PDB-9bnj: Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase aminoacrylate complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bnj

タイトル

Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase aminoacrylate complex with benzimidazole

要素

Tryptophanase

キーワード

LYASE / pyridoxal-5'-phosphate / reaction intermediates / reaction mechanism / aminotransferase fold

機能・相同性

機能・相同性情報

tryptophanase activity / tryptophanase
類似検索 - 分子機能

生物種

Proteus vulgaris (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.51 Å

データ登録者

Phillips, R.S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Structural Snapshots of Proteus vulgaris Tryptophan Indole-Lyase Reveal Insights into the Catalytic Mechanism.
著者: Phillips, R.S. / Brown, S.M. / Patel, R.S.

履歴

登録	2024年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月12日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bnj.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bnj.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bnj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9bnj_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9bnj_full_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示
XML形式データ	9bnj_validation.xml.gz	85.3 KB	表示
CIF形式データ	9bnj_validation.cif.gz	130.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/9bnj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/9bnj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8v6pC 8v9pC 9blvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tryptophanase

B: Tryptophanase

C: Tryptophanase

D: Tryptophanase

ヘテロ分子

212 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.945, 118.225, 152.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Tryptophanase / L-tryptophan indole-lyase / TNase 分子量: 52558.984 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus vulgaris (バクテリア) / 遺伝子: tnaA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P28796, tryptophanase

-
非ポリマー , 6種, 1775分子

#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-BZI / BENZIMIDAZOLE / ベンゾイミダゾ-ル分子量: 118.136 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-0JO / 2-{[(E)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene]amino}prop-2-enoic acid / 2-[[2-メチル-3-ヒドロキシ-5-(ホスホノオキシメチル)-4-ピリジル]メチレンアミノ]プロペン酸分子量: 316.204 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₃N₂O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1760 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M potassium phosphate, pH 8.0, 1 mM DTT, 0.1 mM PLP, 0.2 M KCl, 22% PEG 4000

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.51→91.27 Å / Num. obs: 319496 / % possible obs: 99.41 % / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 20.44 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 1.51→1.53 Å / Num. unique obs: 20571 / CC_1/2: 0.327 / CC star: 0.558

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.51→91.27 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1805	15878	5 %
R_work	0.1577	-	-
obs	0.1588	317636	99.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.51→91.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14672	0	138	1768	16578

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	17591
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.789	23830
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.826	6780
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	2553
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	3105

