PDB-9blo: T450C mutant of repeat domain 2 from Clostridium perfringens adhe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9blo

タイトル

T450C mutant of repeat domain 2 from Clostridium perfringens adhesin CPE0147 without intramolecular ester bond

要素

Surface anchored protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / repeat domain / adhesin / bacterial adhesion / Ig-like domain

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium perfringens B str. ATCC 3626 (ウェルシュ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Squire, C.J. / Yosaatmadja, Y.

資金援助

ニュージーランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: T450C mutant of repeat domain 2 from Clostridium perfringens adhesin CPE0147 without intramolecular ester bond
著者: Squire, C.J. / Yosaatmadja, Y.

履歴

登録	2024年5月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9blo.cif.gz	132.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9blo.ent.gz	98.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9blo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9blo_validation.pdf.gz	427.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9blo_full_validation.pdf.gz	427.2 KB	表示
XML形式データ	9blo_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	9blo_validation.cif.gz	24.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/9blo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/9blo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9blpC 4mkm 4ni6 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Surface anchored protein

B: Surface anchored protein

ヘテロ分子

34.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Surface anchored protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Surface anchored protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.983, 44.405, 50.102
Angle α, β, γ (deg.)	95.135, 109.360, 110.122
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Surface anchored protein 分子量: 17002.623 Da / 分子数: 2 / 断片: Repeat domain 2, residues 439-587 / 変異: T450C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium perfringens B str. ATCC 3626 (ウェルシュ菌) 遺伝子: AC1_0147 / プラスミド: pPROEXHTa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1R775
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.46 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris.HCl pH 8.5, and 30% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→18.85 Å / Num. obs: 61888 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 27.8
反射シェル	解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2494 / CC_1/2: 0.787 / R_pim(I) all: 0.352 / % possible all: 77.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.35→18.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 2.839 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.068 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2286	3086	5.002 %
R_work	0.1929	58614	-
all	0.195	-	-
obs	-	61700	94.535 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.084 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.003 Å²	-0.026 Å²	-0.041 Å²
2-	-	0.04 Å²	0.026 Å²
3-	-	-	-0.015 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→18.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2146	0	4	283	2433

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	2410
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2225
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.192	1.646	3280
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.267	1.597	5176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.706	5	338
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.526	27.719	114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.552	15	425
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	3.831	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.044	0.2	335
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2886
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	496
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	370
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.172	0.2	1999
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.142	0.2	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.068	0.2	1106
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.116	0.2	205
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.248	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.218	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.104	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.811	1.427	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.798	1.426	1243
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.109	2.144	1573
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.11	2.144	1574
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.953	1.625	1162
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.951	1.624	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.221	2.357	1689
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.221	2.358	1690
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.097	18.106	2507
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	1.924	17.694	2461
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.541	3	4635

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.385	0.342	209	0.314	3770	X-RAY DIFFRACTION	82.1429
1.385-1.423	0.291	207	0.263	4199	X-RAY DIFFRACTION	93.5854
1.423-1.464	0.278	201	0.269	4043	X-RAY DIFFRACTION	93.2747
1.464-1.509	0.323	202	0.312	3981	X-RAY DIFFRACTION	93.7892
1.509-1.559	0.311	193	0.254	3845	X-RAY DIFFRACTION	94.3238
1.559-1.613	0.212	199	0.168	3743	X-RAY DIFFRACTION	94.7596
1.613-1.674	0.213	192	0.158	3645	X-RAY DIFFRACTION	95.2109
1.674-1.742	0.242	185	0.159	3506	X-RAY DIFFRACTION	95.5475
1.742-1.82	0.2	183	0.15	3379	X-RAY DIFFRACTION	95.6755
1.82-1.908	0.224	157	0.187	3172	X-RAY DIFFRACTION	94.547
1.908-2.011	0.302	171	0.238	3062	X-RAY DIFFRACTION	95.4814
2.011-2.133	0.205	172	0.183	2903	X-RAY DIFFRACTION	96.7285
2.133-2.28	0.255	136	0.235	2762	X-RAY DIFFRACTION	96.5678
2.28-2.462	0.202	140	0.169	2577	X-RAY DIFFRACTION	96.7937
2.462-2.697	0.196	120	0.167	2390	X-RAY DIFFRACTION	98.0086
2.697-3.014	0.203	123	0.174	2152	X-RAY DIFFRACTION	98.2721
3.014-3.477	0.204	107	0.169	1920	X-RAY DIFFRACTION	98.3981
3.477-4.253	0.201	84	0.169	1610	X-RAY DIFFRACTION	98.374
4.253-5.989	0.218	74	0.177	1261	X-RAY DIFFRACTION	99.2565
5.989-18.85	0.226	31	0.19	694	X-RAY DIFFRACTION	96.6667

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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