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万見
- PDB-9bs0: YphC-treated 45SYphC particle. Class 5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bs0
タイトルYphC-treated 45SYphC particle. Class 5
要素
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 22
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
  • GTPase Der
キーワードRIBOSOME / ribosome assembly / YphC
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of rRNA processing / nucleoid / rRNA processing / ribosome biogenesis / regulation of translation / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosome binding / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly ...positive regulation of rRNA processing / nucleoid / rRNA processing / ribosome biogenesis / regulation of translation / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosome binding / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / GTP binding / DNA binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EngA-type guanine nucleotide-binding (G) domain / EngA-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / GTP-binding protein EngA / GTPase Der, C-terminal KH-domain-like / KH-domain-like of EngA bacterial GTPase enzymes, C-terminal / 50S ribosome-binding GTPase / Ribosomal protein L1, bacterial-type / GTP binding domain / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. ...EngA-type guanine nucleotide-binding (G) domain / EngA-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / GTP-binding protein EngA / GTPase Der, C-terminal KH-domain-like / KH-domain-like of EngA bacterial GTPase enzymes, C-terminal / 50S ribosome-binding GTPase / Ribosomal protein L1, bacterial-type / GTP binding domain / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / : / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L20 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L30, conserved site / Ribosomal protein L30 signature. / Ribosomal protein L2 signature. / Ribosomal protein L29, conserved site / Ribosomal protein L29 signature. / Ribosomal protein L2, conserved site / Ribosomal protein L15, conserved site / Ribosomal protein L15 signature. / Small GTP-binding protein domain / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain superfamily / Ribosomal protein L13 signature. / Ribosomal protein L2, domain 3 / Ribosomal protein L13, conserved site / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein L22/L17, conserved site / Ribosomal protein L22 signature. / Ribosomal protein L14P, conserved site / Ribosomal protein L14 signature. / Ribosomal L29 protein / Ribosomal protein L29/L35 / Ribosomal protein L29/L35 superfamily / Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain / Ribosomal protein L2, C-terminal / Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 ...PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / GTPase Der / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL1
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Arpin, D. / Ortega, J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: The binding of RbgA to a critical 50S assembly intermediate facilitates YphC function in bacterial ribosomal assembly.
著者: Dominic Arpin / Armando Palacios / Kaustuv Basu / Joaquin Ortega /
要旨: The intricate process of 50S ribosomal subunit assembly in Bacillus subtilis involves multiple parallel pathways converging into a crucial intermediate known as the 45S particle. RbgA and YphC, play ...The intricate process of 50S ribosomal subunit assembly in Bacillus subtilis involves multiple parallel pathways converging into a crucial intermediate known as the 45S particle. RbgA and YphC, play pivotal roles in completing the maturation of the functional sites in the 45S particle. In this work, we found that RbgA and YphC can independently bind the 45S particle with high affinity, but when RbgA binds first to the particle, it significantly increases the binding affinity of YphC. Using cryo-electron microscopy, we determined that the changes exerted by RbgA and YphC when binding independently closely resemble those observed when the two factors bind to the 45S particle simultaneously. However, the structural analysis revealed that RbgA binding causes a conformational change that uncovers the binding site for YphC, thus increasing its binding affinity. We concluded that the functional interplay between RbgA and YphC primarily revolves around one factor promoting the binding of the other, rather than the binding of the two factors inducing entirely new conformational changes compared with those induced by the factors individually. These results highlight the synergic mechanism between two essential assembly factors, underscoring the intricate mechanism bacteria use to maximize the efficiency of the ribosome assembly process.
履歴
登録2024年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月25日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月25日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月25日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月25日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月25日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月25日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月25日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月25日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月25日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月25日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月25日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月25日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年5月14日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 23S rRNA
B: 5S rRNA
C: Large ribosomal subunit protein uL2
D: Large ribosomal subunit protein uL3
E: Large ribosomal subunit protein uL4
F: Large ribosomal subunit protein uL6
G: Large ribosomal subunit protein uL13
H: Large ribosomal subunit protein uL14
I: Large ribosomal subunit protein uL15
J: Large ribosomal subunit protein bL17
K: Large ribosomal subunit protein bL19
L: Large ribosomal subunit protein bL20
M: Large ribosomal subunit protein bL21
N: Large ribosomal subunit protein uL22
O: Large ribosomal subunit protein uL23
P: Large ribosomal subunit protein uL24
Q: Large ribosomal subunit protein bL27
R: Large ribosomal subunit protein uL29
S: Large ribosomal subunit protein uL30
T: Large ribosomal subunit protein bL32
U: Large ribosomal subunit protein bL34
V: Large ribosomal subunit protein uL18
W: GTPase Der
Z: Large ribosomal subunit protein bL33A
Y: Large ribosomal subunit protein uL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,345,01127
ポリマ－1,343,96625
非ポリマー1,0442
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 949300.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: GenBank: 1775206404
#2: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38423.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: GenBank: 2592576696