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.51-1.53	0.3229	510	0.3083	9343	X-RAY DIFFRACTION	94
1.53-1.55	0.2947	534	0.297	9678	X-RAY DIFFRACTION	96
1.55-1.57	0.3111	486	0.2945	9845	X-RAY DIFFRACTION	98
1.57-1.59	0.2845	501	0.2728	9893	X-RAY DIFFRACTION	99
1.59-1.61	0.298	501	0.2781	9970	X-RAY DIFFRACTION	99
1.61-1.63	0.32	537	0.2976	9961	X-RAY DIFFRACTION	99
1.63-1.65	0.2834	544	0.2767	9956	X-RAY DIFFRACTION	99
1.65-1.68	0.278	536	0.2605	10069	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.7	0.2692	521	0.2424	9955	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.73	0.2742	572	0.2311	10017	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.76	0.238	492	0.2115	10074	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.79	0.2253	501	0.2023	10105	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.83	0.2172	528	0.1913	10044	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.86	0.2055	534	0.1824	10059	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.9	0.2141	522	0.1791	10067	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.95	0.1881	513	0.171	10094	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2	0.2089	527	0.1873	10075	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.05	0.2173	550	0.1866	10084	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.11	0.175	541	0.1501	10100	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.18	0.1749	544	0.1421	10073	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.26	0.1618	551	0.1354	10060	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.35	0.1502	485	0.1283	10193	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.46	0.1525	520	0.1335	10128	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.59	0.1548	538	0.1346	10184	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.75	0.1682	540	0.1372	10131	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.96	0.1622	525	0.1394	10185	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.26	0.1645	582	0.1396	10168	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.73	0.1406	542	0.1315	10273	X-RAY DIFFRACTION	100
3.73-4.7	0.1339	487	0.1162	10373	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7-91.27	0.1866	614	0.1584	10601	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9199	-0.1186	0.5006	0.1868	0.0445	0.7572	-0.0516	-0.1244	0.079	0.0443	0.015	-0.0572	-0.0707	-0.024	0.0429	0.1886	-0.0048	-0.005	0.1756	-0.0133	0.1562	59.47	9.432	-1.381
2	1.2011	-0.3404	-0.263	1.3334	0.5617	2.4933	-0.0513	-0.2109	-0.1402	0.0931	0.0439	0.0655	0.1083	-0.191	0.0542	0.154	-0.0216	0.01	0.2017	0.0551	0.1718	39.25	-6.825	10.6
3	4.5141	-0.2523	4.1368	1.8358	0.1594	7.3369	-0.1527	-0.2239	0.0987	0.1087	0.0345	0.0425	-0.3593	0.0594	0.1026	0.2619	0.0127	0.0469	0.3154	0.0119	0.1659	43.882	4.437	22.102
4	1.2342	-0.0921	0.2373	0.1876	-0.0818	1.012	-0.0208	-0.3806	-0.1423	0.08	0.0146	0.0382	0.0806	-0.023	0.0155	0.2113	0.0094	0.0158	0.254	0.0567	0.1638	48.667	-7.655	17.853
5	1.3955	-0.1953	0.8481	0.7058	-0.0255	0.7787	-0.0763	-0.4974	0.0807	0.18	-0.004	-0.0574	-0.0805	-0.2168	0.0081	0.1989	0.0124	0.0111	0.3204	-0.0339	0.1126	59.586	9.131	12.642
6	2.679	-1.7392	-0.6685	1.6226	-0.0306	0.6197	-0.2695	-0.4825	0.68	0.2981	0.0472	0.0306	-0.7761	-1.2367	-0.4141	0.5971	0.3303	0.0026	1.0419	-0.167	0.2423	52.456	25.208	15.963
7	0.7252	-0.0655	0.0388	0.4636	0.033	0.6481	-0.003	-0.019	-0.0221	0.0637	0.0057	0.0849	-0.0169	-0.073	0.0036	0.1787	-0.007	0.0149	0.1263	0	0.1751	30.578	7.473	-13.033
8	1.5262	-0.5704	1.4894	1.5629	-0.5749	1.323	0.1487	-1.1902	-0.6522	0.2342	0.2201	0.5886	0.2845	-1.1053	0.0201	0.3016	-0.1662	0.0307	0.8535	0.2382	0.4584	19.79	-10.501	-15.692
9	0.9772	0.2634	0.3251	0.5111	0.4039	1.1749	0.1056	-0.0935	-0.1991	0.1477	0.0242	-0.1314	0.2616	0.1147	0.0089	0.1787	0.0358	-0.0452	0.1111	-0.0064	0.1851	74.188	-2.998	-15.4
