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- PDB-9boi: Cryo-EM structure of human Spns1 in complex with LPC (18:1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9boi
タイトルCryo-EM structure of human Spns1 in complex with LPC (18:1)
要素mVenus,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Protein spinster homolog 1,Designed ankyrin repeat protein (DARPin)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / lysosome / major facilitator superfamily / lysophospholipid transporter / lysophosphatidylcholine
機能・相同性
機能・相同性情報


lysophospholipid transport / regulation of lysosomal lumen pH / phospholipid efflux / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / transmembrane transporter activity / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport ...lysophospholipid transport / regulation of lysosomal lumen pH / phospholipid efflux / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / transmembrane transporter activity / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / bioluminescence / cell chemotaxis / generation of precursor metabolites and energy / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / mitochondrial inner membrane / lysosomal membrane / DNA damage response / membrane
類似検索 - 分子機能
Protein spinster-like / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / MFS transporter superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein ...Protein spinster-like / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / MFS transporter superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-42H / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Green fluorescent protein / Protein spinster homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Chen, H. / Li, X.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)P01 HL160487 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM135343 米国
Welch FoundationI-1957 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of Spns1-mediated lysophospholipid transport from the lysosome.
著者: Hongwen Chen / Hoa T T Ha / Nadia Elghobashi-Meinhardt / Nhung A Le / Philip Schmiege / Long N Nguyen / Xiaochun Li /
要旨: Spns1 mediates the rate-limiting efflux of lysophospholipids from the lysosome to the cytosol. Deficiency of Spns1 is associated with embryonic senescence, as well as liver and skeletal muscle ...Spns1 mediates the rate-limiting efflux of lysophospholipids from the lysosome to the cytosol. Deficiency of Spns1 is associated with embryonic senescence, as well as liver and skeletal muscle atrophy in animal models. However, the mechanisms by which Spns1 transports lysophospholipid and proton sensing remain unclear. Here, we present a cryogenic electron microscopy structure of human Spns1 in lysophosphatidylcholine (LPC)-bound lumen-facing conformation. Notably, LPC snugly binds within the luminal-open cavity, where the molecular dynamics simulations reveal that LPC presents a propensity to enter between transmembrane-helices (TM) 5 and 8. Structural comparisons and cell-based transport assays uncover several pivotal residues at TM 5/8 that orchestrate the transport cycle, which are unique to Spns1. Furthermore, we identify a five-residue network that is crucial for proton-sensing by Spns1. Transference of these network residues to Spns2, a sphingosine-1-phosphate uniporter, causes the chimeric Spns2 to be low pH dependent. Our results reveal molecular insights into lysosomal LPC transport and the proton-sensing mechanism by Spns1.
履歴
登録2024年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mVenus,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Protein spinster homolog 1,Designed ankyrin repeat protein (DARPin)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,8222
ポリマ－139,3001
非ポリマー5231
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 mVenus,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Protein spinster homolog 1,Designed ankyrin repeat protein (DARPin) / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / HSpin1 / SPNS1 / Spinster-like protein 1


分子量: 139299.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: GFP, malE, SPNS1, SPIN1, PP20300 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42212, UniProt: P0AEX9, UniProt: Q9H2V7
#2: 化合物 ChemComp-42H / (4R,7R,18Z)-4,7-dihydroxy-N,N,N-trimethyl-10-oxo-3,5,9-trioxa-4-phosphaheptacos-18-en-1-aminium 4-oxide / 1-オレオイル-sn-グリセロ-3-ホスホコリン


分子量: 522.675 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H53NO7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: human Spns1 purified in the presence of extra LPC addition
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293S GnTI-
緩衝液pH: 5.5
試料濃度: 15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7UCSF Chimera1.15モデルフィッティング
9PHENIX1.16モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 614781 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0043332
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7174534
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.8621925
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.047532
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.006561

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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