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- PDB-9bky: Crystal structure of a C2 domain from Trichomonas vaginalis (sulf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bky
タイトルCrystal structure of a C2 domain from Trichomonas vaginalis (sulfate bound)
要素XYPPX repeat family protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Trichomonas vaginalis / C2 domain
機能・相同性C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / calcium ion binding / XYPPX repeat family protein
機能・相同性情報
生物種Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00036 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030394 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a C2 domain from Trichomonas vaginalis (sulfate bound)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Buchko, G.W. / Battaile, K.P.
履歴
登録2024年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XYPPX repeat family protein
B: XYPPX repeat family protein
C: XYPPX repeat family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,82125
ポリマ－47,7163
非ポリマー2,10522
水4,882271
1
A: XYPPX repeat family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5748
ポリマ－15,9051
非ポリマー6687
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: XYPPX repeat family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5748
ポリマ－15,9051
非ポリマー6687
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: XYPPX repeat family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6749
ポリマ－15,9051
非ポリマー7698
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.399, 86.399, 132.663
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-356-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 XYPPX repeat family protein


分子量: 15905.209 Da / 分子数: 3 / 断片: M1-E130 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C2 domain
由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
遺伝子: TVAG_347440 / プラスミド: TrvaA.17083.b.B2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A2FNQ6
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.59 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Crystal Screen HT C8: 2.0M Ammonium Sulfate, TrvaA.17083.b.B2.PB00135 at 12 mg/mL. plate 13973 well C8, drop 1, Puck: PSL-0315, Cryo: 2.5M Lithium Sulfate.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月13日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→44.94 Å / Num. obs: 53166 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.202 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.206 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 1389460
反射 シェル解像度: 1.73→1.77 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.4 % / Rmerge(I) obs: 2.503 / Num. measured all: 105572 / Num. unique obs: 3860 / CC1/2: 0.748 / Rpim(I) all: 0.484 / Rrim(I) all: 2.55 / Χ2: 1.06 / Net I/σ(I) obs: 2.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21_5207: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.73→44.94 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2094 2597 4.89 %
Rwork0.1796 --
obs0.1811 53062 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→44.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3185 0 112 271 3568
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093415
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d14664
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8541210
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066504
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008579
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.73-1.760.34361220.2912623X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.80.3241460.27072588X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.830.26211260.22692628X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.870.231280.20292611X-RAY DIFFRACTION100
1.87-1.920.22211400.18722616X-RAY DIFFRACTION100
1.92-1.960.22761210.18272634X-RAY DIFFRACTION100
1.96-2.020.21071300.18532623X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.080.22691440.17612624X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.140.21591290.16752633X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.220.20231210.1692645X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.310.20911350.16332627X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.410.21451460.16292648X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.540.19471640.18062628X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.70.21591420.18842650X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.910.22971130.20042688X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.20.21871570.18162667X-RAY DIFFRACTION100
3.2-3.660.19121350.16372703X-RAY DIFFRACTION100
3.66-4.610.16071300.14312752X-RAY DIFFRACTION100
4.62-44.940.21181680.19932877X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1691-0.088-0.30560.33280.34280.3558-0.0936-0.24290.05530.3420.0033-0.1131-0.1819-0.2983-0.04940.20770.0131-0.040.1655-0.02060.1536-16.5338-31.2514-8.6717
23.36061.36130.64780.55390.1360.2064-0.2660.5878-0.2065-0.50350.3187-0.1399-0.42030.26110.04810.3453-0.0040.00040.20660.01310.1705-10.9222-26.7696-34.8379
30.19130.3339-0.19090.5421-0.16841.70920.1609-0.0534-0.1202-0.1151-0.03070.06370.434-0.17680.00150.16550.0193-0.01980.1287-0.00470.1443-13.0259-34.2036-17.6589
