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- PDB-9bnh: X-ray Crystal Structure of Cu-TZ4H tryptophan Zipper Metallo-Peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bnh
タイトルX-ray Crystal Structure of Cu-TZ4H tryptophan Zipper Metallo-Peptide
要素Cu-TZ4H tryptophan Zipper Metallo-Peptide
キーワードDE NOVO PROTEIN / copper / beta-sheet / hairpin
機能・相同性ACETIC ACID / COPPER (II) ION / AMMONIA / TRIETHYLENE GLYCOL
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.12 Å
データ登録者Dang, V.T. / Nguyen, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2024
タイトル: Crystallography reveals metal-triggered restructuring of beta-hairpins.
著者: Dang, V.T. / Engineer, A. / McElheny, D. / Drena, A. / Telser, J. / Tomczak, K. / Nguyen, A.I.
履歴
登録2024年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cu-TZ4H tryptophan Zipper Metallo-Peptide
B: Cu-TZ4H tryptophan Zipper Metallo-Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,18316
ポリマ－3,4062
非ポリマー77814
水66737
1
A: Cu-TZ4H tryptophan Zipper Metallo-Peptide
ヘテロ分子

A: Cu-TZ4H tryptophan Zipper Metallo-Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,77912
ポリマ－3,4062
非ポリマー37310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area1830 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area3210 Å2
手法PISA
2
B: Cu-TZ4H tryptophan Zipper Metallo-Peptide
ヘテロ分子

B: Cu-TZ4H tryptophan Zipper Metallo-Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,58820
ポリマ－3,4062
非ポリマー1,18218
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_654-x+1,y,-z-11
Buried area2080 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area3720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)23.198, 25.261, 24.149
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.320, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Space group name HallP2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-104-

NA

21B-109-

PGE

31A-205-

HOH

41B-208-

HOH

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質・ペプチド Cu-TZ4H tryptophan Zipper Metallo-Peptide


分子量: 1702.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 6種, 51分子

#2: 化合物 ChemComp-NH3 / AMMONIA / アンモニア


分子量: 17.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH3
#3: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
解説: Cubic translucent crystals with light purple coloring
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Crystal Grown: 6.0 M Ammonium Nitrate, 0.1 M Sodium Acetate Trihydrate pH 4.6 (pH adjusted with HCl) Cryo-protection: 10% v/v PEG 400 (soaked)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月18日
放射モノクロメーター: Kohzu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.12→19.41 Å / Num. obs: 12507 / % possible obs: 97.98 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 9.27 Å2 / CC1/2: 0.969 / CC star: 0.981 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 1.12→1.16 Å / Num. unique obs: 964 / CC1/2: 0.963 / CC star: 0.991 / % possible all: 94.32

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.21.1_5286位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.12→16.48 Å / SU ML: 0.0731 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 15.3975
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1447 1926 9.99 %
Rwork0.1195 17346 -
obs0.1222 19272 97.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 13.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.12→16.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数246 0 38 37 321
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0125318
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8067425
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072224
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004353
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.351525
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.12-1.150.18591290.16051170X-RAY DIFFRACTION91.61
1.15-1.180.1821390.14031216X-RAY DIFFRACTION97.9
1.18-1.210.1511460.14121313X-RAY DIFFRACTION98.92
1.21-1.250.20271300.1351211X-RAY DIFFRACTION98.82
1.25-1.30.15481500.1361276X-RAY DIFFRACTION99.1
1.3-1.350.14251320.12511259X-RAY DIFFRACTION99.14
1.35-1.410.14531410.12231238X-RAY DIFFRACTION98.64
1.41-1.490.14611380.10871281X-RAY DIFFRACTION99.23
1.49-1.580.12441460.11951189X-RAY DIFFRACTION95.09
1.58-1.70.13691330.11351245X-RAY DIFFRACTION96.57
1.7-1.870.13251310.1221241X-RAY DIFFRACTION98.21
1.87-2.140.11661390.11291255X-RAY DIFFRACTION98.59
2.14-2.690.14951330.11641244X-RAY DIFFRACTION96.63
2.7-16.480.15341390.11381208X-RAY DIFFRACTION94.99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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