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- PDB-9bps: Plasmodium falciparum apicoplast DNA polymerase mutant - K417M -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bps
タイトルPlasmodium falciparum apicoplast DNA polymerase mutant - K417M
要素Plastid replication-repair enzyme
キーワードREPLICATION / DNA polymerase / apicoplast / A-family polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


apicoplast / : / DNA helicase activity / 3'-5' exonuclease activity / single-stranded DNA binding / 5'-3' DNA helicase activity / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
AAA domain / Twinkle-like protein / Archaeal primase DnaG/twinkle-like, TOPRIM domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A ...AAA domain / Twinkle-like protein / Archaeal primase DnaG/twinkle-like, TOPRIM domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Plastid replication-repair enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ung, A.R. / Honzatko, R.B. / Nelson, S.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other government 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Investigation of the structure and mechanism of the apicoplast DNA polymerase from Plasmodium falciparum
著者: Ung, A.R. / Honzatko, R.B. / Nelson, S.W.
履歴
登録2024年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plastid replication-repair enzyme
B: Plastid replication-repair enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,51611
ポリマ－148,0102
非ポリマー5069
水2,378132
1
A: Plastid replication-repair enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,2055
ポリマ－74,0051
非ポリマー2004
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Plastid replication-repair enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3116
ポリマ－74,0051
非ポリマー3065
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)144.931, 144.931, 166.383
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Plastid replication-repair enzyme


分子量: 74004.906 Da / 分子数: 2 / 変異: K417M, D82N, E84Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_1411400 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ILY1, DNA-directed DNA polymerase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Equal parts protein and precipitant solutions. Protein solution: 18 mg/ml protein, 20 mM Tris, pH 8.0, 500 mM NaCl. Precipitant solution: PEG-1000 30% (v/v), 100 sodium citrate tribasic ...詳細: Equal parts protein and precipitant solutions. Protein solution: 18 mg/ml protein, 20 mM Tris, pH 8.0, 500 mM NaCl. Precipitant solution: PEG-1000 30% (v/v), 100 sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.5, 500 mM NaCl
PH範囲: 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月7日
詳細: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce monochromator. Optional Si(311) to achive 13.474 keV.
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 48658 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 78.62 Å2 / CC1/2: 0.977 / CC star: 0.994 / Χ2: 0.889 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 9.9 % / Num. unique obs: 2415 / CC1/2: 0.587 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→47.44 Å / SU ML: 0.4219 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.1327
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2531 1984 4.11 %
Rwork0.2307 46238 -
obs0.2316 48222 99.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 86.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9522 0 27 132 9681
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0059740
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.720313114
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04811464
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00441668
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.30393736
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.870.34011430.32913310X-RAY DIFFRACTION99.8
2.87-2.950.38031480.30223331X-RAY DIFFRACTION99.77
2.95-3.040.30671460.30013273X-RAY DIFFRACTION99.82
3.04-3.130.37031380.32973332X-RAY DIFFRACTION99.83
3.13-3.250.32981450.2953318X-RAY DIFFRACTION99.83
3.25-3.380.28871410.2723303X-RAY DIFFRACTION99.91
3.38-3.530.28441370.25483329X-RAY DIFFRACTION99.91
3.53-3.720.31761470.25923314X-RAY DIFFRACTION99.88
3.72-3.950.24391470.22513316X-RAY DIFFRACTION99.83
3.95-4.250.23591420.1983330X-RAY DIFFRACTION99.71
4.25-4.680.21161370.19553327X-RAY DIFFRACTION99.68
4.68-5.360.18661430.19273308X-RAY DIFFRACTION99.28
5.36-6.750.2371300.22643202X-RAY DIFFRACTION95.88
6.75-47.440.23281400.21393245X-RAY DIFFRACTION95.62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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