PDB-9bt5: The crystal structure of the HA1 domain of hemagglutinin from A/S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bt5

タイトル

The crystal structure of the HA1 domain of hemagglutinin from A/Shanghai/02/2013 (H7N9) bound to H7-235 Fab

要素

(Monoclonal antibody H7-235 ...) x 2
Hemagglutinin

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody / influenza / hemagglutinin

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Buchman, C.D. / Dong, J. / Crowe, J.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: JCI Insight / 年: 2025
タイトル: Pan-H7 influenza human antibody virus neutralization depends on avidity and steric hindrance.
著者: Gilchuk, I.M. / Dong, J. / Irving, R.P. / Buchman, C.D. / Armstrong, E. / Turner, H.L. / Li, S. / Ward, A.B. / Carnahan, R.H. / Crowe Jr., J.E.

履歴

登録	2024年5月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bt5.cif.gz	613.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bt5.ent.gz	420.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bt5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/9bt5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/9bt5	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (6)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (5)
#113 - 2009年5月
インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hemagglutinin

C: Monoclonal antibody H7-235 heavy chain

D: Monoclonal antibody H7-235 light chain

B: Hemagglutinin

E: Monoclonal antibody H7-235 heavy chain

F: Monoclonal antibody H7-235 light chain

ヘテロ分子

146 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hemagglutinin

C: Monoclonal antibody H7-235 heavy chain

D: Monoclonal antibody H7-235 light chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
72.9 kDa, 3 ポリマー
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2

B: Hemagglutinin

E: Monoclonal antibody H7-235 heavy chain

F: Monoclonal antibody H7-235 light chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
72.9 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	240.603, 95.053, 99.265
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.850, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-1122- HOH

-
抗体 , 2種, 4分子 CEDF

#2: 抗体	Monoclonal antibody H7-235 heavy chain 分子量: 24698.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体	Monoclonal antibody H7-235 light chain 分子量: 23975.748 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 176分子 AB

#1: タンパク質	Hemagglutinin 分子量: 23716.711 Da / 分子数: 2 / 断片: HA1 domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Shanghai/02/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス) 遺伝子: HA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: R4NN21
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
糖 , 2種, 4分子

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 糖

ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₉NO₉

識別子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acid	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-Neup5Ac	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Neu5Ac	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2 M sodium chloride, 8-10% PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→49.37 Å / Num. obs: 76766 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 46.63 Å² / R_merge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.862 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 11112 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→49.37 Å / SU ML: 0.3749 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.3313
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.251	3959	5.16 %
R_work	0.195	72739	-
obs	0.1979	76698	99.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9851	0	70	174	10095

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0099	10152
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1128	13817
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0589	1537
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1795
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.623	1421

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.53	0.474	150	0.3847	2532	X-RAY DIFFRACTION	98.82
2.53-2.56	0.4285	155	0.3558	2527	X-RAY DIFFRACTION	98.78
2.56-2.6	0.3827	136	0.3181	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.1
2.6-2.63	0.3656	144	0.2954	2568	X-RAY DIFFRACTION	99.01
2.63-2.67	0.3573	142	0.2971	2567	X-RAY DIFFRACTION	98.8
2.67-2.71	0.3159	139	0.2817	2574	X-RAY DIFFRACTION	99.16
2.71-2.75	0.3756	136	0.2725	2611	X-RAY DIFFRACTION	99.1
2.75-2.8	0.3174	127	0.2691	2569	X-RAY DIFFRACTION	99.08
2.8-2.84	0.307	145	0.2641	2547	X-RAY DIFFRACTION	99.12
2.84-2.9	0.3376	151	0.2697	2596	X-RAY DIFFRACTION	99.28
2.9-2.95	0.3338	151	0.2761	2544	X-RAY DIFFRACTION	99.3
2.95-3.01	0.3844	129	0.2538	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.46
3.01-3.08	0.3116	143	0.2534	2572	X-RAY DIFFRACTION	99.38
3.08-3.15	0.3356	137	0.2355	2595	X-RAY DIFFRACTION	99.53
3.15-3.23	0.292	147	0.2213	2597	X-RAY DIFFRACTION	99.53
3.23-3.32	0.266	138	0.2121	2592	X-RAY DIFFRACTION	99.56
3.32-3.41	0.2635	146	0.202	2586	X-RAY DIFFRACTION	99.56
3.41-3.52	0.2588	135	0.2019	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.5
3.52-3.65	0.2376	134	0.1903	2600	X-RAY DIFFRACTION	99.64
3.65-3.8	0.2111	117	0.1779	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.64
3.8-3.97	0.2216	132	0.1624	2605	X-RAY DIFFRACTION	99.74
3.97-4.18	0.225	127	0.1544	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.71
4.18-4.44	0.1961	147	0.1358	2612	X-RAY DIFFRACTION	99.75
4.44-4.78	0.1832	134	0.1312	2620	X-RAY DIFFRACTION	99.78
4.78-5.26	0.1767	171	0.1361	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.86
5.26-6.02	0.1752	139	0.1496	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.89
6.02-7.58	0.2267	160	0.1715	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.96
7.58-49.37	0.2127	147	0.1783	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.65

