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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9br6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human succinyl-CoA:glutarate-CoA transferase (SUGCT) | ||||||
![]() | Succinate--hydroxymethylglutarate CoA-transferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / SUGCT / succinyl-CoA / glutarate | ||||||
機能・相同性 | succinate-hydroxymethylglutarate CoA-transferase / succinate-hydroxymethylglutarate CoA-transferase activity / : / CoA-transferase family III domain 3 superfamily / CoA-transferase family III / CoA-transferase family III domain 1 superfamily / CoA-transferase family III / mitochondrion / Succinate--hydroxymethylglutarate CoA-transferase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Khamrui, S. / Lazarus, M.B. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Characterization, Structure, and Inhibition of the Human Succinyl-CoA:glutarate-CoA Transferase, a Putative Genetic Modifier of Glutaric Aciduria Type 1. 著者: Wu, R. / Khamrui, S. / Dodatko, T. / Leandro, J. / Sabovic, A. / Violante, S. / Cross, J.R. / Marsan, E. / Kumar, K. / DeVita, R.J. / Lazarus, M.B. / Houten, S.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 322.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 264.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 440.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9br7C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44873.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9HAC7, succinate-hydroxymethylglutarate CoA-transferase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.89 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Tris, pH 8.5, 25% PEG 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月22日 |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.920105 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→48.84 Å / Num. obs: 31313 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.13 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 110121 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 1.593 / Num. measured all: 10391 / Num. unique obs: 3265 / CC1/2: 0.406 / Rpim(I) all: 1.069 / Rrim(I) all: 1.925 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I) obs: 0.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→44.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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