PDB-9bq7: Human Topoisomerase 2 Alpha ATPase domain bound to BNS22 and non-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bq7

タイトル

Human Topoisomerase 2 Alpha ATPase domain bound to BNS22 and non-hydrolyzable ATP analog AMPPNP

要素

DNA topoisomerase 2-alpha

キーワード

ISOMERASE/INHIBITOR / Topoisomerase / ATPase / HYDROLASE / ISOMERASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

apoptotic chromosome condensation / positive regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / sister chromatid segregation / resolution of meiotic recombination intermediates / female meiotic nuclear division / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / embryonic cleavage / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / DNA binding, bending ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Cong, A.T.Q. / Austin, C.A. / Kubes, J. / Karabanovich, G. / Melnikova, I. / Lencova, O. / Kollarova, P. / Piskackova, H.B. / Kerestes, V. / Applova, L. ...

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Topobexin targets the Topoisomerase II ATPase domain for beta isoform-selective inhibition and anthracycline cardioprotection.
著者: Kubes, J. / Karabanovich, G. / Cong, A.T.Q. / Melnikova, I. / Lencova, O. / Kollarova, P. / Bavlovic Piskackova, H. / Kerestes, V. / Applova, L. / Arrouye, L.C.M. / Alvey, J.R. / Paluncic, J. ...

履歴

登録	2024年5月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/9bq7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/9bq7	HTTPS FTP

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ユビキチン (Ubiquitin)
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AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA topoisomerase 2-alpha

B: DNA topoisomerase 2-alpha

ヘテロ分子

93 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.930, 92.847, 126.949
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	DNA topoisomerase 2-alpha / DNA topoisomerase II / alpha isozyme 分子量: 45484.211 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 29-424 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TOP2A, TOP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P11388, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)

-
非ポリマー , 6種, 302分子

#2: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-A1ASD / 8-(3,4-dihydroquinoline-1(2H)-carbonyl)-5,7-dimethoxy-4-propyl-2H-1-benzopyran-2-one / BNS22 分子量: 407.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₅NO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 20% PEG3350 (w/v), 0.2M NH4Cl, 0.1M Tris pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 52693 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 19.4
反射シェル	解像度: 2.05→2.12 Å / Num. unique obs: 5172 / CC_1/2: 0.496 / CC star: 0.814

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
DENZO		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→47 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2632	1999	3.8 %
R_work	0.2247	-	-
obs	0.2261	52588	99.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6144	0	132	293	6569

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	6402
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.538	8650
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.917	2395
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	955
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1084

