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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9bni | |||||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of Cu-TZ4H-H3AH10D tryptophan zipper metallo-beta-sheet peptide | |||||||||
要素 | Cu-TZ4H-H3AH10D tryptophan zipper metallo-beta-sheet peptide | |||||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN / beta-sheet | |||||||||
機能・相同性 | COPPER (II) ION 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Dang, V.T. / Nguyen, A. | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Chemistry / 年: 2024 タイトル: Crystallography reveals metal-triggered restructuring of beta-hairpins. 著者: Dang, V.T. / Engineer, A. / McElheny, D. / Drena, A. / Telser, J. / Tomczak, K. / Nguyen, A.I. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9bni.cif.gz | 24.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9bni.ent.gz | 15.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9bni.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9bni_validation.pdf.gz | 610.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9bni_full_validation.pdf.gz | 610.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 9bni_validation.xml.gz | 3.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9bni_validation.cif.gz | 4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/9bni ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/9bni | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9bnhC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1610.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 5種, 17分子
#2: 化合物 | ChemComp-CL / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-CU / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-P6G / | ||
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.52 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.8 M Ammonium Sulfate 0.1 M BIS-TRIS pH6.5 2% v/v PEG Monomethyl Ether 550 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月15日 |
放射 | モノクロメーター: Kohzu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→22.76 Å / Num. obs: 5049 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 39.6 % / Biso Wilson estimate: 16.94 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 24.68 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.243 Å / Num. unique obs: 492 / CC1/2: 0.781 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→22.76 Å / SU ML: 0.159 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.964 立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.85 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→22.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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