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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9bky | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of a C2 domain from Trichomonas vaginalis (sulfate bound) | |||||||||
![]() | XYPPX repeat family protein | |||||||||
![]() | LIPID BINDING PROTEIN / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Trichomonas vaginalis / C2 domain | |||||||||
機能・相同性 | C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / calcium ion binding / XYPPX repeat family protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a C2 domain from Trichomonas vaginalis (sulfate bound) 著者: Liu, L. / Lovell, S. / Buchko, G.W. / Battaile, K.P. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 184.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 147.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15905.209 Da / 分子数: 3 / 断片: M1-E130 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C2 domain 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: TVAG_347440 / プラスミド: TrvaA.17083.b.B2 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.59 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Crystal Screen HT C8: 2.0M Ammonium Sulfate, TrvaA.17083.b.B2.PB00135 at 12 mg/mL. plate 13973 well C8, drop 1, Puck: PSL-0315, Cryo: 2.5M Lithium Sulfate. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月13日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.73→44.94 Å / Num. obs: 53166 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.202 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.206 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 1389460 |
反射 シェル | 解像度: 1.73→1.77 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.4 % / Rmerge(I) obs: 2.503 / Num. measured all: 105572 / Num. unique obs: 3860 / CC1/2: 0.748 / Rpim(I) all: 0.484 / Rrim(I) all: 2.55 / Χ2: 1.06 / Net I/σ(I) obs: 2.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.73→44.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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