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.09	0.3917	123	0.3877	3116	X-RAY DIFFRACTION	87
2.09-2.15	0.3933	143	0.3559	3625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.21	0.3058	142	0.3238	3571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.29	0.3947	141	0.3058	3597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.37	0.3229	142	0.3036	3612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.46	0.3982	143	0.288	3606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.57	0.2904	144	0.2751	3625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.71	0.309	143	0.2699	3627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.88	0.3019	143	0.2591	3633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-3.1	0.305	145	0.2491	3634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.41	0.2197	145	0.2293	3669	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-3.91	0.3014	145	0.2031	3687	X-RAY DIFFRACTION	100
3.91-4.92	0.2151	146	0.1719	3711	X-RAY DIFFRACTION	100
4.92-47	0.1807	154	0.1698	3876	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4621	-1.5662	-1.8183	4.6532	1.8377	6.0447	-0.1604	0.1573	-0.4313	-0.2931	0.188	0.0934	0.2494	0.1192	0.0058	0.4401	-0.0599	0.0801	0.2395	-0.0057	0.3561	8.3135	-25.7099	26.1681
2	0.5157	-0.3056	0.1822	3.3307	0.1669	0.9191	-0.0331	0.1195	-0.0101	-0.9782	0.1547	1.9265	-0.1687	-0.2527	-0.1402	0.547	-0.0103	-0.2594	0.364	0.0659	0.7421	-5.6403	-12.8682	22.1522
3	3.8255	0.3176	0.8513	4.4607	0.0879	2.0751	-0.1094	-0.8416	-0.189	1.4366	0.1146	1.2216	0.0506	-0.693	0.0687	0.8362	0.1039	0.5456	0.6526	0.0116	1.08	-7.3463	-7.0946	47.4151
4	2.0135	0.1167	-1.01	0.0238	-0.0534	3.0795	0.0174	-0.5695	0.5862	1.4683	0.3116	-0.2812	-0.3047	0.235	-0.1715	0.9761	0.1131	-0.0432	0.4295	-0.1731	0.4316	8.9018	-1.9728	46.6706
5	2.059	0.9087	-0.1954	1.0655	1.0348	1.9446	0.0641	-0.3273	0.3245	1.0688	0.1753	-0.3864	0.1545	0.2764	-0.2196	0.672	0.0463	-0.0417	0.3628	-0.1147	0.4119	12.4712	-5.0621	41.7716
6	2.278	0.1344	1.184	0.0043	0.0018	5.4208	0.1266	-0.8383	0.1305	1.6735	0.1151	-0.2964	0.2431	0.0698	-0.2786	1.6478	-0.0177	-0.0532	0.6909	-0.2049	0.6176	10.8849	2.0874	55.832
7	7.7065	-1.2526	3.7673	3.8044	-0.539	4.6165	-0.4878	0.2244	0.6078	-0.3976	0.1301	-1.1265	-0.4127	0.2825	0.3302	0.5984	-0.1054	0.1476	0.2995	-0.0358	0.5993	19.8928	-6.5299	23.4954
8	0.7616	-0.4343	-0.0215	1.0777	-0.1744	0.8905	-0.461	0.3613	-0.2795	-0.7492	-0.1987	-1.8632	0.0094	0.6976	-0.9748	0.4689	0.0254	0.9988	0.5772	-0.2005	1.6952	30.7321	-21.7608	19.6988
9	1.9415	-1.3427	-0.1459	0.9622	-0.0573	0.7861	-0.1917	0.4635	-0.0714	-0.9259	-0.0714	-1.6979	-0.0125	0.3847	-0.1783	0.8465	-0.155	0.7058	0.7642	-0.0677	1.8355	35.913	-16.9492	16.7445
10	2.7752	-0.0605	-1.7142	2.5986	-0.6498	1.2547	-0.1961	-0.8922	0.3838	0.5736	-0.22	-0.7229	-0.3199	0.754	0.4291	0.6007	-0.0144	-0.414	0.9521	0.0084	2.1201	39.9349	-21.9003	43.523
11	3.2305	-0.1629	1.4092	1.8668	-0.2869	4.2465	-0.0779	-0.7673	-0.6405	1.3606	0.1771	-1.3395	0.0657	0.2582	-0.091	0.8025	0.0588	-0.3815	0.6098	0.0605	0.9097	24.2934	-26.847	46.1661
12	2.0804	-0.1721	-0.7784	2.1678	1.8338	1.7506	-0.0371	-1.0065	-0.3454	1.0478	0.035	-0.3067	0.1639	-0.1976	0.0004	1.2333	0.0461	-0.5631	0.983	0.1738	0.8183	20.3212	-23.389	55.1266
13	3.4844	-3.342	0.7908	6.8954	-1.3387	5.7235	-0.1176	-0.2857	-0.3699	0.0766	0.2647	-0.8498	0.2429	-0.0514	-0.1103	0.2118	0.0243	0.0256	0.3514	-0.0287	0.59	17.8041	-26.4999	32.3018
14	1.9085	-0.7605	0.1734	0.7754	-0.3515	0.185	-0.2063	-1.2137	0.032	1.8315	0.309	-0.8492	-0.1023	0.2097	-0.164	1.718	0.055	-0.6908	1.1654	0.146	1.1034	23.6071	-29.944	57.014
15	0.0401	-0.0405	-0.1767	0.3748	0.2356	0.793	-0.0416	0.0785	-0.0958	-0.0983	0.0463	-0.2328	0.0671	0.4278	0.0654	0.528	0.0676	0.5989	0.4422	-0.0165	1.0054	26.9596	-25.1153	19.0115
16	0.1384	-0.0361	0.0224	0.0223	-0.0085	0.0045	-0.0324	0.042	0.1024	-0.1174	0.0377	0.2074	-0.0711	-0.1474	-0.0127	0.5204	0.005	-0.1579	0.3147	-0.0125	0.3625	0.0046	-7.8805	20.2906

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 28 through 68 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 69 through 249 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 250 through 288 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 289 through 343 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 344 through 387 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 388 through 417 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 28 through 68 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 69 through 183 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 184 through 249 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 250 through 288 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 289 through 341 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 342 through 366 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 367 through 387 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 388 through 417 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 901 through 901 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 901 through 901 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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