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- PDB-9bsh: Staphylococcus aureus exfoliative toxin A D164A variant -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bsh
タイトルStaphylococcus aureus exfoliative toxin A D164A variant
要素Exfoliative toxin A
キーワードTOXIN / exfoliative toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated disruption of host cell-cell adhesion / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / toxin activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, V8 family, serine active site / Serine proteases, V8 family, serine active site. / Serine proteases, V8 family, histidine active site / Serine proteases, V8 family, histidine active site. / Peptidase S1B, exfoliative toxin / Peptidase S1B / Trypsin-like peptidase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Exfoliative toxin A
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Holyoak, T. / Tran, N.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Identifying and controlling inactive and active conformations of a serine protease.
著者: Lee, E. / Tran, N. / Redzic, J.S. / Singh, H. / Alamillo, L. / Holyoak, T. / Hamelberg, D. / Eisenmesser, E.Z.
履歴
登録2024年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exfoliative toxin A
B: Exfoliative toxin A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1822
ポリマ－62,1822
非ポリマー00
水16,340907
1
A: Exfoliative toxin A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0911
ポリマ－31,0911
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Exfoliative toxin A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0911
ポリマ－31,0911
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.551, 66.543, 81.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.17, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Exfoliative toxin A / Epidermolytic toxin A


分子量: 31091.061 Da / 分子数: 2 / 変異: D202A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: eta / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P09331, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 907 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M magnesium formate, 17.5% PEG 3350 (MCSG1 G10), 2:2 uL protein:mother liquor with a protein concentration of 17.5 mg/mL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.18069 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.18069 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→66.62 Å / Num. obs: 109787 / % possible obs: 96.38 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. unique obs: 5330 / CC1/2: 0.675 / Rpim(I) all: 0.16 / Rrim(I) all: 0.381 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.35→51.57 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2271 5555 5.06 %
Rwork0.199 --
obs0.2003 109726 96.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→51.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3814 0 0 907 4721
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063999
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9585420
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.742559
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09583
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007719
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.360.30111910.27813259X-RAY DIFFRACTION93
1.36-1.380.2881790.2743439X-RAY DIFFRACTION96
1.38-1.40.27021900.27253428X-RAY DIFFRACTION96
1.4-1.420.2762060.26143431X-RAY DIFFRACTION95
1.42-1.430.28691520.25573487X-RAY DIFFRACTION96
1.43-1.450.30421890.2513411X-RAY DIFFRACTION96
1.45-1.470.2852000.25183508X-RAY DIFFRACTION96
1.47-1.50.28671980.24693419X-RAY DIFFRACTION96
1.5-1.520.28011830.23893446X-RAY DIFFRACTION96
1.52-1.540.2981690.23153450X-RAY DIFFRACTION96
1.54-1.570.25822030.23473452X-RAY DIFFRACTION96
1.57-1.60.25831800.23293412X-RAY DIFFRACTION96
1.6-1.630.22491830.22893434X-RAY DIFFRACTION95
1.63-1.660.25972010.24253410X-RAY DIFFRACTION95
1.66-1.70.2591900.23493449X-RAY DIFFRACTION96
1.7-1.740.23841680.23153505X-RAY DIFFRACTION96
1.74-1.780.24292100.22263395X-RAY DIFFRACTION95
1.78-1.830.2511720.21663423X-RAY DIFFRACTION96
1.83-1.890.24981730.21923440X-RAY DIFFRACTION95
1.89-1.950.25691750.2183554X-RAY DIFFRACTION98
1.95-2.020.24512140.21293483X-RAY DIFFRACTION97
2.02-2.10.23831920.21363547X-RAY DIFFRACTION98
2.1-2.190.20991890.20253471X-RAY DIFFRACTION97
2.19-2.310.22481690.19653498X-RAY DIFFRACTION96
2.31-2.450.22691780.19183463X-RAY DIFFRACTION96
2.45-2.640.2172010.18743480X-RAY DIFFRACTION97
2.64-2.910.20661840.18083530X-RAY DIFFRACTION98
2.91-3.330.21331870.15963584X-RAY DIFFRACTION98
3.33-4.190.17521800.14893630X-RAY DIFFRACTION99
4.19-51.570.16041490.16133755X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.9634 Å / Origin y: -17.201 Å / Origin z: 20.5404 Å
111213212223313233
T0.0573 Å2-0.0244 Å2-0.0053 Å2-0.061 Å2-0.0021 Å2--0.0463 Å2
L0.1873 °2-0.1762 °2-0.0464 °2-0.2107 °20.0171 °2--0.0221 °2
S-0.0095 Å °0.0088 Å °0.0006 Å °0.0111 Å °0.0088 Å °-0.0027 Å °0.0064 Å °-0.001 Å °0.0162 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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