PDB-9bkw: Crystal structure of a C2 domain from Trichomonas vaginalis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bkw

タイトル

Crystal structure of a C2 domain from Trichomonas vaginalis

要素

XYPPX repeat family protein

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Trichomonas vaginalis / C2 domain

機能・相同性

Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / calcium ion binding / membrane / XYPPX repeat family protein

機能・相同性情報

生物種

Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a C2 domain from Trichomonas vaginalis
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Buchko, G.W. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2024年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bkw.cif.gz	68.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bkw.ent.gz	49.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bkw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/9bkw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/9bkw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (5) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (5) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (5)

登録構造単位

A: XYPPX repeat family protein

15.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.657, 81.657, 41.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-237- HOH

#1: タンパク質	XYPPX repeat family protein 分子量: 15905.209 Da / 分子数: 1 / 断片: M1-E130 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C2 domain 由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし) 遺伝子: TVAG_347440 / プラスミド: TrvaA.17083.b.B2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A2FNQ6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

XYPPX repeat family protein

分子量: 15905.209 Da / 分子数: 1 / 断片: M1-E130 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C2 domain
由来: (組換発現)

Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
遺伝子: TVAG_347440 / プラスミド: TrvaA.17083.b.B2 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A2FNQ6

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.39 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: Grid Screen Salt HT C10: 2.4 M Sodium malonate pH 5.0, TrvaA.17083.b.B2.PB00135 at 12 mg/mL. plate 13979 well C10 drop 1, Puck: PSL-0101, Cryo: 3.0M Malonate, pH 7.0.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月13日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→41.46 Å / Num. obs: 12504 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.199 / R_sym value: 0.195 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 24.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 900 / CC_1/2: 0.68 / R_pim(I) all: 0.483 / R_rim(I) all: 2.422 / R_sym value: 2.372 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21_5207: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→40.83 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2256	637	5.11 %
R_work	0.1923	-	-
obs	0.1939	12462	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→40.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1037	0	0	50	1087

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	1070
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.115	1459
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.661	379
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	163
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	186

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.99	0.2451	135	0.228	2310	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.19	0.2439	126	0.1888	2306	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.51	0.2304	125	0.1974	2329	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-3.16	0.2528	131	0.2117	2368	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-40.83	0.2045	120	0.1791	2512	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4026	-0.8669	-0.3533	1.049	-0.368	0.3849	0.0397	0.1438	0.0361	-0.1836	-0.0208	0.01	-0.0557	0.1729	0.0015	0.2233	0.0175	0.0283	0.159	0.0185	0.1623	10.7827	26.2081	2.8038
2	1.6104	0.178	0.8065	1.7474	-1.3007	1.4585	0.1701	0.2146	0.2919	-0.2043	-0.0911	-0.1197	0.0638	0.0185	0.0073	0.168	0.0044	0.0234	0.1835	0.0064	0.1933	10.4828	29.6149	0.1124
3	1.4598	0.1496	-0.2406	1.1982	1.2037	1.5281	0.0545	-0.0582	0.0728	0.1016	-0.0335	0.0592	-0.0466	-0.1957	-0	0.2175	0.0066	0.0267	0.1716	0.0095	0.2136	6.4126	29.0666	8.1521
4	1.5068	-0.7273	-1.1691	1.0162	0.4597	0.822	-0.0318	0.0999	-0.3561	0.1885	0.0203	0.2337	0.2296	0.1223	-0.0005	0.2119	0.0152	0.0206	0.1122	0.0064	0.2151	7.6699	19.7801	6.4332
5	0.0141	-0.0221	-0.0144	0.0119	0.0498	0.0683	0.3531	-0.0013	-0.6709	0.7822	-0.0703	-0.7585	0.0642	-0.0156	-0.0002	0.805	-0.1125	-0.0337	0.6318	-0.0487	0.6393	22.4842	27.8186	19.1684

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 51 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 52 through 95 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 96 through 123 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 124 through 129 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)