PDB-9bqw: Fab F945-DbpA complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bqw

タイトル

Fab F945-DbpA complex

要素

Decorin-binding protein A
F945 Fab Heavy Chain
F945 Fab Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fragment antigen binding Fab / Decorin binding protein.

機能・相同性

: / Decorin-binding protein / Decorin-binding superfamily / Decorin binding protein / membrane / Decorin-binding protein A

機能・相同性情報

生物種

Borreliella burgdorferi (バクテリア)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Rudolph, M.J. / Mantis, N.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Front Immunol / 年: 2025
タイトル: Germline encoded residues dominate the interaction of a human monoclonal antibody with decorin binding protein A of Borrelia burgdorferi.
著者: Rudolph, M.J. / Muriuki, B.M. / Chen, Y. / Vance, D.J. / Vorauer, C. / Piazza, C.L. / Freeman-Gallant, G. / Golonka, R.M. / Mirabile, G. / Guttman, M. / Cavacini, L.A. / Mantis, N.J.

履歴

登録	2024年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bqw.cif.gz	235.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bqw.ent.gz	187.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bqw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9bqw_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9bqw_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	9bqw_validation.xml.gz	24.7 KB	表示
CIF形式データ	9bqw_validation.cif.gz	32.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/9bqw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/9bqw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Decorin-binding protein A

H: F945 Fab Heavy Chain

L: F945 Fab Light Chain

ヘテロ分子

66.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.105, 86.461, 151.484
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

#1: タンパク質	Decorin-binding protein A 分子量: 18039.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Borreliella burgdorferi (バクテリア) 株: B31 / 遺伝子: dbpA, BB_A24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O50917
#2: 抗体	F945 Fab Heavy Chain 分子量: 24283.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体	F945 Fab Light Chain 分子量: 23371.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.71 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350 and 200 mM Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS-II

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 22519 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 11.1 % / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.124 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.13 / Χ²: 0.381 / Net I/σ(I): 3.3 / Num. measured all: 249397

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.55-2.59	5.9	0.796	994	0.8	0.943	0.302	0.856	0.19	90.7
2.59-2.64	6.6	0.732	1078	0.826	0.951	0.266	0.783	0.188	97.3
2.64-2.69	7.7	0.728	1125	0.846	0.957	0.252	0.774	0.199	98.7
2.69-2.75	9	0.67	1072	0.918	0.978	0.221	0.707	0.208	99.6
2.75-2.81	10	0.61	1134	0.926	0.981	0.192	0.641	0.215	99.9
2.81-2.87	10.8	0.544	1114	0.946	0.986	0.166	0.569	0.227	99.7
2.87-2.94	11.5	0.459	1101	0.964	0.991	0.137	0.48	0.226	99.9
2.94-3.02	11.9	0.382	1134	0.974	0.994	0.113	0.399	0.245	100
3.02-3.11	12.1	0.341	1106	0.982	0.995	0.101	0.356	0.264	100
3.11-3.21	11.6	0.272	1136	0.987	0.997	0.083	0.285	0.289	100
3.21-3.33	11.7	0.224	1100	0.99	0.998	0.068	0.235	0.303	100
3.33-3.46	12.1	0.196	1140	0.992	0.998	0.059	0.205	0.358	99.9
3.46-3.62	12.4	0.156	1124	0.993	0.998	0.047	0.163	0.404	99.9
3.62-3.81	13.2	0.133	1125	0.995	0.999	0.039	0.138	0.436	100
3.81-4.05	13.1	0.109	1137	0.997	0.999	0.031	0.113	0.478	99.9
4.05-4.36	12.7	0.09	1144	0.997	0.999	0.026	0.094	0.549	100
4.36-4.8	12.7	0.077	1149	0.996	0.999	0.023	0.08	0.597	100
4.8-5.49	12.3	0.074	1157	0.998	0.999	0.022	0.077	0.538	100
5.49-6.92	11.1	0.076	1174	0.997	0.999	0.024	0.08	0.556	100
6.92-50	11.9	0.065	1275	0.998	0.999	0.02	0.068	0.658	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.55→48.42 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2456	1087	4.84 %
R_work	0.2024	-	-
obs	0.2045	22454	98.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→48.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4284	0	35	57	4376

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4419
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.604	5996
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.791	604
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	677
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	766

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.55-2.66	0.4151	115	0.3487	2478	X-RAY DIFFRACTION	93
2.66-2.81	0.2946	136	0.2694	2639	X-RAY DIFFRACTION	99
2.81-2.98	0.3212	132	0.2437	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.21	0.3492	143	0.2542	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.53	0.264	133	0.2221	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-4.05	0.2193	136	0.1811	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
4.05-5.1	0.1846	144	0.1523	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1-48.42	0.2231	148	0.1896	2857	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4818	-1.2899	-0.296	4.8413	3.3848	2.4578	0.0315	-0.2627	0.4334	0.6066	0.343	0.0895	0.6156	0.6653	-0.631	0.2996	-0.002	0.0395	0.4533	-0.015	0.3879	-26.7592	47.1321	-26.4977
2	3.9487	-0.5056	3.2814	3.4734	0.0647	3.3301	-0.5358	0.0828	0.4825	0.3016	-0.1564	-0.0986	-1.087	0.4848	-0.1449	0.2864	-0.0873	0.0785	0.3992	0.0383	0.4408	-34.0047	54.1124	-24.7965
3	2.7983	0.5145	2.584	1.9456	1.668	6.0951	-0.2122	-0.1197	0.3767	0.1426	0.0218	0.178	-0.457	-0.1175	0.2613	0.3348	0.042	0.0546	0.4105	0.0112	0.4391	-41.7617	50.1063	-24.607
4	1.4364	-0.8704	-0.0254	6.343	-1.8152	1.6203	0.0319	0.205	-0.3033	-0.5605	-0.1504	-0.2723	0.7596	0.5463	0.1157	0.5156	0.1776	0.0417	0.4341	-0.025	0.3802	-40.1077	20.9552	-30.3141
5	5.2735	-0.5196	-2.1276	4.2126	0.6524	2.6303	-0.0782	0.7473	-0.2776	-0.7855	-0.0371	0.4733	0.4989	-0.3438	0.1105	0.8702	0.0491	-0.1447	0.4687	-0.0942	0.5552	-58.3698	-3.2886	-25.7341
6	9.4981	3.1966	0.5519	5.1839	-0.3271	1.1508	-0.1865	0.0422	0.0088	-0.052	0.1093	-0.4225	0.5093	0.2271	0.165	0.49	0.1022	-0.0324	0.3802	-0.0018	0.2702	-47.6614	24.5187	-5.0814
7	3.3842	1.7985	-2.1199	5.5181	-1.763	3.8694	0.0201	-0.1335	-0.1007	0.0601	-0.0809	0.0136	0.2062	0.1473	0.0202	0.2494	0.0687	-0.0043	0.3178	-0.0338	0.2255	-51.0416	26.3895	-12.2666
8	3.3017	-1.869	-0.9119	6.7159	1.0932	1.3439	-0.2766	0.1718	-0.8594	0.2713	-0.1395	0.5451	0.6716	-0.0363	0.414	0.8445	-0.0746	0.0445	0.4075	-0.0298	0.6644	-58.9299	-10.0034	-10.5014

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 26 through 52 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 53 through 108 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 109 through 176 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 1 through 119 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 120 through 222 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'L' and (resid 1 through 25 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and (resid 26 through 112 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resid 113 through 212 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)