PDB-9bkz: Crystal Structure of Dephospho-CoA kinase from Klebsiella aerogen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bkz

タイトル

Crystal Structure of Dephospho-CoA kinase from Klebsiella aerogenes (CoA and ADP bound)

要素

Dephospho-CoA kinase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

dephospho-CoA kinase / dephospho-CoA kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella aerogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Dephospho-CoA kinase from Klebsiella aerogenes (CoA and ADP bound)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2024年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bkz.cif.gz	172.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bkz.ent.gz	135.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bkz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9bkz_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9bkz_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9bkz_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	9bkz_validation.cif.gz	21.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/9bkz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/9bkz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dephospho-CoA kinase

B: Dephospho-CoA kinase

ヘテロ分子

49.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dephospho-CoA kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
25.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dephospho-CoA kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.096, 50.551, 70.595
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.22, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Dephospho-CoA kinase / Dephosphocoenzyme A kinase 分子量: 23850.084 Da / 分子数: 2 / 変異: G2T, V127I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes (バクテリア) 遺伝子: coaE, EAE_11320 / プラスミド: KlaeA.00139.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3FR62, dephospho-CoA kinase
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.15 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Morpheus F4: 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG 1000; 12.5% w/v PEG 3350, 100 mM midazole/MES monohydrate (acid), pH 6.5, 20 mM D-Glucose; 20 mM D-Mannose; 20 mMD-Galactose; 20 mM L-Fucose; 20 mM D- ...詳細: Morpheus F4: 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG 1000; 12.5% w/v PEG 3350, 100 mM midazole/MES monohydrate (acid), pH 6.5, 20 mM D-Glucose; 20 mM D-Mannose; 20 mMD-Galactose; 20 mM L-Fucose; 20 mM D-Xylose; 20 mM N-Acetyl-D-Glucosamine. KlaeA.00139.a.B1.PW39166 at 24.8 mg/mL. Soak with 5mM ADP and 5 mM CoA in 18.75% v/v MPD; 18.75% PEG 1000; 18.75% w/v PEG 3350 for 10 days. Plate: Liu-S-118 Well G12 , Puck: PSL-0715, Cryo: 18.75% v/v MPD; 18.75% PEG 1000; 18.75% w/v PEG 3350

結晶

マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.15 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus F4: 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG 1000; 12.5% w/v PEG 3350, 100 mM midazole/MES monohydrate (acid), pH 6.5, 20 mM D-Glucose; 20 mM D-Mannose; 20 mMD-Galactose; 20 mM L-Fucose; 20 mM D- ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月13日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→39.64 Å / Num. obs: 18892 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.088 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.096 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 129858
反射シェル	解像度: 2.35→2.43 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 1.154 / Num. measured all: 12786 / Num. unique obs: 1842 / CC_1/2: 0.787 / R_pim(I) all: 0.471 / R_rim(I) all: 1.248 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_5316: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→39.64 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2831	948	5.03 %
R_work	0.2313	-	-
obs	0.234	18851	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→39.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3034	0	102	12	3148

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3184
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.636	4342
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.69	1213
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	508
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	552

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.47	0.3713	142	0.3278	2513	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.63	0.2996	136	0.2732	2537	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.83	0.3462	112	0.2629	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-3.12	0.3361	115	0.2533	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.57	0.2978	131	0.2263	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-4.49	0.2324	165	0.2051	2533	X-RAY DIFFRACTION	100
4.49-39.64	0.2844	147	0.2232	2637	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4777	-1.2437	1.0926	0.136	-0.3673	0.8595	-0.1714	-0.1534	0.0535	-0.0147	0.0906	0.05	0.1019	-0.0942	0.0644	0.7543	-0.0212	-0.0604	0.3476	0.0322	0.4221	-13.4611	-3.0311	-21.3863
2	5.1884	2.1682	3.903	7.0928	3.825	4.639	-0.071	0.6669	-0.1741	0.4234	0.2434	-0.7947	-0.2109	1.8578	0.1275	0.8028	-0.0248	-0.0154	0.5013	0.1145	0.5937	-5.8395	1.9676	-27.6337
3	4.3359	6.282	-0.59	8.7879	-1.2955	3.5484	-0.7835	0.5907	0.172	-1.023	0.7483	0.3735	0.1263	-0.3375	0.0125	0.721	0.0818	-0.1204	0.5792	-0.0359	0.5294	-3.0523	-11.266	-11.3423
4	1.4621	0.7832	-0.727	4.8018	-0.716	2.1008	0.0653	0.0951	-0.1896	0.0645	0.0765	-0.0369	0.4093	-0.1971	-0.1466	0.5462	0.1026	-0.1135	0.4066	-0.0158	0.4188	-0.9993	-13.859	-7.4677
5	1.7411	-0.3429	0.0941	1.1401	-2.3279	3.867	0.1367	0.2891	0.1532	0.0894	0.2572	0.4975	-0.7776	-0.7935	-0.4303	0.6509	0.2255	-0.0241	0.652	0.0695	0.5885	-40.7855	-2.6605	-17.8349
6	6.5451	-0.6521	0.8779	5.3217	-0.7002	3.4734	0.456	0.5421	0.2063	0.3257	-0.2478	0.3878	0.3014	-1.1731	-0.2526	0.8369	0.098	0.0608	0.8511	0.0577	0.5386	-42.6165	-1.5826	-30.3882
7	2.133	1.3886	0.0603	5.3005	1.1478	3.9307	-0.1541	0.1627	-0.1162	-0.2047	0.2787	-0.0272	0.1233	-0.0951	-0.0702	0.6842	0.0879	-0.0114	0.4855	0.0523	0.4533	-34.3385	-14.2434	-10.1879

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 77 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 78 through 101 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 102 through 145 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 146 through 202 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 54 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 55 through 101 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 102 through 202 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)