ソフトウェア 名称 バージョン 分類 PHENIX(1.21_5207: ???)精密化 Aimlessデータスケーリング XDSデータ削減 PHASER位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換 / 解像度 : 1.85→40.83 Å / SU ML : 0.21 / 交差検証法 : FREE R-VALUE / σ(F) : 1.34 / 位相誤差 : 25.09 / 立体化学のターゲット値 : MLRfactor 反射数 %反射 Rfree 0.2256 637 5.11 % Rwork 0.1923 - - obs 0.1939 12462 99.96 %
溶媒の処理 減衰半径 : 0.9 Å / VDWプローブ半径 : 1.1 Å / 溶媒モデル : FLAT BULK SOLVENT MODEL精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.85→40.83 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1037 0 0 50 1087
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal 数 X-RAY DIFFRACTION f_bond_d0.012 1070 X-RAY DIFFRACTION f_angle_d1.115 1459 X-RAY DIFFRACTION f_dihedral_angle_d14.661 379 X-RAY DIFFRACTION f_chiral_restr0.073 163 X-RAY DIFFRACTION f_plane_restr0.008 186
LS精密化 シェル 解像度 (Å)Rfactor Rfree Num. reflection Rfree Rfactor Rwork Num. reflection Rwork Refine-ID % reflection obs (%)1.85-1.99 0.2451 135 0.228 2310 X-RAY DIFFRACTION 100 1.99-2.19 0.2439 126 0.1888 2306 X-RAY DIFFRACTION 100 2.19-2.51 0.2304 125 0.1974 2329 X-RAY DIFFRACTION 100 2.51-3.16 0.2528 131 0.2117 2368 X-RAY DIFFRACTION 100 3.16-40.83 0.2045 120 0.1791 2512 X-RAY DIFFRACTION 100
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 5) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 1.4026 -0.8669 -0.3533 1.049 -0.368 0.3849 0.0397 0.1438 0.0361 -0.1836 -0.0208 0.01 -0.0557 0.1729 0.0015 0.2233 0.0175 0.0283 0.159 0.0185 0.1623 10.7827 26.2081 2.8038 2 1.6104 0.178 0.8065 1.7474 -1.3007 1.4585 0.1701 0.2146 0.2919 -0.2043 -0.0911 -0.1197 0.0638 0.0185 0.0073 0.168 0.0044 0.0234 0.1835 0.0064 0.1933 10.4828 29.6149 0.1124 3 1.4598 0.1496 -0.2406 1.1982 1.2037 1.5281 0.0545 -0.0582 0.0728 0.1016 -0.0335 0.0592 -0.0466 -0.1957 -0 0.2175 0.0066 0.0267 0.1716 0.0095 0.2136 6.4126 29.0666 8.1521 4 1.5068 -0.7273 -1.1691 1.0162 0.4597 0.822 -0.0318 0.0999 -0.3561 0.1885 0.0203 0.2337 0.2296 0.1223 -0.0005 0.2119 0.0152 0.0206 0.1122 0.0064 0.2151 7.6699 19.7801 6.4332 5 0.0141 -0.0221 -0.0144 0.0119 0.0498 0.0683 0.3531 -0.0013 -0.6709 0.7822 -0.0703 -0.7585 0.0642 -0.0156 -0.0002 0.805 -0.1125 -0.0337 0.6318 -0.0487 0.6393 22.4842 27.8186 19.1684
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Selection details 1 X-RAY DIFFRACTION 1 chain 'A' and (resid -1 through 25 ) 2 X-RAY DIFFRACTION 2 chain 'A' and (resid 26 through 51 )3 X-RAY DIFFRACTION 3 chain 'A' and (resid 52 through 95 )4 X-RAY DIFFRACTION 4 chain 'A' and (resid 96 through 123 )5 X-RAY DIFFRACTION 5 chain 'A' and (resid 124 through 129 )