PDB-9bpw: Crystal Structure of Fumarate Hydratase FumC from Staphylococcus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bpw

タイトル

Crystal Structure of Fumarate Hydratase FumC from Staphylococcus aureus

要素

Fumarate hydratase class II

キーワード

HYDROLASE / Hydratase / Fumarase / Structural Genomics / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID

機能・相同性

機能・相同性情報

fumarate hydratase activity / fumarate hydratase / fumarate metabolic process / malate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_FPR3757 (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kim, Y. / Tesar, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Wong, T. / Joachimiak, A. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Fumarate Hydratase FumC from Staphylococcus aureus
著者: Kim, Y. / Tesar, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Wong, T. / Joachimiak, A. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)

履歴

登録	2024年5月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bpw.cif.gz	880.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bpw.ent.gz	612.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bpw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/9bpw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/9bpw	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (11) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Fumarate hydratase class II

B: Fumarate hydratase class II

C: Fumarate hydratase class II

D: Fumarate hydratase class II

ヘテロ分子

207 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	243.865, 108.891, 109.023
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.620, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Fumarate hydratase class II / Fumarase C / Aerobic fumarase / Iron-independent fumarase 分子量: 51164.656 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_FPR3757 (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: fumC / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q5HES4, fumarate hydratase

#1: タンパク質

Fumarate hydratase class II / Fumarase C / Aerobic fumarase / Iron-independent fumarase

分子量: 51164.656 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_FPR3757 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: fumC / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q5HES4, fumarate hydratase

-
非ポリマー , 5種, 612分子

#2: 化合物	ChemComp-FUM / FUMARIC ACID / 2-ブテン二酸分子量: 116.072 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 582 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.1 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M lithium citrate, 20 % w/v PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 165261 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 34.07 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.134 / R_pim(I) all: 0.055 / R_rim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 2.182 / Mean I/σ(I) obs: 0.99 / Num. unique obs: 8220 / CC_1/2: 0.545 / R_pim(I) all: 0.877 / R_rim(I) all: 2.355 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→48.73 Å / SU ML: 0.2696 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.6332
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2151	7752	4.79 %	rsndom
R_work	0.1838	153936	-	-
obs	0.1853	161688	93.99 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→48.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14360	0	138	582	15080

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	14956
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7045	20291
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0453	2237
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0055	2663
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.007	5525

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.02	0.4043	254	0.3818	4941	X-RAY DIFFRACTION	90.74
2.02-2.05	0.4412	215	0.4252	4438	X-RAY DIFFRACTION	82.32
2.05-2.07	0.4421	208	0.432	4582	X-RAY DIFFRACTION	84.24
2.07-2.1	0.3955	278	0.3601	4726	X-RAY DIFFRACTION	86.77
2.1-2.12	0.3463	284	0.289	5143	X-RAY DIFFRACTION	95.03
2.12-2.15	0.3097	227	0.2847	5128	X-RAY DIFFRACTION	93.49
2.15-2.18	0.316	234	0.2655	4508	X-RAY DIFFRACTION	83.87
2.18-2.22	0.2879	262	0.2643	5069	X-RAY DIFFRACTION	92.81
2.22-2.25	0.3652	224	0.3308	4879	X-RAY DIFFRACTION	90.53
2.25-2.29	0.2652	235	0.2626	5043	X-RAY DIFFRACTION	91.95
2.29-2.33	0.266	256	0.2199	5347	X-RAY DIFFRACTION	97.29
2.33-2.37	0.228	297	0.211	5368	X-RAY DIFFRACTION	97.35
2.37-2.42	0.2394	276	0.204	5165	X-RAY DIFFRACTION	96.59
2.42-2.46	0.2541	254	0.1981	5293	X-RAY DIFFRACTION	96.65
2.46-2.52	0.2456	291	0.1891	5308	X-RAY DIFFRACTION	97.53
2.52-2.58	0.2312	248	0.1954	5233	X-RAY DIFFRACTION	96.96
2.58-2.64	0.2441	291	0.2019	5247	X-RAY DIFFRACTION	96.72
2.64-2.71	0.2558	242	0.224	5220	X-RAY DIFFRACTION	94.88
2.71-2.79	0.2377	210	0.2052	5077	X-RAY DIFFRACTION	91.38
2.79-2.88	0.2406	271	0.1892	4919	X-RAY DIFFRACTION	92.17
2.88-2.99	0.1813	273	0.1863	5369	X-RAY DIFFRACTION	98.6
2.99-3.1	0.2674	257	0.1924	5484	X-RAY DIFFRACTION	98.54
3.11-3.25	0.2145	248	0.1798	5362	X-RAY DIFFRACTION	98.44
3.25-3.42	0.2374	233	0.1782	5408	X-RAY DIFFRACTION	97.97
3.42-3.63	0.1796	300	0.1631	5299	X-RAY DIFFRACTION	97.65
3.63-3.91	0.1519	242	0.142	5315	X-RAY DIFFRACTION	96.46
3.91-4.31	0.143	206	0.122	5067	X-RAY DIFFRACTION	91.21
4.31-4.93	0.16	333	0.1165	5369	X-RAY DIFFRACTION	98.99
4.93-6.21	0.1772	302	0.1463	5345	X-RAY DIFFRACTION	97.83
6.21-48.73	0.1715	301	0.1537	5284	X-RAY DIFFRACTION	94.23

