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- PDB-9bkx: Mycobacterium tuberculosis encapsulin in complex with DyP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bkx
タイトルMycobacterium tuberculosis encapsulin in complex with DyP
要素
  • Dye-decolorizing peroxidase
  • Type 1 encapsulin shell protein
キーワードPROTEIN BINDING / Encapsulin / DyP
機能・相同性
機能・相同性情報


encapsulin nanocompartment / peroxidase / peroxidase activity / heme binding / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / : / : / : / Dyp-type peroxidase, C-terminal / Dyp-type peroxidase, N-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Type 1 encapsulin shell protein / Dye-decolorizing peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Cuthbert, B.J. / Batot, G.O. / Contreras, H. / Chen, X. / Burley, K.H. / Goulding, C.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Microorganisms / 年: 2024
タイトル: Structural Characterization of Mycobacterium tuberculosis Encapsulin in Complex with Dye-Decolorizing Peroxide.
著者: Cuthbert, B.J. / Chen, X. / Burley, K. / Batot, G. / Contreras, H. / Dixon, S. / Goulding, C.W.
履歴
登録2024年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type 1 encapsulin shell protein
B: Type 1 encapsulin shell protein
C: Type 1 encapsulin shell protein
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q: Dye-decolorizing peroxidase
r: Dye-decolorizing peroxidase
s: Dye-decolorizing peroxidase
t: Dye-decolorizing peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)955,511187
ポリマ－934,00329
非ポリマー21,509158
水7,062392
1
A: Type 1 encapsulin shell protein
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ヘテロ分子

