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万見
- PDB-9blj: Crystal structure of a serine protease inhibitor HPI from Hevea b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9blj
タイトルCrystal structure of a serine protease inhibitor HPI from Hevea brasiliensis
要素Protease inhibitor HPI
キーワードPLANT PROTEIN / Serine protease inhibitor
機能・相同性Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I superfamily / Potato inhibitor I family / Potato inhibitor I family signature. / serine-type endopeptidase inhibitor activity / response to wounding / Protease inhibitor HPI
機能・相同性情報
生物種Hevea brasiliensis (植物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Rodriguez-Romero, A. / Hernandez-Santoyo, A.
資金援助 メキシコ, 1件
組織認可番号国
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)CF 2019-87163 メキシコ
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2025
タイトル: Understanding the structure and function of HPI, a rubber tree serine protease inhibitor, and its interaction with subtilisin.
著者: Terron-Hernandez, J. / Gomez-Velasco, H. / Pinzon-Yaya, L. / Hernandez-Santoyo, A. / Garcia-Ramirez, B. / Rodriguez-Romero, A.
履歴
登録2024年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease inhibitor HPI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7481
ポリマ－7,7481
非ポリマー00
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.506, 47.506, 95.927
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-114-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protease inhibitor HPI / HbPI1 / Protease inhibitor 1


分子量: 7747.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hevea brasiliensis (植物) / 遺伝子: PI1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta(D3) / 参照: UniProt: Q6XNP7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細The authors state that the first five residues were not observed in the electron density map due to ...The authors state that the first five residues were not observed in the electron density map due to flexibility.
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.63 % / 解説: Needles
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: Solution 18 Crystal Screen 1: containing 0.2 M Magnesium acetate, 0.1 M Sodium cacodylate at pH 6.5, and 20% w/v Polyethylene glycol 8,000
Temp details: Constant

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月2日 / 詳細: OSMIC VARIMAX OPTICS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→47.96 Å / Num. obs: 7132 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 1.74→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 0.876 / Num. unique obs: 386 / CC1/2: 0.88 / Rpim(I) all: 0.279 / Rrim(I) all: 0.522

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX5463精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.74→25.25 Å / SU ML: 0.1153 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.7791
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2128 674 9.51 %
Rwork0.1973 6412 -
obs0.1988 7086 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→25.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数496 0 0 44 540
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0136503
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2349687
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.080984
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008291
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.4283185
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.74-1.870.23971300.20011231X-RAY DIFFRACTION99.85
1.87-2.060.2511310.19041254X-RAY DIFFRACTION99.86
2.06-2.360.21271320.18111257X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.970.23081340.22181286X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -14.4907128123 Å / Origin y: 11.7601010807 Å / Origin z: 2.37295768516 Å
111213212223313233
T0.221093574412 Å20.0151716489951 Å20.0126162972919 Å2-0.105525083345 Å2-0.0337973888412 Å2--0.154866501333 Å2
L2.00335888473 °20.196388677548 °20.594117029746 °2-1.94551363597 °20.136036705737 °2--4.81157262152 °2
S-0.0147356341973 Å °0.042329015578 Å °0.025949285954 Å °0.0429480132509 Å °0.10356746698 Å °-0.215428366737 Å °-0.615925536716 Å °0.133297218941 Å °-0.0788195722334 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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