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Yorodumi- PDB-9bt5: The crystal structure of the HA1 domain of hemagglutinin from A/S... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9bt5 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | The crystal structure of the HA1 domain of hemagglutinin from A/Shanghai/02/2013 (H7N9) bound to H7-235 Fab | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / antibody / influenza / hemagglutinin | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationviral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() Influenza A virus Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Buchman, C.D. / Dong, J. / Crowe, J.E. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: JCI Insight / Year: 2025Title: Pan-H7 influenza human antibody virus neutralization depends on avidity and steric hindrance. Authors: Gilchuk, I.M. / Dong, J. / Irving, R.P. / Buchman, C.D. / Armstrong, E. / Turner, H.L. / Li, S. / Ward, A.B. / Carnahan, R.H. / Crowe Jr., J.E. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9bt5.cif.gz | 613.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9bt5.ent.gz | 420.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9bt5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9bt5_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9bt5_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
| Data in XML | 9bt5_validation.xml.gz | 58.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 9bt5_validation.cif.gz | 75.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/9bt5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/9bt5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
-Antibody , 2 types, 4 molecules CEDF
| #2: Antibody | Mass: 24698.627 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: ![]() #3: Antibody | Mass: 23975.748 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: ![]() |
|---|
-Protein / Non-polymers , 2 types, 176 molecules AB

| #1: Protein | Mass: 23716.711 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: HA1 domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus (A/Shanghai/02/2013(H7N9))Gene: HA / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: R4NN21#6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Sugars , 2 types, 4 molecules 


| #4: Sugar | | #5: Sugar | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.9 Å3/Da / Density % sol: 68.46 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 2 M sodium chloride, 8-10% PEG 6000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Oct 29, 2018 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.5→49.37 Å / Num. obs: 76766 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 46.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 9.9 |
| Reflection shell | Resolution: 2.5→2.64 Å / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.862 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 11112 / % possible all: 99.2 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5→49.37 Å / SU ML: 0.3749 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 30.3313 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 61.58 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→49.37 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Influenza A virus
Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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