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ヘテロ分子

A: Type 1 encapsulin shell protein
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O: Type 1 encapsulin shell protein
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Q: Type 1 encapsulin shell protein
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S: Type 1 encapsulin shell protein
T: Type 1 encapsulin shell protein
d: Dye-decolorizing peroxidase
g: Dye-decolorizing peroxidase
h: Dye-decolorizing peroxidase
i: Dye-decolorizing peroxidase
p: Dye-decolorizing peroxidase
q: Dye-decolorizing peroxidase
r: Dye-decolorizing peroxidase
s: Dye-decolorizing peroxidase
t: Dye-decolorizing peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,866,534561
ポリマ－2,802,00887
非ポリマー64,526474
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-z+1/2,-x,y+1/21
crystal symmetry operation10_545-y,z-1/2,-x+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)313.451, 313.451, 313.451
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Space group name HallP2ac2ab3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y+1/2,-z,x+1/2
#5: z+1/2,-x+1/2,-y
#6: -y,z+1/2,-x+1/2
#7: -z+1/2,-x,y+1/2
#8: -z,x+1/2,-y+1/2
#9: y+1/2,-z+1/2,-x
#10: x+1/2,-y+1/2,-z
#11: -x,y+1/2,-z+1/2
#12: -x+1/2,-y,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-414-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
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NCSドメイン領域:
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ID
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ens_2
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3given(0.356383312901, -0.336379865505, 0.871687742468), (0.0116346770282, 0.934470419955, 0.355850626695), (-0.934267396721, -0.116677419886, 0.336943335165)-44.5876039079, -33.0541980337, 116.867396232
4given(0.33429303132, -0.936395914374, 0.106821630555), (0.876262745149, 0.350537857671, 0.330585558976), (-0.347003992304, -0.016908633389, 0.937711217509)-29.7830026736, -145.826450659, 30.8027447742
5given(-0.495623031541, -0.778226307364, -0.385644428371), (0.819363706635, -0.271662220203, -0.504819526528), (0.288098814395, -0.566183232392, 0.772292444934)86.3652309872, -125.464972603, -49.7610336102
6given(-0.46810455043, 0.192801978504, 0.862383630962), (-0.577077156466, 0.672378054179, -0.46356197832), (-0.669223494321, -0.714657364996, -0.203481609255)63.3089165065, 56.7779784205, 90.4771844704
7given(0.17719968804, -0.508802374922, -0.842449057114), (0.748769006961, -0.485823180871, 0.450911090064), (-0.638705914152, -0.710701048404, 0.294887732916)89.1360119029, -210.606056558, 48.9994350263
8given(-0.706998388217, 0.201974104705, -0.677760828085), (0.201637266194, -0.861005739024, -0.466917048574), (-0.677861115524, -0.466771441282, 0.568004163421)202.388227556, -124.791050548, 49.7403198013
9given(-0.498717221038, 0.818366679033, 0.285582058413), (-0.777428195592, -0.27665141043, -0.564862282158), (-0.383257790707, -0.503726091993, 0.77419215322)160.151127021, 4.81326132784, 7.86856894837
10given(0.520792018147, 0.477980306504, 0.707326304069), (-0.83574905442, 0.454410778879, 0.308276437754), (-0.174066630548, -0.751695197958, 0.636125095793)20.0635147662, -1.1522007493, -17.4210821016
11given(0.939118112894, -0.343488665288, 0.0085268314277), (0.109282076027, 0.322127466356, 0.94036765325), (-0.325752356698, -0.882184466106, 0.34005289275)-23.838344346, -134.632690262, 7.21722759449
12given(-0.281187553991, 0.491728435153, 0.824097509729), (0.565323840692, 0.778800037452, -0.271807757082), (-0.775462774494, 0.389453010935, -0.496974685118)75.1236283001, -39.7541447612, 208.382115591
13given(0.636890267949, -0.178260716914, 0.750062599652), (0.707058903858, 0.522863454607, -0.476110821461), (-0.307308465661, 0.833568788188, 0.459047472807)-43.8713989536, -55.1526287678, 132.192824144
14given(0.523178528558, -0.833495628477, -0.177677417151), (0.479334723607, 0.460179755854, -0.747310387354), (0.70464349142, 0.305809793191, 0.640279564244)-14.5838610286, -21.0515898891, -3.06746157433
15given(-0.47030117029, -0.568049990726, -0.675378425226), (0.199682668115, 0.676951905478, -0.708422860814), (0.859618311391, -0.468033466437, -0.204941535605)123.179376106, 15.071590211, -10.2358076585
16given(-0.966916093381, 0.249551359057, -0.052890335158), (0.248849154253, 0.877148058549, -0.410713259843), (-0.0561013973766, -0.410286975879, -0.910229218733)178.503490737, 3.89540699507, 120.671727579
17given(0.453372175255, -0.304472103866, -0.837705442666), (0.747488371603, 0.641815404507, 0.171272066768), (0.48550469104, -0.703825066693, 0.518570603171)84.4895016809, -100.343726337, -56.2218174552
18given(-0.429580828242, 0.256655718913, -0.865787591709), (0.901451743355, 0.0652497891843, -0.427933662398), (-0.0533391639323, -0.964297831046, -0.259392803736)200.551352559, -111.223096409, 26.254656716
19given(-0.423430468548, 0.904146918826, -0.0567889732431), (0.25330897725, 0.0579780411517, -0.96564647195), (-0.869793768861, -0.423269294801, -0.253578200422)187.204248951, -17.9493923483, 133.033597353
20given(0.087737654351, -0.860423961856, 0.501968833567), (-0.449855594915, 0.415377694259, 0.790627165506), (-0.888781214773, -0.295181261221, -0.350622268676)46.7863832221, -126.381234275, 11.8028487085
21given(-0.945567267995, -0.220896348323, -0.238971431336), (0.277331774266, -0.162780328546, -0.94688418068), (0.170263409691, -0.961617058884, 0.215181326755)147.785473043, -8.69910838568, -16.0004339474
22given(0.234624712273, -0.136705285908, -0.962425534364), (-0.33955966322, 0.916169563435, -0.212914457353), (0.910851513423, 0.376755883618, 0.168536419371)138.34667166, 38.5658165379, 21.4283136217
23given(-0.207163774026, 0.483914303139, -0.850241211627), (0.403531901884, 0.833984504886, 0.376340071971), (0.891204339584, -0.265135423562, -0.368046236606)205.405173779, -78.8203162115, 14.3519387595

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 29分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTdghipqrst

#1: タンパク質
Type 1 encapsulin shell protein / Culture filtrate protein 29 / CFP29


分子量: 30461.139 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: enc, cfp29, Rv0798c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: I6WZG6
#2: タンパク質
Dye-decolorizing peroxidase / DyP


分子量: 36086.637 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: dyp, Rv0799c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: I6Y4U9, peroxidase

