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- PDB-9bku: Cryo-EM structure of TRPV3 K169A in nanodiscs incubated with NASPM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bku
タイトルCryo-EM structure of TRPV3 K169A in nanodiscs incubated with NASPM
要素Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
キーワードMEMBRANE PROTEIN / tetramer / transient receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of hair cycle / osmosensory signaling pathway / TRP channels / response to temperature stimulus / sodium channel activity / positive regulation of calcium ion import / calcium ion import across plasma membrane / actin filament organization / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity ...negative regulation of hair cycle / osmosensory signaling pathway / TRP channels / response to temperature stimulus / sodium channel activity / positive regulation of calcium ion import / calcium ion import across plasma membrane / actin filament organization / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / lysosome / receptor complex / cilium / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6OU / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.39 Å
データ登録者Zhang, J. / Yuan, P. / Maksaev, G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R35HL171542 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS099341 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of TRPV3 channel blockade by intracellular polyamines.
著者: Jingying Zhang / Peng Yuan / Colin G Nichols / Grigory Maksaev /
要旨: ThermoTRPV1-4 channels are involved in the regulation of multiple physiological processes, including thermo- and pain perception, thermoregulation, itch, and nociception and therefore tight control ...ThermoTRPV1-4 channels are involved in the regulation of multiple physiological processes, including thermo- and pain perception, thermoregulation, itch, and nociception and therefore tight control of their activity is a critical requirement for correct perception of noxious stimuli and pain. We previously reported a voltage-dependent inhibition of TRPV1-4 channels by intracellular polyamines that could be explained by high affinity spermine binding in, and passage through, the permeation path. Here, using electrophysiology and cryo-electron microscopy, we elucidate molecular details of TRPV3 blockade by endogenous spermine and its analog NASPM. We identify a high-affinity polyamine interaction site at the intracellular side of the pore, formed by residues E679 and E682, with no significant contribution of residues at the channel selectivity filter. A cryo-EM structure of TRPV3 in the presence of NASPM reveals conformational changes coupled to polyamine blockade. Paradoxically, although the TRPV3 'gating switch' is in the 'activated' configuration, the pore is closed at both gates. A modified blocking model, in which spermine interacts with the cytoplasmic entrance to the channel, from which spermine may permeate, or cause closure of the channel, provides a unifying explanation for electrophysiological and structural data and furnishes the essential background for further exploitation of this regulatory process.
履歴
登録2024年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
B: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
C: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
D: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)392,60340
ポリマ－366,7554
非ポリマー25,84836
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "D"
d_4ens_1chain "C"

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ARGARGPHEPHEAA117 - 748117 - 748
d_126OU6OU6OU6OUAE801
d_136OU6OU6OU6OUBN801
d_146OU6OU6OU6OUAF802
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d_166OU6OU6OU6OUAG803
d_176OU6OU6OU6OUAH804
d_186OU6OU6OU6OUAI805
d_196OU6OU6OU6OUAJ806
d_1106OU6OU6OU6OUBO802
d_21ARGARGPHEPHEBB117 - 748117 - 748
d_226OU6OU6OU6OUBP803
d_236OU6OU6OU6OUCW801
d_246OU6OU6OU6OUBQ804
d_256OU6OU6OU6OUAK807
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d_31ARGARGPHEPHEDD117 - 748117 - 748
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d_396OU6OU6OU6OUDNA809
d_3106OU6OU6OU6OUAM809
d_41ARGARGPHEPHECC117 - 748117 - 748
d_426OU6OU6OU6OUCY803
d_436OU6OU6OU6OUDGA802
d_446OU6OU6OU6OUCZ804
d_456OU6OU6OU6OUBV809
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d_486OU6OU6OU6OUCCA807
d_496OU6OU6OU6OUCDA808
d_4106OU6OU6OU6OUDHA803

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(6.35047570086E-14, -1, -1.79830507304E-13), (1, 6.35047570086E-14, -5.0024304701E-13), (5.0024304701E-13, -1.79830507304E-13, 1)336, 7.59143858886E-11, -6.86668499839E-11
2given(-2.32858177185E-12, 1, 6.21182115952E-12), (-1, -2.32858177185E-12, 1.75520790686E-11), (1.75520790686E-11, -6.21182115948E-12, 1)-6.19820639258E-10, 335.999999997, -2.43176145887E-9
3given(-1, -2.34922099399E-12, 1.76771391952E-11), (2.34922099387E-12, -1, -6.25367082094E-12), (1.76771391952E-11, -6.2536708209E-12, 1)335.999999997, 336.000000001, -2.44938291871E-9

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要素

#1: タンパク質
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3 / TrpV3 / Vanilloid receptor-like 3 / VRL-3


分子量: 91688.805 Da / 分子数: 4 / 変異: K169A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRPV3 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q8NET8
#2: 化合物...
ChemComp-6OU / [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate / POPE


分子量: 717.996 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN
配列の詳細The sequence for this construct was obtained from GenBank sequence EAW90503.1.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TRPV3 K169A in nanodiscs incubated with NASPM / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Komagataella pastoris (菌類)
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl PH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM NASPM
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
220 mMTris1
30.1 mM1-Naphthylacetyl spermine trihydrochloride1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 44.1 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 3749

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
12Coot0.9モデルフィッティング
19PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1864667
3次元再構成解像度: 3.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 266529 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 6UW6

6uw6


Accession code: 6UW6 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 60.38 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.001817804
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.395724128
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03232876
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00272976
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.07182922
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.68062868236E-10
ens_1d_3AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.68060047771E-10
ens_1d_4AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints7.36312732167E-13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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