PDB-9bt7: Crystal structure of Chorismate Mutase from Mycobacterium tubercu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bt7

タイトル

Crystal structure of Chorismate Mutase from Mycobacterium tuberculosis in complex with the cyclic peptide inhibitor D1.3

要素

Cyclic peptide inhibitor D1.3
Secreted chorismate mutase

キーワード

ISOMERASE / Chorismate Mutase / Mycobacterium tuberculosis / cyclic peptide inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

salicylic acid biosynthetic process / chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Inglese, J.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)	1ZIATR000053	米国

引用

ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2025
タイトル: Active- and Allosteric-Site Cyclic Peptide Inhibitors of Secreted M. tuberculosis Chorismate Mutase.
著者: van Neer, R.H.P. / Dranchak, P.K. / Aitha, M. / Liu, L. / Carlson, E.K. / Jacobsen, I.E. / Battaile, K. / Fang, Y. / Tao, D. / Rai, G. / Padia, J. / Lovell, S. / Suga, H. / Inglese, J.

履歴

登録	2024年5月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bt7.cif.gz	161 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bt7.ent.gz	125.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bt7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/9bt7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/9bt7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9bt3C 9bt6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Secreted chorismate mutase

B: Secreted chorismate mutase

C: Cyclic peptide inhibitor D1.3

D: Cyclic peptide inhibitor D1.3

49.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Secreted chorismate mutase

D: Cyclic peptide inhibitor D1.3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
24.9 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Secreted chorismate mutase

C: Cyclic peptide inhibitor D1.3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.186, 71.102, 71.603
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Secreted chorismate mutase / CM / MtCM 分子量: 22973.375 Da / 分子数: 2 / 断片: D34-A199 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis* (結核菌) 遺伝子: Rv1885c / プラスミド: pET21a+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WIB9, chorismate mutase
#2: タンパク質・ペプチド	Cyclic peptide inhibitor D1.3 分子量: 1886.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.54 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: JCSG+ H7: (25% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M Ammonium Sulfate), chorismate mutase at 10 mg/mL. plate 12878, well H7 drop 2. Puck: PSL-0513, Cryo: 80% crystallant and 20% PEG 200 .

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月10日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→71.6 Å / Num. obs: 33927 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.3 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.204 / R_pim(I) all: 0.069 / R_rim(I) all: 0.216 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 315844
反射シェル	解像度: 1.8→1.85 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.2 % / R_merge(I) obs: 1.625 / Num. measured all: 22687 / Num. unique obs: 2458 / CC_1/2: 0.636 / R_pim(I) all: 0.557 / R_rim(I) all: 1.72 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I) obs: 1.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→49.95 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2082	1785	5.27 %
R_work	0.1756	-	-
obs	0.1773	33845	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→49.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2805	0	0	262	3067

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2928
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.786	3992
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.807	1105
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	429
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	534

