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- PDB-9bor: IkappaBzeta ankyrin repeat domain:NF-kappaB p50 homodimer complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bor
タイトルIkappaBzeta ankyrin repeat domain:NF-kappaB p50 homodimer complex at 2.0 Angstrom resolution
要素
  • NF-kappa-B inhibitor zeta
  • Nuclear factor NF-kappa-B p50 subunit
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor / immunoglobulin-like domain / ankyrin repeat domain / protein-protein complex / NF-kappaB / IkappaB
機能・相同性
機能・相同性情報


keratinocyte activation / response to cisplatin / positive regulation of T-helper 17 cell differentiation / Regulated proteolysis of p75NTR / I-kappaB/NF-kappaB complex / B cell receptor apoptotic signaling pathway / Interleukin-1 processing / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / chronic inflammatory response / transcription preinitiation complex assembly ...keratinocyte activation / response to cisplatin / positive regulation of T-helper 17 cell differentiation / Regulated proteolysis of p75NTR / I-kappaB/NF-kappaB complex / B cell receptor apoptotic signaling pathway / Interleukin-1 processing / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / chronic inflammatory response / transcription preinitiation complex assembly / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / T-helper 1 cell differentiation / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / response to Gram-positive bacterium / NF-kB is activated and signals survival / PKMTs methylate histone lysines / Activation of NF-kappaB in B cells / T cell mediated immunity / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / mammary gland involution / FCERI mediated NF-kB activation / CLEC7A (Dectin-1) signaling / POU domain binding / Interleukin-1 signaling / antibacterial innate immune response / Downstream TCR signaling / cellular response to interleukin-17 / inflammatory response to wounding / NF-kappaB p50/p65 complex / T-helper 17 cell differentiation / CD209 (DC-SIGN) signaling / positive regulation of lipid storage / negative regulation of interleukin-12 production / cellular response to interleukin-6 / response to folic acid / isotype switching / plasma cell differentiation / cellular response to dsRNA / actinin binding / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of miRNA metabolic process / epithelial cell apoptotic process / negative regulation of cytokine production / execution phase of apoptosis / toll-like receptor signaling pathway / cellular response to cytokine stimulus / : / B cell proliferation / keratinocyte proliferation / cellular response to interleukin-1 / cellular response to angiotensin / positive regulation of cholesterol efflux / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / establishment of skin barrier / lymph node development / keratinocyte differentiation / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / spleen development / JNK cascade / homeostasis of number of cells within a tissue / response to muscle stretch / Neutrophil degranulation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / B cell receptor signaling pathway / transcription coregulator activity / mRNA transcription by RNA polymerase II / cytokine-mediated signaling pathway / cellular response to virus / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to nicotine / negative regulation of inflammatory response / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / MAPK cascade / cellular response to tumor necrosis factor / T cell receptor signaling pathway / regulation of gene expression / cellular response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / defense response to Gram-negative bacterium / gene expression / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / nuclear speck / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to xenobiotic stimulus / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / chromatin binding / chromatin
類似検索 - 分子機能
: / OCA domain profile. / Nuclear factor NF-kappa-B, p105 subunit / : / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain ...: / OCA domain profile. / Nuclear factor NF-kappa-B, p105 subunit / : / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / p53-like transcription factor, DNA-binding / Death-like domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R,3S)-heptane-1,2,3-triol / Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit / NF-kappa-B inhibitor zeta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.997 Å
データ登録者Rogers, W.E. / Zhu, N. / Huxford, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Not funded 米国
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2024
タイトル: Structural and biochemical analyses of the nuclear I kappa B zeta protein in complex with the NF-kappa B p50 homodimer.
著者: Zhu, N. / Rogers, W.E. / Heidary, D.K. / Huxford, T.
履歴
登録2024年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NF-kappa-B inhibitor zeta
B: Nuclear factor NF-kappa-B p50 subunit
C: Nuclear factor NF-kappa-B p50 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3764
ポリマ－65,2283
非ポリマー1481
水5,729318
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5140 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area24070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.415, 58.931, 108.806
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 NF-kappa-B inhibitor zeta / I-kappa-B-zeta / IkB-zeta / IkappaBzeta / IL-1 inducible nuclear ankyrin-repeat protein / INAP / ...I-kappa-B-zeta / IkB-zeta / IkappaBzeta / IL-1 inducible nuclear ankyrin-repeat protein / INAP / Molecule possessing ankyrin repeats induced by lipopolysaccharide / MAIL


分子量: 34773.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NFKBIZ, IKBZ, INAP, MAIL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BYH8
#2: タンパク質 Nuclear factor NF-kappa-B p50 subunit


分子量: 15227.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C and N terminus unstable and not modeled / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nfkb1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P25799
#3: 化合物 ChemComp-HT3 / (2R,3S)-heptane-1,2,3-triol


分子量: 148.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20mM acetic acid pH 5.2, 80mM acetic acid pH 5.8, 5.5% PEG 3350, 10mM DTT, 0.5% 1,2,3 heptanetriol
PH範囲: 5.2-5.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.997→50 Å / Num. all: 43896 / Num. obs: 43393 / % possible obs: 98.89 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 1.997→2.041 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.097 / Num. unique obs: 2608 / Rsym value: 0.468 / % possible all: 96.51

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TRV

4trv
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.997→43.31 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2078 2184 5.04 %Random selection
Rwork0.1809 ---
obs0.1823 43365 98.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.997→43.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4147 0 10 318 4475
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054233
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9145718
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0071597
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041638
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004749
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.997-2.04090.31321310.24182477X-RAY DIFFRACTION96
2.0409-2.08840.26051130.23772526X-RAY DIFFRACTION98
2.0884-2.14060.26961310.22532560X-RAY DIFFRACTION98
2.1406-2.19850.26711410.20932513X-RAY DIFFRACTION98
2.1985-2.26320.26861370.21352539X-RAY DIFFRACTION98
2.2632-2.33620.24871290.20312558X-RAY DIFFRACTION98
2.3362-2.41970.24871400.2082542X-RAY DIFFRACTION99
2.4197-2.51660.24711670.20682534X-RAY DIFFRACTION99
2.5166-2.63110.23981380.19582577X-RAY DIFFRACTION100
2.6311-2.76980.2281280.20052598X-RAY DIFFRACTION100
2.7698-2.94330.22351180.19622617X-RAY DIFFRACTION100
2.9433-3.17050.22611490.18812594X-RAY DIFFRACTION100
3.1705-3.48940.19051320.17542608X-RAY DIFFRACTION100
3.4894-3.9940.19751330.16562635X-RAY DIFFRACTION100
3.994-5.03090.15841420.14632620X-RAY DIFFRACTION100
5.0309-43.310.17881550.16292683X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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