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- PDB-9bu4: Crystal structure of an MKP5 mutant, Y435W, in complex with an al... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bu4
タイトルCrystal structure of an MKP5 mutant, Y435W, in complex with an allosteric inhibitor
要素Dual specificity protein phosphatase 10
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / MKP5 / allosteric inhibitor / allosteric site / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of epithelium regeneration / MAP kinase phosphatase activity / protein tyrosine/threonine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / regulation of adaptive immune response / regulation of brown fat cell differentiation / negative regulation of epithelial cell migration / negative regulation of p38MAPK cascade / negative regulation of oligodendrocyte differentiation ...negative regulation of epithelium regeneration / MAP kinase phosphatase activity / protein tyrosine/threonine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / regulation of adaptive immune response / regulation of brown fat cell differentiation / negative regulation of epithelial cell migration / negative regulation of p38MAPK cascade / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / JUN kinase binding / negative regulation of JNK cascade / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / positive regulation of regulatory T cell differentiation / dephosphorylation / mitogen-activated protein kinase p38 binding / histone H2AXS139 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MAP kinase serine/threonine phosphatase activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / oligodendrocyte differentiation / phosphatase activity / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / stress-activated MAPK cascade / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / negative regulation of cell migration / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / negative regulation of epithelial cell proliferation / Negative regulation of MAPK pathway / response to lipopolysaccharide / signal transduction / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase phosphatase / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Rhodanese Homology Domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase phosphatase / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Rhodanese Homology Domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CJA / Dual specificity protein phosphatase 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Manjula, R. / Bennett, A.M. / Lolis, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)RO1 HL158876 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dynamic and structural insights into allosteric regulation on MKP5/DUSP10 a dual-specificity phosphatase
著者: Manjula, R. / Bennett, A.M. / Lolis, E.
履歴
登録2024年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity protein phosphatase 10
B: Dual specificity protein phosphatase 10
C: Dual specificity protein phosphatase 10
D: Dual specificity protein phosphatase 10
E: Dual specificity protein phosphatase 10
F: Dual specificity protein phosphatase 10
G: Dual specificity protein phosphatase 10
H: Dual specificity protein phosphatase 10
I: Dual specificity protein phosphatase 10
J: Dual specificity protein phosphatase 10
K: Dual specificity protein phosphatase 10
L: Dual specificity protein phosphatase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,45024
ポリマ－205,07512
非ポリマー4,37512
水37821
1
A: Dual specificity protein phosphatase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4542
ポリマ－17,0901
非ポリマー3651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dual specificity protein phosphatase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4542
ポリマ－17,0901
非ポリマー3651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Dual specificity protein phosphatase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4542
ポリマ－17,0901
非ポリマー3651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Dual specificity protein phosphatase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4542
ポリマ－17,0901
非ポリマー3651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Dual specificity protein phosphatase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4542
ポリマ－17,0901
非ポリマー3651
水181
タイプ名称対称操作数
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6
F: Dual specificity protein phosphatase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4542
ポリマ－17,0901
非ポリマー3651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Dual specificity protein phosphatase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4542
ポリマ－17,0901
非ポリマー3651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Dual specificity protein phosphatase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4542
ポリマ－17,0901
非ポリマー3651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Dual specificity protein phosphatase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4542
ポリマ－17,0901
非ポリマー3651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Dual specificity protein phosphatase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4542
ポリマ－17,0901
非ポリマー3651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: Dual specificity protein phosphatase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4542
ポリマ－17,0901
非ポリマー3651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: Dual specificity protein phosphatase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4542
ポリマ－17,0901
非ポリマー3651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.706, 55.801, 275.910
Angle α, β, γ (deg.)90.36, 93.82, 106.88
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Dual specificity protein phosphatase 10 / Mitogen-activated protein kinase phosphatase 5 / MAP kinase phosphatase 5 / MKP-5


分子量: 17089.617 Da / 分子数: 12 / 変異: Y435W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUSP10, MKP5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y6W6, protein-serine/threonine phosphatase, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-CJA / 3,3-dimethyl-1-{[9-(methylsulfanyl)-5,6-dihydrothieno[3,4-h]quinazolin-2-yl]sulfanyl}butan-2-one


分子量: 364.549 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20N2OS3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.58 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 3 M sodium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月26日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→137.6 Å / Num. obs: 69353 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.198 / Rpim(I) all: 0.118 / Rrim(I) all: 0.231 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 263309
反射 シェル解像度: 2.9→2.97 Å / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 1.802 / Num. measured all: 17476 / Num. unique obs: 4484 / CC1/2: 0.247 / Rpim(I) all: 1.056 / Rrim(I) all: 2.094 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I) obs: 0.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18_3845: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→42.73 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 30.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2662 3416 4.93 %
Rwork0.215 --
obs0.2175 69263 98.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→42.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13811 0 276 21 14108
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00814450
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98119647
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9991963
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062144
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082528
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.940.38691590.35282782X-RAY DIFFRACTION98
2.94-2.990.38061330.34362637X-RAY DIFFRACTION98
2.99-3.030.37471250.33022777X-RAY DIFFRACTION98
3.03-3.080.41861540.35352792X-RAY DIFFRACTION98
3.08-3.130.44711620.34972693X-RAY DIFFRACTION98
3.13-3.190.36771270.31712714X-RAY DIFFRACTION99
3.19-3.250.36081590.28682736X-RAY DIFFRACTION99
3.25-3.320.29751420.27382789X-RAY DIFFRACTION98
3.32-3.390.35391480.26582609X-RAY DIFFRACTION98
3.39-3.470.30211250.25842883X-RAY DIFFRACTION98
3.47-3.560.32541260.25512674X-RAY DIFFRACTION98
3.56-3.650.31071500.23772755X-RAY DIFFRACTION99
3.65-3.760.2611590.2142750X-RAY DIFFRACTION98
3.76-3.880.28091470.19812707X-RAY DIFFRACTION99
3.88-4.020.26061240.18952771X-RAY DIFFRACTION99
4.02-4.180.22871280.18242763X-RAY DIFFRACTION99
4.18-4.370.22831460.17772754X-RAY DIFFRACTION99
4.37-4.60.21031300.16122775X-RAY DIFFRACTION99
4.6-4.890.20851390.16012703X-RAY DIFFRACTION99
4.89-5.270.2051310.17572784X-RAY DIFFRACTION99
5.27-5.80.25051580.22744X-RAY DIFFRACTION99
5.8-6.630.28431370.21392777X-RAY DIFFRACTION99
6.63-8.340.23271360.20452764X-RAY DIFFRACTION99
8.35-42.730.20551710.16742714X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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