+
Large ribosomal subunit protein ... , 22種, 22分子 CDEFGHIJKLMNOPQRSTUVZY

#3: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2 / 50S ribosomal protein L2 / BL2


分子量: 30335.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: rplB, BSU01190
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P42919
#4: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL3 / 50S ribosomal protein L3 / BL3


分子量: 22723.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: rplC, BSU01160
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P42920
#5: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4 / 50S ribosomal protein L4


分子量: 22424.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: rplD, BSU01170
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P42921
#6: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL6 / 50S ribosomal protein L6 / BL10


分子量: 19543.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: rplF, BSU01310
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P46898
#7: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13 / 50S ribosomal protein L13


分子量: 16407.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: rplM, BSU01490
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P70974
#8: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL14 / 50S ribosomal protein L14


分子量: 13175.288 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: rplN, BSU01260
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P12875
#9: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL15 / 50S ribosomal protein L15


分子量: 15410.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: rplO, BSU01350
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P19946
#10: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL17 / 50S ribosomal protein L17 / BL15 / BL21


分子量: 13774.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: rplQ, BSU01440
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P20277
#11: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL19 / 50S ribosomal protein L19


分子量: 13416.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: rplS, BSU16040
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: O31742
#12: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL20 / 50S ribosomal protein L20


分子量: 13537.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: rplT, BSU28850
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P55873
#13: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL21 / 50S ribosomal protein L21 / BL20


分子量: 11296.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: rplU, BSU27960
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P26908
#14: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22 / 50S ribosomal protein L22


分子量: 12481.608 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: rplV, BSU01210
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P42060
#15: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23 / 50S ribosomal protein L23


分子量: 10978.813 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: rplW, BSU01180
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P42924
#16: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24 / 12 kDa DNA-binding protein / 50S ribosomal protein L24 / BL23 / HPB12


分子量: 11166.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: rplX, BSU01270
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P0CI78
#17: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL27 / 50S ribosomal protein L27 / BL24 / BL30


分子量: 10391.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: rpmA, BSU27940
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P05657
#18: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29 / 50S ribosomal protein L29


分子量: 7728.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: rpmC, BSU01240
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P12873
#19: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30 / 50S ribosomal protein L30 / BL27


分子量: 6650.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: rpmD, BSU01340
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P19947
#20: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL32 / 50S ribosomal protein L32


分子量: 6745.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: rpmF, BSU15080
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: O34687
#21: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL34 / 50S ribosomal protein L34


分子量: 5271.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: rpmH, BSU41060
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P05647
#22: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL18 / 50S ribosomal protein L18 / BL16


分子量: 12993.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: rplR, BSU01320
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P46899
#24: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL33A / 50S ribosomal protein L33 1


分子量: 5915.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: rpmGA, rpmG1, BSU24900
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P56849
#25: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL1 / 50S ribosomal protein L1 / BL1


分子量: 25026.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: rplA, BSU01030
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: Q06797

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 3分子 W

#23: タンパク質 GTPase Der / GTP-binding protein EngA


分子量: 48846.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: der, engA, yphC, BSU22840
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P50743
#26: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 50S assembly intermediate 45SYphC Class 1 / タイプ: RIBOSOME / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2750 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 18086 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00589455
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.694134652
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.76436537
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03817355
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0056649

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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