson, C.J.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Hydrolase domain of Chitinase 1 from Streptomyces venezuelae
著者: Dalton, J.A.T. / Smith, O.B. / Frkic, R.L. / Jackson, C.J.

履歴

登録	2024年5月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9buf.cif.gz	237.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9buf.ent.gz	189.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9buf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9buf_validation.pdf.gz	446.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9buf_full_validation.pdf.gz	447.9 KB	表示
XML形式データ	9buf_validation.xml.gz	32.4 KB	表示
CIF形式データ	9buf_validation.cif.gz	45.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/9buf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/9buf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Exochitinase 1

B: Exochitinase 1

ヘテロ分子

65.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Exochitinase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
32.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Exochitinase 1

登録者が定義した集合体
32.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.529, 54.769, 144.421
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.13, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-553- HOH
2	1	A-571- HOH
3	1	A-722- HOH

#1: タンパク質	Exochitinase 1 分子量: 32656.680 Da / 分子数: 2 / 断片: hydrolase domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (バクテリア) 株: ATCC 10712 / 遺伝子: SVEN_2589 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F2R3N3
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 545 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.56 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 30 % (w/v) PEG 2000 MME, 0.2 M Ammonium sulphate, 0.1 M Sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→41.57 Å / Num. obs: 61279 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.244 / R_pim(I) all: 0.101 / R_rim(I) all: 0.264 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 416395
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 2.302 / Num. measured all: 23362 / Num. unique obs: 3341 / CC_1/2: 0.504 / R_pim(I) all: 0.929 / R_rim(I) all: 2.485 / Χ²: 0.91 / Net I/σ(I) obs: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→41.57 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.232	3160	5.16 %
R_work	0.1947	-	-
obs	0.1967	61231	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→41.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4307	0	14	545	4866

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.884
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.694	635
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	701
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	789

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.78	0.3478	127	0.2974	2535	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.8	0.3067	115	0.2954	2504	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.83	0.3437	132	0.295	2514	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.87	0.3419	132	0.2746	2527	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.9	0.2768	133	0.2679	2519	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.94	0.3205	133	0.2475	2530	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.98	0.3193	137	0.2385	2497	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.02	0.239	157	0.2228	2496	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.06	0.2866	135	0.2178	2483	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.12	0.2945	143	0.2153	2511	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.17	0.2565	135	0.2099	2509	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.24	0.2468	146	0.1985	2505	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.31	0.2332	129	0.1947	2525	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.39	0.2986	101	0.197	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.49	0.2412	125	0.1989	2555	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.6	0.2628	141	0.1978	2506	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.74	0.228	164	0.1904	2520	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.91	0.2377	144	0.1917	2493	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.13	0.2361	152	0.1971	2524	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.45	0.2042	184	0.1824	2477	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.95	0.2186	119	0.168	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
3.95-4.97	0.1571	145	0.1379	2546	X-RAY DIFFRACTION	99
4.98-41.57	0.1544	131	0.1588	2633	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8047	0.8707	0.7849	4.3917	0.2269	1.8848	-0.0946	-0.0116	0.1657	0.2196	0.1179	0.1528	-0.2914	-0.2947	-0.0217	0.2169	0.044	-0.0213	0.163	0.0174	0.0796	-23.6477	-16.9259	-18.6595
2	1.2327	0.4774	0.1961	0.6944	-0.0992	1.1509	-0.0899	-0.2384	0.1815	0.363	-0.0037	-0.0167	-0.3315	-0.0827	0.092	0.3777	0.0325	-0.0612	0.1643	-0.0211	0.1694	-15.4115	-16.6177	-6.5532
3	2.3212	-1.2534	0.0005	1.5936	-0.0378	2.2833	-0.1398	-0.1915	0.1199	0.2856	0.0375	-0.0252	-0.1786	-0.0079	0.0822	0.3003	-0.0079	-0.0683	0.1528	-0.0201	0.1273	-13.6634	-26.6765	-0.6772
4	0.9367	-0.163	0.3791	0.9316	-0.2217	1.8789	-0.0281	-0.0039	-0.0485	-0.0247	0.0488	0.0464	0.0198	-0.1754	-0.0227	0.1709	-0.0038	-0.0278	0.1222	-0.0051	0.1204	-20.3045	-33.2396	-17.7879
5	2.7536	1.4633	0.1302	2.1074	0.1877	1.6459	0.0404	0.259	-0.0664	-0.1062	0.0865	-0.0879	0.0943	0.2628	-0.1292	0.1679	0.0481	-0.0069	0.24	-0.0424	0.1387	7.0159	-50.478	-37.6325
6	1.7916	0.2886	-0.6805	1.0267	-0.4293	1.7309	0.123	0.0707	-0.1611	-0.0811	-0.0061	-0.0063	0.2036	0.2074	-0.1114	0.2155	0.0378	-0.0675	0.1618	-0.051	0.1558	3.8311	-57.5014	-30.056
7	7.7322	-3.6791	-4.0232	3.7579	2.3629	4.1171	-0.1965	-0.2749	-0.4892	0.4127	0.155	0.0212	0.5051	0.2054	0.0148	0.3515	0.0073	-0.0812	0.1405	0.0021	0.1947	0.4446	-63.3957	-19.3393
8	1.2359	-0.2477	0.2052	2.9573	0.2292	1.3781	0.1355	-0.0056	-0.1036	0.2321	-0.0868	-0.0734	0.2053	0.0183	-0.0446	0.1926	-0.0107	-0.0343	0.1466	-0.0176	0.0996	3.2753	-47.8322	-17.0511
9	1.1804	-0.0588	0.5137	1.7084	-0.9165	3.0515	0.0578	0.081	0.0995	-0.0443	0.0162	-0.0609	0.0346	0.2368	-0.0557	0.1238	-0.0324	0.0079	0.1441	-0.0214	0.1326	9.77	-37.3008	-24.7921

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 14 through 38 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 39 through 115 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 116 through 149 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 150 through 309 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 15 through 69 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 70 through 132 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 133 through 149 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 150 through 201 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 202 through 309 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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