PDB-9boj: Structure of human Xk-related protein 4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9boj

タイトル

Structure of human Xk-related protein 4

要素

XK-related protein 4

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Phospholipid scramblase / apoptosis

機能・相同性

XK-related protein / : / XK-related protein / phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface / engulfment of apoptotic cell / apoptotic process involved in development / plasma membrane / XK-related protein 4

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Chakraborty, S. / Accardi, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of human Xk-related protein 4
著者: Chakraborty, S. / Accardi, A.

履歴

登録	2024年5月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月14日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月14日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月14日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月14日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月14日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月14日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9boj.cif.gz	80.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9boj.ent.gz	55.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9boj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/9boj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/9boj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	44744MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: XK-related protein 4

71.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	XK-related protein 4 / hXKR4 分子量: 71569.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XKR4, KIAA1889, XRG4 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) 参照: UniProt: Q5GH76
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Monomeric human Xkr-related protein 4 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 71.5 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
緩衝液	pH: 7.4
試料	濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 900 nm
撮影	電子線照射量: 58.28 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 305611 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

最高解像度: 3.5 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	2633
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.45	3601
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	13.49	835
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.034	412
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.003	429

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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