40.32050.4414-0.01590.25090.18350.48370.02850.2464-0.08370.09930.0819-0.12170.39080.6646-0.17250.19270.0649-0.0250.179-0.03950.1494-8.5597-34.6809-27.8097
51.17430.04190.4180.4362-0.39380.652-0.0788-0.05820.12710.0342-0.0362-0.0075-0.32180.0118-0.04420.18490.0226-0.00960.1505-0.02690.1569-9.453-24.7068-11.531
60.1664-0.03590.04760.2215-0.066-0.01750.14770.48190.45650.2049-0.1757-0.4082-0.28020.2268-0.0020.1876-0.03030.02440.24390.08580.2681-2.4554-22.1595-25.6341
70.5156-0.22930.1462-0.0058-0.14830.11-0.1369-0.20740.13250.0580.0307-0.0634-0.2922-0.1846-0.00710.19980.0471-0.01430.1941-0.02130.1487-15.9439-26.3383-10.1168
80.02480.00490.0229-0.0054-0.00750.00530.0924-0.243-0.397-0.50930.21360.3666-0.299-0.0861-0.00010.69680.12650.08010.9487-0.00260.4614-23.0124-32.1706-1.8595
90.4252-0.14770.68550.26290.01240.80150.0407-0.457-0.16750.03620.0129-0.14710.0643-0.44870.01080.1903-0.0544-0.03320.19940.03220.217-9.0031-61.21450.6297
100.69280.0805-0.72091.1821-0.20680.7018-0.0150.094-0.053-0.3450.1818-0.2925-0.39660.15370.17350.2057-0.01480.05260.1555-0.0030.1967-8.6714-51.4198-13.7239
110.35680.42650.08140.40240.01690.57140.0550.2863-0.2218-0.50210.0413-0.36340.54150.16440.05680.268-0.02710.05310.16-0.02030.2121-11.1409-59.6077-17.1868
120.64480.0951-0.01660.4191-0.26990.4575-0.0861-0.17920.0527-0.3766-0.0413-0.1267-0.3405-0.1907-0.11410.1790.0126-0.05730.2307-0.01690.2723-5.9167-55.35983.6743
131.36620.49660.44951.61860.71621.1895-0.0246-0.04320.2862-0.45450.1742-0.3567-0.2048-0.1187-0.19980.17070.0150.06830.13660.0030.2086-9.2804-48.5549-12.3183
140.20550.20840.13451.15610.23450.63490.1128-0.84720.07660.1913-0.18770.21840.0976-0.1778-0.27870.1867-0.07150.01150.43440.00750.1792-18.8787-56.10022.9813
150.20220.0651-0.22030.1090.10490.2975-0.0322-0.06990.0268-0.42190.27460.65950.0786-0.06590.00230.1819-0.0214-0.03560.1820.01270.3078-20.4701-44.0094-12.4474
160.61920.8426-0.14270.8218-0.29211.10710.0651-0.6867-0.15350.226-0.018-0.1324-0.0626-0.5473-0.15380.1943-0.0811-0.03910.26980.08390.1997-13.3471-62.97773.462
170.54310.0506-0.11120.5806-0.0742-0.0110.1367-0.19020.2390.1392-0.01280.0464-0.318-0.0039-0.01050.2009-0.04010.02090.2209-0.02770.1736.0989-24.557-13.4458
180.0526-0.03770.0460.01390.02550.0613-0.03170.2524-0.0143-0.70860.1709-0.2682-0.36830.26290.00130.3401-0.05280.05150.2666-0.03080.206517.6653-36.0079-44.333
190.17670.22920.1970.39460.27710.2743-0.029-0.1404-0.01670.04460.07650.23470.1916-0.06730.00010.1369-0.01250.02420.1564-0.00050.18995.553-34.3655-28.0046
200.1979-0.16020.04550.2233-0.22190.19990.0790.46080.176-0.3117-0.04040.0768-0.2575-0.0923-0.00510.2185-0.04320.02070.21790.01420.181912.9713-27.0795-39.5195
210.14880.40160.17510.40230.11060.18410.00590.0168-0.1335-0.0437-0.0534-0.01970.17470.2166-00.1818-0.0110.02470.15520.00660.1835.285-31.5205-18.9418
221.7328-0.0643-0.35811.6919-0.11080.1310.0812-0.0598-0.3056-0.25570.10760.0866-0.09170.04310.00940.1148-0.0005-0.00830.1447-0.01140.200110.8193-37.6365-34.175
230.3558-0.4498-0.60670.82340.27710.35410.0041-0.29540.15780.0990.0627-0.21810.11710.3763-0.03920.2202-0.0652-0.02150.2944-0.01010.140418.0887-29.4169-18.149
240.24590.06530.0680.4908-0.15890.0646-0.2020.068-0.5277-0.63470.2652-0.87920.12920.33750.01010.2088-0.03090.07760.1915-0.0510.354421.7517-41.3842-34.3539
250.45080.5324-0.03111.0376-0.12450.58610.3163-0.20820.130.0914-0.1302-0.0005-0.57050.1970.10260.2222-0.05860.03340.1713-0.02330.17112.2979-22.8694-18.2994
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 13 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 14 through 25 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 26 through 64 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 65 through 78 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 79 through 102 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 103 through 113 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 114 through 123 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 124 through 130 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid -1 through 13 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 14 through 38 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 39 through 51 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 52 through 64 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 65 through 86 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 87 through 102 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 103 through 113 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 114 through 130 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid -5 through 13 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 14 through 25 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 26 through 38 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 39 through 51 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 52 through 64 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 65 through 86 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 87 through 102 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 103 through 113 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 114 through 130 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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