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.813874794153	-0.107817975206	0.0164372200249	0.017607152171	5.53551786909E-5	-0.00492156068346	-0.117711637058	-0.686877193934	0.150724640037	0.0127388530799	0.0860437096377	-0.0122265728592	0.377148089858	0.589524522128	-0.00975856932937	0.541142148817	0.100440684732	-0.0295365573709	0.834701639201	0.125298591564	0.339902502839	5.18919392945	29.8613669839	34.4509171078
2	0.0728540067211	-0.0947340418919	-0.271624891139	0.12601847028	0.24687555814	0.642051041869	-0.0190119878436	-0.398913376372	-0.0881190476592	0.0340545607525	-0.0694657217986	0.1067473788	0.0376226736155	0.201961876419	-0.000202355301398	0.422902362011	0.0401655409117	0.0126029212139	0.68095035816	0.103459394294	0.308656221539	2.41492056589	31.5407192768	34.6877977807
3	0.18928254421	0.0915025713857	0.0745309795327	0.22184427071	0.00551594134019	0.0331017711692	0.056204888554	-0.390271059115	-0.271201301915	0.0627950523816	0.173178985434	-0.0440372966925	0.298400453486	0.0592907937719	7.224888579E-5	0.674780138703	-0.00108767311048	0.0547043113981	0.668449225051	0.101005086347	0.522123110233	-3.50123441141	26.9156699675	29.4488919587
4	0.297608821042	0.018813771576	-0.0870976273834	-0.00493109674835	-0.0330211476479	0.0401966043242	0.106383998887	-0.443165569915	0.00149997758022	-0.0762661326405	-0.186959476375	0.0882566165842	-0.0773976487258	-0.056418497924	7.4601116502E-5	0.319411819028	-0.0454761210517	-0.00169993619306	0.510917874217	-0.0222847142345	0.3397246473	7.47164735382	45.4014712403	21.2767152591
5	0.0734050857498	-0.0369678849598	0.00072701451354	0.0183789655462	0.00592196055524	0.0360349583247	-0.137892521888	-0.713274457961	-0.173446696112	-0.0262848950036	0.147264637234	-0.188631330665	-0.0180206214428	0.73965642255	0.00101305625326	0.434009866709	-0.0321984608041	-0.0489857568843	0.749465785473	0.00162785729225	0.350332505307	6.49144367231	42.8089918054	25.5230607051
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精密化 TLSグループ

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20	20	chain 'E' and (resid 34 through 111 )	E	I	34 - 111	34 - 111
21	21	chain 'E' and (resid 112 through 157 )	E	I	112 - 157	112 - 157
22	22	chain 'E' and (resid 158 through 223 )	E	I	158 - 223	158 - 223
23	23	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	J	1 - 66	1 - 66
24	24	chain 'F' and (resid 67 through 216 )	F	J	67 - 216	67 - 216

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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