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.85	0.3456	184	0.2852	2367	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.9	0.2964	132	0.2335	2430	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.96	0.2306	126	0.2072	2446	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.03	0.2364	134	0.1908	2430	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.12	0.2175	93	0.1816	2484	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.21	0.2455	104	0.1777	2476	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.33	0.2043	167	0.1622	2412	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.48	0.1959	168	0.1662	2421	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.67	0.2334	119	0.1686	2493	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.93	0.2134	124	0.176	2480	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.36	0.2095	125	0.1766	2508	X-RAY DIFFRACTION	100
3.36-4.23	0.1736	151	0.1537	2505	X-RAY DIFFRACTION	100
4.23-49.95	0.1761	158	0.1679	2608	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4715	-1.3158	-0.1127	2.0122	-0.0995	0.525	0.0218	0.092	0.1076	-0.0825	-0.0582	-0.2378	-0.0426	0.0694	0.0211	0.1255	-0.0256	-0.0104	0.145	-0.02	0.1547	21.893	28.4078	7.5613
2	0.8409	-0.2745	0.5415	5.917	-1.7112	1.3888	-0.0885	0.0143	0.0496	0.3811	0.0965	-0.4345	-0.1956	0.1166	-0.0455	0.2112	-0.0085	-0.0262	0.2325	-0.0301	0.1735	20.11	39.2454	21.5181
3	0.0231	-0.1357	0.0966	1.8887	0.0237	0.5941	-0.0053	0.0049	0.0184	-0.0713	0.0107	-0.1013	-0.043	0.0399	-0.0207	0.1248	-0.0132	-0.0035	0.1673	-0.0044	0.1392	21.0125	22.8889	10.6008
4	2.4736	-0.7972	0.5214	1.5945	-0.0924	1.2558	0.0347	-0.0016	0.0407	0.1053	-0.034	0.0161	-0.1562	0.0538	-0.0009	0.1598	-0.0042	0.0047	0.133	-0.0085	0.1542	18.7361	41.423	9.8015
5	4.5636	-3.5816	-3.5425	3.0894	2.5458	2.9418	0.2908	0.4195	-0.0743	-0.4226	-0.318	0.3209	-0.4266	-0.3636	0.0429	0.1706	0.0085	-0.0339	0.2316	0.0059	0.1812	6.6498	36.5279	-1.1182
6	1.3864	0.1711	0.2917	2.2057	0.0512	1.5209	0.1017	0.0362	-0.0267	0.075	-0.1166	0.0769	0.0288	-0.2569	0.0276	0.1569	-0.0087	-0.0056	0.1614	0.0072	0.1118	10.8728	30.0189	5.3938
7	0.5836	-0.4625	-0.0368	2.6677	1.4398	1.5242	-0.0298	-0.0153	-0.0843	0.0241	-0.0606	0.317	0.0296	-0.0173	0.0541	0.1519	-0.0054	0.0031	0.1553	0.0228	0.1665	13.3741	1.8264	15.6783
8	1.1314	1.08	0.5701	5.9768	0.647	1.2381	0.1502	-0.0916	-0.1911	0.4521	-0.2256	0.0921	0.2025	-0.0302	0.0887	0.1477	-0.004	-0.0065	0.1909	0.0101	0.1722	26.591	-8.5093	20.4542
9	0.3999	-0.7182	0.253	1.7937	-0.1265	0.3548	-0.0388	-0.0446	-0.0939	0.0635	0.0608	0.1714	0.018	-0.0472	-0.0157	0.1293	-0.0141	0.0071	0.1634	-0.001	0.1711	16.2695	6.1999	14.7263
10	1.9325	-1.2209	-0.8281	2.6392	0.6404	2.9694	0.0242	-0.0484	-0.0283	0.1968	0.0299	0.1007	0.2488	-0.0092	-0.0978	0.1488	-0.0056	-0.0082	0.1409	0.0118	0.161	17.119	-11.8987	14.9669
11	3.3334	-2.357	-1.4028	2.8196	1.2591	1.9971	0.0436	0.6174	-0.1883	-0.1374	-0.2767	0.2561	0.1177	-0.3229	0.1526	0.206	-0.0113	-0.0464	0.1921	-0.0305	0.1506	12.6213	-9.4285	-1.7875
12	1.8513	-0.7526	0.3668	2.2212	-0.275	1.2817	0.083	0.2272	0.0072	-0.1487	-0.1749	-0.0285	-0.0841	0.0623	0.1003	0.1706	-0.0156	-0.0219	0.1617	-0.0033	0.154	16.3774	-2.1168	4.0393
13	1.0002	-0.8434	0.4464	1.524	-0.3294	1.528	0.0151	-0.0497	0.0797	0.0533	-0.0172	-0.2484	-0.1306	0.1314	-0.0361	0.1595	-0.0084	-0.0169	0.1811	-0.006	0.2096	32.8217	3.4512	15.6423
14	0.9163	-0.4756	0.0385	2.7182	1.6078	1.8605	-0.0727	-0.2565	-0.0297	0.7094	0.1339	0.0828	-0.0424	-0.0053	-0.0697	0.2961	0.0389	0.0181	0.2206	-0.003	0.1508	13.9121	26.4907	25.6748

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 36 through 69 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 70 through 90 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 91 through 130 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 131 through 157 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 158 through 174 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 175 through 196 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 36 through 69 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 70 through 90 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 91 through 130 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 131 through 157 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 158 through 174 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 175 through 196 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C'
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D'

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