10	3.9993	0.4872	-1.2166	2.2625	0.6265	2.1487	-0.0709	0.3931	-0.0514	-0.1974	0.0888	-0.1504	0.0731	0.2561	0.0224	0.1299	0.0148	0.0199	0.2448	-0.0398	0.1683	89.872	3.559	-37.62
11	0.7508	0.1784	-0.0239	0.3698	0.1559	1.1678	0.02	0.0351	0.0588	-0.015	0.0415	-0.1024	-0.1047	0.3128	-0.0567	0.1487	-0.0211	0.0042	0.1913	-0.02	0.1896	85.883	12.241	-24.911
12	0.2573	-0.243	0.299	0.244	-0.2788	0.3312	0.1471	0.5872	-0.6555	0.0021	0.3562	-0.8809	0.2609	1.0073	0.04	0.2669	0.125	-0.1131	0.7152	-0.3005	0.7226	97.861	-3.131	-9.788
13	0.7694	0.5452	0.3056	1.5261	1.0336	0.8411	0.1433	0.2439	-0.5505	0.1036	0.429	-0.7182	0.3039	0.7629	0.0442	0.2726	0.1776	-0.1179	0.5201	-0.2507	0.5609	91.719	-10.027	-12.441
14	0.6925	0.0508	0.4252	0.6006	0.163	0.9684	-0.0474	0.0415	0.0734	-0.0813	0.0037	0.0129	-0.1463	0.0278	0.0325	0.1957	0.0058	-0.0045	0.1401	-0.0177	0.1844	52.909	2.035	-34.607
15	1.309	0.0476	0.1346	0.9361	0.1704	1.1677	0.0864	0.2856	-0.2982	0.0196	0.0695	-0.1737	0.1794	0.2912	0.0389	0.1878	0.0766	-0.0448	0.2323	-0.1142	0.2829	74.106	-17.763	-37.289
16	2.7202	0.8576	0.2684	2.8137	1.7367	3.126	0.0885	0.726	-0.1348	-0.1953	0.1302	-0.1283	-0.104	0.3049	-0.1748	0.2485	0.0808	0.0023	0.4568	-0.1026	0.2264	69.381	-13.373	-53.083
17	1.2202	0.1228	0.9122	0.2781	0.1725	0.8367	0.1665	0.2954	-0.3215	-0.0151	0.0251	-0.0809	0.2125	0.2082	-0.0241	0.2237	0.0652	-0.0347	0.1744	-0.0957	0.2501	62.301	-19.587	-41.077
18	1.9894	0.2591	-0.7377	1.0533	-1.0357	1.2932	-0.1999	1.1004	-0.1995	-0.5331	0.3868	-0.0999	-0.2915	0.3382	-0.061	0.4163	-0.1098	0.0063	0.4684	-0.0532	0.1824	50.466	-4.503	-57.398
19	1.9128	0.9054	0.1043	1.3754	-0.4295	1.7231	-0.2266	0.497	-0.1051	-0.3467	0.1238	-0.1042	-0.0746	0.1421	0.1198	0.2202	-0.0238	0.0147	0.2139	-0.0442	0.1574	53.072	0.023	-51.191
20	6.9603	1.5798	-2.0865	3.6071	-0.8055	3.6594	-0.1388	0.6932	0.5823	-0.5191	0.209	-0.1334	-0.2994	0.2466	-0.048	0.5271	-0.1168	0.0581	0.3997	-0.0073	0.2209	59.042	8.687	-57.158

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN C AND RESID 2:75 )	C	2 - 75
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN C AND RESID 76:132 )	C	76 - 132
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND RESID 133:155 )	C	133 - 155
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN C AND RESID 156:295 )	C	156 - 295
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN C AND RESID 296:437 )	C	296 - 437
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN C AND RESID 438:466 )	C	438 - 466
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN D AND RESID 2:341 )	D	2 - 341
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN D AND RESID 342:466 )	D	342 - 466
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 2:99 )	A	2 - 99
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN A AND RESID 100:141 )	A	100 - 141
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN A AND RESID 142:341 )	A	142 - 341
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN A AND RESID 342:371 )	A	342 - 371
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN A AND RESID 372:466 )	A	372 - 466
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN B AND RESID 2:75 )	B	2 - 75
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN B AND RESID 76:132 )	B	76 - 132
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN B AND RESID 133:155 )	B	133 - 155
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN B AND RESID 156:342 )	B	156 - 342
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN B AND RESID 343:371 )	B	343 - 371
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN B AND RESID 372:437 )	B	372 - 437
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN B AND RESID 438:466 )	B	438 - 466

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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