PDB-9bkr: Crystal structure of the Human TRIP12 WWE domain (isoform 2) in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bkr

タイトル

Crystal structure of the Human TRIP12 WWE domain (isoform 2) in complex with ATP

要素

Isoform 2 of E3 ubiquitin-protein ligase TRIP12

キーワード

LIGASE / TRIP12 / Isoform 2 / WWE / SGC / TRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics Consortium / PSI-Biology / Protein Structure Initiative

機能・相同性

HECT-type E3 ubiquitin transferase / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Isoform 2 of E3 ubiquitin-protein ligase TRIP12

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Kimani, S. / Dong, A. / Li, Y. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the Human TRIP12 WWE domain (isoform 2) in complex with ATP
著者: Kimani, S. / Dong, A. / Li, Y. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)

履歴

登録	2024年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2024年7月31日	ID: 8TRE
改定 1.0	2024年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bkr.cif.gz	53.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bkr.ent.gz	35.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bkr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9bkr_validation.pdf.gz	771.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9bkr_full_validation.pdf.gz	771.3 KB	表示
XML形式データ	9bkr_validation.xml.gz	6.1 KB	表示
CIF形式データ	9bkr_validation.cif.gz	7.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/9bkr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/9bkr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Isoform 2 of E3 ubiquitin-protein ligase TRIP12

ヘテロ分子

9.62 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.351, 33.492, 66.081
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Isoform 2 of E3 ubiquitin-protein ligase TRIP12 / E3 ubiquitin-protein ligase for Arf / ULF / HECT-type E3 ubiquitin transferase TRIP12 / Thyroid ...E3 ubiquitin-protein ligase for Arf / ULF / HECT-type E3 ubiquitin transferase TRIP12 / Thyroid receptor-interacting protein 12 / TR-interacting protein 12 / TRIP-12 分子量: 9090.911 Da / 分子数: 1 / 断片: WWE domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIP12, KIAA0045, ULF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q14669-2, HECT-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.41 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 25 % P3350, 0.2 M Mg Cl, 0.1 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 13611 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 12.2 % / CC_1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.128 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.134 / Χ²: 1.632 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 166083

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.4-1.42	4.5	0.724	525	0.126	0.474	0.407	0.843	0.7	78.2
1.42-1.45	5.9	0.637	627	0.858	0.961	0.266	0.695	0.633	88.7
1.45-1.48	8.5	0.596	632	0.936	0.983	0.201	0.63	0.737	96.9
1.48-1.51	10.2	0.538	684	0.965	0.991	0.168	0.565	0.718	99.6
1.51-1.54	11.5	0.527	677	0.965	0.991	0.16	0.551	0.758	100
1.54-1.58	13	0.517	673	0.978	0.994	0.148	0.539	0.768	99.9
1.58-1.62	13.9	0.527	690	0.965	0.991	0.147	0.547	0.784	99.7
1.62-1.66	14.9	0.501	675	0.983	0.996	0.135	0.52	0.826	100
1.66-1.71	14.8	0.441	677	0.98	0.995	0.121	0.458	0.88	99.9
1.71-1.76	14.2	0.377	683	0.968	0.992	0.107	0.392	1.013	99.3
1.76-1.83	13.9	0.313	676	0.951	0.987	0.089	0.326	1.14	99.1
1.83-1.9	15.2	0.262	706	0.98	0.995	0.074	0.272	1.335	100
1.9-1.99	14.9	0.239	678	0.979	0.995	0.069	0.249	1.601	100
1.99-2.09	13.8	0.198	691	0.981	0.995	0.058	0.207	1.863	100
2.09-2.22	13.2	0.18	698	0.981	0.995	0.055	0.188	2.269	99.4
2.22-2.39	12	0.157	704	0.983	0.996	0.051	0.166	2.638	99.6
2.39-2.63	11	0.133	688	0.975	0.994	0.046	0.142	2.628	98.9
2.63-3.02	12.8	0.117	722	0.992	0.998	0.036	0.122	3.293	100
3.02-3.8	11.8	0.096	726	0.994	0.998	0.03	0.101	3.512	99.9
3.8-50	11.5	0.087	779	0.994	0.999	0.027	0.091	3.14	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→33.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 3.328 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20764	630	4.6 %	RANDOM
R_work	0.16196	-	-	-
obs	0.16416	12941	97.47 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.478 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.23 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.3 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.4→33.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	595	0	32	54	681

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	731
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	658
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.356	1.812	1009
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.514	1.814	1504
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.52	5	90
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.502	5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.174	10	117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	946
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	197
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.321	1.989	339
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.232	1.986	339
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.786	3.569	436
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.792	3.577	437
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.345	2.233	392
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.336	2.233	392
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.402	3.979	574
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	13.444	21.46	791
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	12.889	20.92	779
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.346	3	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.433 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.425	40	-
R_work	0.294	710	-
obs	-	-	74.78 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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