-
非ポリマー , 6種, 550分子

#3: 化合物...
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物...
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#7: 化合物 ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル


分子量: 546.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H50O13 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Trimethlyamine N-oxide (TMN), 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, and 20% polyethylene glycol MME 2000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→54.56 Å / Num. obs: 174789 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 52.51 Å2 / CC1/2: 0.957 / Rmerge(I) obs: 0.204 / Rpim(I) all: 0.155 / Rrim(I) all: 0.257 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 3.15→3.2 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.887 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 8661 / CC1/2: 0.507 / Rpim(I) all: 0.683 / Rrim(I) all: 1.125 / Χ2: 0.99 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
MOSFLMデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.15→49.56 Å / SU ML: 0.3743 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.6013
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2327 8545 4.89 %
Rwork0.2011 166127 -
obs0.2026 174672 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→49.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数41211 0 1121 392 42724
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001943084
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.526758338
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0426725
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00457499
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.445515919
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.434159192948
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.402124405418
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.443445639405
ens_1d_5AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.394349372794
ens_1d_6AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.423298591817
ens_1d_7AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.424123721501
ens_1d_8AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.323031491438
ens_1d_9AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.434042873653
ens_1d_10AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.41138606353
ens_1d_11AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.405849841182
ens_1d_12AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.482798988958
ens_1d_13AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.464366891365
ens_1d_14AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.471742079765
ens_1d_15AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.472514472529
ens_1d_16AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.47439348018
ens_1d_17AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.481841015055
ens_1d_18AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.494460476541
ens_1d_19AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.441091913119
ens_1d_20AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.416220099788
ens_2d_2UdX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.36215675186
ens_2d_3UdX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.79262793053
ens_3d_2YpX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.85511178293
ens_3d_3YpX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.33737234588
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.15-3.190.32423080.29475537X-RAY DIFFRACTION99.76
3.19-3.220.34892870.28595466X-RAY DIFFRACTION99.72
3.22-3.260.31292620.26785589X-RAY DIFFRACTION99.66
3.26-3.30.30623210.25685509X-RAY DIFFRACTION99.85
3.3-3.350.29242520.24295516X-RAY DIFFRACTION99.9
3.35-3.390.29142850.24895525X-RAY DIFFRACTION99.95
3.39-3.440.25112730.25395572X-RAY DIFFRACTION99.64
3.44-3.490.29112860.24675472X-RAY DIFFRACTION99.72
3.49-3.550.27212510.22695582X-RAY DIFFRACTION99.91
3.55-3.610.25692960.23875560X-RAY DIFFRACTION99.83
3.61-3.670.28522560.22965529X-RAY DIFFRACTION99.79
3.67-3.730.26132910.21325541X-RAY DIFFRACTION99.79
3.74-3.810.22852800.19285539X-RAY DIFFRACTION99.71
3.81-3.880.23532940.19945516X-RAY DIFFRACTION99.9
3.88-3.970.24472810.18725550X-RAY DIFFRACTION99.76
3.97-4.060.21643400.1765489X-RAY DIFFRACTION99.79
4.06-4.160.22853190.18525469X-RAY DIFFRACTION99.81
4.16-4.280.20932810.17215611X-RAY DIFFRACTION99.75
4.28-4.40.20072620.16245529X-RAY DIFFRACTION99.5
4.4-4.540.19333420.16525488X-RAY DIFFRACTION99.61
4.54-4.70.17672780.14985525X-RAY DIFFRACTION99.28
4.71-4.890.1892940.15365556X-RAY DIFFRACTION99.2
4.89-5.120.19853180.16295476X-RAY DIFFRACTION99.04
5.12-5.380.20492350.19475567X-RAY DIFFRACTION98.84
5.39-5.720.2153190.20715476X-RAY DIFFRACTION98.27
5.72-6.160.24612340.21325487X-RAY DIFFRACTION97.49
6.16-6.780.23542860.21255559X-RAY DIFFRACTION98.83
6.78-7.760.24162720.20255594X-RAY DIFFRACTION98.8
7.76-9.760.18212660.16835597X-RAY DIFFRACTION98.49
9.77-49.560.20892760.21065701X-RAY DIFFRACTION97.47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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