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- PDB-9bl8: MIT (L7C/A43C) Domain of Vps4p -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bl8
タイトルMIT (L7C/A43C) Domain of Vps4p
要素Vacuolar protein sorting-associated protein 4
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Vps4 ESCRT ESCRTIII MIT MIM Disulfide Bond
機能・相同性
機能・相同性情報


ESCRT IV complex / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / late endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / intralumenal vesicle formation / protein retention in Golgi apparatus / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / sterol metabolic process / nuclear membrane reassembly / multivesicular body sorting pathway ...ESCRT IV complex / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / late endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / intralumenal vesicle formation / protein retention in Golgi apparatus / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / sterol metabolic process / nuclear membrane reassembly / multivesicular body sorting pathway / vacuole organization / midbody abscission / membrane fission / plasma membrane repair / late endosome to vacuole transport / multivesicular body assembly / reticulophagy / endosomal transport / ATPase complex / nucleus organization / autophagosome maturation / nuclear pore / macroautophagy / autophagy / protein transport / midbody / endosome / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vacuolar protein sorting-associated protein 4, MIT domain / MIT (microtubule interacting and transport) domain / MIT domain superfamily / Vps4 oligomerisation, C-terminal / MIT domain / Microtubule Interacting and Trafficking molecule domain / : / Vps4 C terminal oligomerisation domain / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain ...Vacuolar protein sorting-associated protein 4, MIT domain / MIT (microtubule interacting and transport) domain / MIT domain superfamily / Vps4 oligomerisation, C-terminal / MIT domain / Microtubule Interacting and Trafficking molecule domain / : / Vps4 C terminal oligomerisation domain / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Vacuolar protein sorting-associated protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Wienkers, H.J. / Han, H. / Whitby, F.G. / Hill, C.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Vps4 substrate binding and coupled mechanisms of Vps4p substrate recruitment and release from autoinhibition.
著者: Wienkers, H.J. / Han, H. / Whitby, F.G. / Hill, C.P.
履歴
登録2024年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vacuolar protein sorting-associated protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5552
ポリマ－9,5201
非ポリマー351
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)20.699, 42.939, 96.463
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Vacuolar protein sorting-associated protein 4 / DOA4-independent degradation protein 6 / Protein END13 / Vacuolar protein-targeting protein 10


分子量: 9519.728 Da / 分子数: 1 / 断片: MIT Domain / 変異: L7C, A43C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: VPS4, CSC1, DID6, END13, GRD13, VPL4, VPT10, YPR173C, P9705.10
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52917
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.37 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Vps4 MIT Domain (10mg/ml) in 20mM Tris pH = 8, 100mM NaCl mixed in a 1:2 ratio with 0.2M Calcium Chloride dihydrate, 0.1M sodium acetate trihydrate pH=4.6, 20% 2-propanol
PH範囲: 4.6-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→32.07 Å / Num. obs: 19914 / % possible obs: 90.05 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 10.9 Å2 / CC1/2: 0.983 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1327 / Rpim(I) all: 0.06755 / Rrim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 7.95
反射 シェル解像度: 1.3→1.33 Å / 冗長度: 3.33 % / Rmerge(I) obs: 0.4811 / Mean I/σ(I) obs: 1.72 / Num. unique obs: 1397 / CC1/2: 0.734 / Rpim(I) all: 0.2675 / Rrim(I) all: 0.5555 / % possible all: 92.59

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→32.07 Å / SU ML: 0.1205 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 15.616
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1803 1992 10.01 %
Rwork0.136 17918 -
obs0.1405 19910 90.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 15.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→32.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数666 0 1 150 817
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065739
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84721009
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064111
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052131
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2347300
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.330.24361400.19321259X-RAY DIFFRACTION92.59
1.33-1.370.23761430.16591280X-RAY DIFFRACTION90.81
1.37-1.410.21871440.16661302X-RAY DIFFRACTION93.96
1.41-1.450.23981460.17381315X-RAY DIFFRACTION94.08
1.45-1.50.18131430.13051288X-RAY DIFFRACTION92.14
1.5-1.560.17041470.12191317X-RAY DIFFRACTION94.88
1.56-1.640.17741440.11471299X-RAY DIFFRACTION91.91
1.64-1.720.18551480.13051328X-RAY DIFFRACTION92.77
1.72-1.830.20411430.12951285X-RAY DIFFRACTION91.83
1.83-1.970.151370.12471238X-RAY DIFFRACTION87.64
1.97-2.170.17541410.11421267X-RAY DIFFRACTION89
2.17-2.480.13861420.11721281X-RAY DIFFRACTION88.44
2.48-3.130.17221390.13671258X-RAY DIFFRACTION85.6
3.13-32.070.1911350.15531201X-RAY DIFFRACTION77.14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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