PDB-9bks: Crystal structure of the Human TRIP12 WWE domain (isoform 2) in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bks

タイトル

Crystal structure of the Human TRIP12 WWE domain (isoform 2) in complex with ADP

要素

Isoform 2 of E3 ubiquitin-protein ligase TRIP12

キーワード

LIGASE / TRIP12 / Isoform 2 / WWE / SGC / Structural Genomics Consortium / PSI-Biology / Protein Structure Initiative

機能・相同性

機能・相同性情報

: / negative regulation of double-strand break repair / regulation of double-strand break repair / HECT-type E3 ubiquitin transferase / nuclear thyroid hormone receptor binding / regulation of embryonic development / protein polyubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.17 Å

データ登録者

Kimani, S. / Dong, A. / Li, Y. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the Human TRIP12 WWE domain (isoform 2) in complex with ADP
著者: Kimani, S. / Dong, A. / Li, Y. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L.

履歴

登録	2024年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2024年7月31日	ID: 7UW7
改定 1.0	2024年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bks.cif.gz	52.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bks.ent.gz	35.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bks.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9bks_validation.pdf.gz	746.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9bks_full_validation.pdf.gz	747 KB	表示
XML形式データ	9bks_validation.xml.gz	6.3 KB	表示
CIF形式データ	9bks_validation.cif.gz	7.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/9bks ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/9bks	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Isoform 2 of E3 ubiquitin-protein ligase TRIP12

ヘテロ分子

9.52 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.371, 33.671, 66.421
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Isoform 2 of E3 ubiquitin-protein ligase TRIP12 / E3 ubiquitin-protein ligase for Arf / ULF / HECT-type E3 ubiquitin transferase TRIP12 / Thyroid ...E3 ubiquitin-protein ligase for Arf / ULF / HECT-type E3 ubiquitin transferase TRIP12 / Thyroid receptor-interacting protein 12 / TR-interacting protein 12 / TRIP-12 分子量: 9090.911 Da / 分子数: 1 / 断片: WWE domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIP12, KIAA0045, ULF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q14669-2, HECT-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.15 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 12.5% MPD, 12.5% PEG1000, 12.5% PEG3350, 0.1 M Sodium Hepes, MOPS pH 7.5, 0.09 M Sodium nitrate, 0.09 M Sodium phosphate dibasic, 0.09 M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.17→50 Å / Num. obs: 23321 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.052 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.057 / Χ²: 1.187 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 153097

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.17-1.19	3.3	0.214	936	0.927	0.981	0.129	0.251	0.813	83
1.19-1.21	4.2	0.215	1096	0.951	0.987	0.113	0.244	0.816	91.9
1.21-1.24	5.7	0.209	1129	0.966	0.991	0.093	0.23	0.773	98.6
1.24-1.26	6.5	0.192	1158	0.976	0.994	0.079	0.208	0.77	97.6
1.26-1.29	6.8	0.182	1153	0.977	0.994	0.074	0.197	0.773	99.7
1.29-1.32	7.1	0.155	1153	0.979	0.995	0.062	0.168	0.81	98.7
1.32-1.35	7	0.136	1152	0.989	0.997	0.055	0.147	0.696	99.6
1.35-1.39	7	0.122	1190	0.989	0.997	0.049	0.131	0.718	99.7
1.39-1.43	6.7	0.107	1149	0.993	0.998	0.044	0.116	0.696	99.7
1.43-1.47	6.4	0.091	1169	0.992	0.998	0.038	0.099	0.751	99
1.47-1.53	7.3	0.081	1178	0.995	0.999	0.032	0.087	0.813	100
1.53-1.59	7.3	0.074	1166	0.995	0.999	0.029	0.08	0.904	100
1.59-1.66	7.2	0.067	1188	0.995	0.999	0.027	0.073	0.979	99.7
1.66-1.75	7.1	0.06	1187	0.997	0.999	0.024	0.065	1.111	99.7
1.75-1.86	6.8	0.055	1169	0.996	0.999	0.023	0.06	1.301	99.7
1.86-2	6.1	0.05	1192	0.997	0.999	0.021	0.054	1.601	99.1
2-2.2	7.3	0.048	1196	0.998	0.999	0.019	0.052	1.793	99.8
2.2-2.52	7.3	0.047	1219	0.997	0.999	0.019	0.051	2.037	100
2.52-3.18	7	0.044	1229	0.998	1	0.018	0.048	2.216	99.8
3.18-50	6.3	0.042	1312	0.997	0.999	0.018	0.046	2.653	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.17→30.05 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 0.983 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17251	1134	4.9 %	RANDOM
R_work	0.14978	-	-	-
obs	0.15089	22138	98.24 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.591 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.33 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.61 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.17→30.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	590	0	27	77	694

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	712
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	638
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.495	1.784	986
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.597	1.791	1467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.434	5	91
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.88	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.765	10	115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	914
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	185
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.275	1.077	334
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.262	1.076	334
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.038	1.926	429
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.037	1.933	430
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.96	1.246	378
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.959	1.246	378
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.082	2.195	556
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	12.506	13.09	803
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	11.484	12.52	782
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.145	3	1350
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.17→1.2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.194	85	-
R_work	0.175	1379	-
obs	-	-	84.82 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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