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.10381924927	0.0406977069074	0.234061691231	1.3675878315	0.167304846179	1.15299370813	-0.114833030534	0.240165723258	0.0802117044971	-0.0741366180647	0.0765488039139	-0.455712552022	-0.146317551694	0.358724481794	0.0446035410064	0.259483609372	-0.0264840960331	-0.0221273346263	0.426803514472	-0.0323956198791	0.449244006637	46.8947772946	14.4116371587	31.7335721717
2	1.35554776966	0.635281437109	-0.319471010906	1.09256106695	-0.796560144009	1.10583848309	-0.0416475190455	0.028108925575	-0.337710204209	-0.0559135113733	0.0383628021658	-0.113798040869	0.10882558889	0.0863523203522	0.0322607649503	0.234237519123	0.0509092844989	-0.0267826636279	0.280042771184	-0.0965052725159	0.397775540951	21.818726396	-2.57234321179	36.7157184744
3	5.23568645835	3.21415197042	-1.54285198716	3.77296096963	-0.0391605303498	1.51311301679	-0.078968655116	-0.136155184397	-1.01883481775	-0.0273573256638	0.00622510739269	0.50812371159	0.430505052377	-0.503208166005	0.0837399203343	0.498428212723	-0.0424675022083	-0.11163903874	0.523952808996	0.143158747874	1.07567030733	-6.6986523456	-27.5424293623	50.5047362466
4	2.55858855023	0.441587848567	0.468857154368	1.62079289534	0.470358372833	1.84512378762	0.00336599477971	0.0811806953867	-0.510666113104	-0.0448787932738	0.0301527710468	0.23824049139	0.289716848462	-0.392507964968	-0.0296298439261	0.280240050778	-0.0432293329685	-0.0541304481314	0.384227026314	-0.0473971571431	0.466169130281	-14.8758679636	-8.10976130435	26.00863206
5	1.3352037535	0.725767699457	-0.165130791762	1.43766918785	-0.774752773521	1.02046526373	-0.117170116584	0.267253745776	-0.154039370392	-0.182279107329	0.10652803841	-0.00685507083103	0.040013449775	0.0507429232896	0.0152484240097	0.234119635683	0.00976063101963	-0.0216642812332	0.347374772957	-0.113937356758	0.287448451876	10.7361984251	7.68162033675	19.7086143853
6	5.1980443784	2.98464417834	-0.663847468072	3.79231063004	0.272702806136	1.70462058286	-0.441176349826	0.668066792631	0.22302434027	-0.395970078643	0.440396754066	-0.638408197394	-0.401495691912	0.786978344526	0.00184304375445	0.556687889877	-0.201109814165	-0.0233973409387	0.957919283491	0.0477066820761	0.513655713905	39.0338517193	32.6495912623	5.98036760053
7	2.47060741417	-0.733615738701	0.404120500175	1.63886749175	0.0758085877193	2.01539926686	-0.0972904767023	0.31634874537	0.362027770397	-0.227685224052	-0.0117966528411	0.211916055614	-0.418303790954	-0.307981935996	0.0815542626812	0.345556597297	0.0559063667717	-0.0983168871352	0.374368061506	0.0160190791635	0.412597923126	-12.5434523571	31.8290077359	21.2776167391
