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Yorodumi- PDB-9bky: Crystal structure of a C2 domain from Trichomonas vaginalis (sulf... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 9bky | |||||||||
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Title | Crystal structure of a C2 domain from Trichomonas vaginalis (sulfate bound) | |||||||||
Components | XYPPX repeat family protein | |||||||||
Keywords | LIPID BINDING PROTEIN / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Trichomonas vaginalis / C2 domain | |||||||||
Function / homology | C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / calcium ion binding / XYPPX repeat family protein Function and homology information | |||||||||
Biological species | Trichomonas vaginalis G3 (eukaryote) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.73 Å | |||||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of a C2 domain from Trichomonas vaginalis (sulfate bound) Authors: Liu, L. / Lovell, S. / Buchko, G.W. / Battaile, K.P. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 9bky.cif.gz | 184.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb9bky.ent.gz | 147.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 9bky.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 9bky_validation.pdf.gz | 470.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 9bky_full_validation.pdf.gz | 472.1 KB | Display | |
Data in XML | 9bky_validation.xml.gz | 19.8 KB | Display | |
Data in CIF | 9bky_validation.cif.gz | 28.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/9bky ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/9bky | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15905.209 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: M1-E130 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: C2 domain / Source: (gene. exp.) Trichomonas vaginalis G3 (eukaryote) / Gene: TVAG_347440 / Plasmid: TrvaA.17083.b.B2 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A2FNQ6 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.59 Å3/Da / Density % sol: 52.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: Crystal Screen HT C8: 2.0M Ammonium Sulfate, TrvaA.17083.b.B2.PB00135 at 12 mg/mL. plate 13973 well C8, drop 1, Puck: PSL-0315, Cryo: 2.5M Lithium Sulfate. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9786 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Apr 13, 2024 |
Radiation | Monochromator: Double Crystal Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.73→44.94 Å / Num. obs: 53166 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 26.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.202 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.206 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 1389460 |
Reflection shell | Resolution: 1.73→1.77 Å / % possible obs: 100 % / Redundancy: 27.4 % / Rmerge(I) obs: 2.503 / Num. measured all: 105572 / Num. unique obs: 3860 / CC1/2: 0.748 / Rpim(I) all: 0.484 / Rrim(I) all: 2.55 / Χ2: 1.06 / Net I/σ(I) obs: 2.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.73→44.94 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.13 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.73→44.94 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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