8	0.997509988965	0.243644672853	0.116022567405	1.32460445207	-0.963615450471	1.40908462101	-0.0635639336553	-0.206985145946	-0.0128081851615	0.112342856072	0.0695608900679	0.140032491697	-0.169642738386	-0.157586540999	-0.0252113982801	0.216984199263	0.0927028997394	-0.0157579954816	0.329973398084	-0.0770203654632	0.273054594177	-2.13051598677	16.0376590068	45.506140096
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10	2.1293034553	-0.178704475898	0.960529720439	1.6894479188	0.11541177993	2.93050162243	-0.0453114423157	-0.480244277433	-0.166345126971	0.444929381241	0.0862866563727	-0.259821021186	0.06052216512	0.0465565289208	-0.0314448639068	0.32892886639	0.0364803634128	-0.094068822077	0.407855090079	-0.00407566935364	0.349318304674	29.0842896105	9.35000736967	67.2491336246
11	0.991034716822	0.222122099931	0.101284303358	1.17922885461	-0.961332969697	1.5653826424	-0.13636200038	-0.0804877282086	0.174936641925	0.11084077379	0.0644899162057	-0.00671424310895	-0.254702588577	0.0147468303533	0.0688275246731	0.308605196159	0.0449339991621	-0.0752068030626	0.271837569646	-0.0961728327536	0.335086599488	18.1479530159	26.2460313925	44.1626330559
12	1.51017947818	-1.2180652806	1.33324746721	3.07598916346	-1.66840259444	4.78027456063	-0.275165138896	0.586066901261	0.475171854538	-0.380918678146	-0.00477651499431	0.332193140151	-0.960170215436	-0.0754977489892	0.300032166637	0.741556216352	-0.1100939524	-0.290526227679	0.534650448345	0.147233544089	0.812225904786	12.2861122262	51.1689363656	13.2554780694

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 157 )	A	A	1 - 157	1 - 157
2	2	chain 'A' and (resid 158 through 384 )	A	A	158 - 384	158 - 384
3	3	chain 'A' and (resid 385 through 461 )	A	A	385 - 461	385 - 461
4	4	chain 'B' and (resid 1 through 156 )	B	D	1 - 156	1 - 156
5	5	chain 'B' and (resid 157 through 384 )	B	D	157 - 384	157 - 384
6	6	chain 'B' and (resid 385 through 461 )	B	D	385 - 461	385 - 461
7	7	chain 'C' and (resid 1 through 156 )	C	G	1 - 156	1 - 156
8	8	chain 'C' and (resid 157 through 384 )	C	G	157 - 384	157 - 384
9	9	chain 'C' and (resid 385 through 461 )	C	G	385 - 461	385 - 461
10	10	chain 'D' and (resid 1 through 157 )	D	J	1 - 157	1 - 157
11	11	chain 'D' and (resid 158 through 384 )	D	J	158 - 384	158 - 384
12	12	chain 'D' and (resid 385 through 461 )	D	J	385 - 461	385 - 461

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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