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- PDB-9bki: Crystal structure of Rid family protein ACIAD3089 from Acinetobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bki
タイトルCrystal structure of Rid family protein ACIAD3089 from Acinetobacter baylyi in C2 space group
要素Rid family protein ACIAD3089
キーワードHYDROLASE / Rid family protein / deamination / stress / Endoribonuclease L-PSP/chorismate mutase-like domain-containing protein
機能・相同性Endoribonuclease L-PSP/chorismate mutase-like / YjgF/YER057c/UK114 family / Endoribonuclease L-PSP / RutC-like superfamily / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter baylyi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Zhou, D. / Chen, L. / Rose, J.P. / Wang, B.C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Rid family protein ACIAD3089 from Acinetobacter baylyi in C2 space group
著者: Zhou, D. / Chen, L. / Rose, J.P. / Wang, B.C.
履歴
登録2024年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rid family protein ACIAD3089
B: Rid family protein ACIAD3089
C: Rid family protein ACIAD3089
D: Rid family protein ACIAD3089
E: Rid family protein ACIAD3089
F: Rid family protein ACIAD3089
G: Rid family protein ACIAD3089
H: Rid family protein ACIAD3089
I: Rid family protein ACIAD3089


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,1029
ポリマ－160,1029
非ポリマー00
水2,540141
1
A: Rid family protein ACIAD3089
B: Rid family protein ACIAD3089
C: Rid family protein ACIAD3089


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3673
ポリマ－53,3673
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Rid family protein ACIAD3089
F: Rid family protein ACIAD3089

E: Rid family protein ACIAD3089


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3673
ポリマ－53,3673
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455x-1/2,y+1/2,z1
3
I: Rid family protein ACIAD3089

G: Rid family protein ACIAD3089

H: Rid family protein ACIAD3089


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3673
ポリマ－53,3673
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-x+1/2,y+1/2,-z1
crystal symmetry operation4_545-x+1/2,y-1/2,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)159.270, 77.380, 150.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.418, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 2 through 18 or resid 29 through 158))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 2 through 18 or resid 29 through 158))
d_3ens_1(chain "C" and (resid 2 through 18 or resid 29 through 158))
d_4ens_1(chain "D" and (resid 2 through 18 or resid 29 through 158))
d_5ens_1(chain "E" and (resid 2 through 18 or resid 29 through 158))
d_6ens_1chain "F"
d_7ens_1(chain "G" and (resid 2 through 18 or resid 29 through 158))
d_8ens_1(chain "H" and (resid 2 through 18 or resid 29 through 158))
d_9ens_1(chain "I" and (resid 2 through 18 or resid 29 through 158))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ASNASNPHEPHEAA2 - 182 - 18
d_12THRTHRGLNGLNAA29 - 15829 - 158
d_21ASNASNPHEPHEBB2 - 182 - 18
d_22THRTHRGLNGLNBB29 - 15829 - 158
d_31ASNASNPHEPHECC2 - 182 - 18
d_32THRTHRGLNGLNCC29 - 15829 - 158
d_41ASNASNPHEPHEDD2 - 182 - 18
d_42THRTHRGLNGLNDD29 - 15829 - 158
d_51ASNASNPHEPHEEE2 - 182 - 18
d_52THRTHRGLNGLNEE29 - 15829 - 158
d_61ASNASNGLNGLNFF2 - 1582 - 158
d_71ASNASNPHEPHEGG2 - 182 - 18
d_72THRTHRGLNGLNGG29 - 15829 - 158
d_81ASNASNPHEPHEHH2 - 182 - 18
d_82THRTHRGLNGLNHH29 - 15829 - 158
d_91ASNASNPHEPHEII2 - 182 - 18
d_92THRTHRGLNGLNII29 - 15829 - 158

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.291438745972, 0.916868196562, 0.272793268758), (-0.192297844647, 0.223197738274, -0.955617239575), (-0.937061895656, -0.330961447548, 0.111263309078)47.0110202474, 56.6335054411, 88.1763639462
2given(-0.289094785942, -0.17937650662, -0.940344763166), (0.922372296806, 0.210724214025, -0.323766353577), (0.256229488597, -0.960947123673, 0.104532648858)107.698187888, -27.2149190757, 32.6278556658
3given(-0.90007869604, -0.277530551021, -0.335909413659), (-0.344599040763, -0.0184054732061, 0.938569517756), (-0.266664287147, 0.960540489415, -0.079070387341)53.0672715944, -38.9718453296, 65.1146198478
4given(0.630395818516, -0.776259987695, -0.00464149781828), (-0.775979262339, -0.63031002691, 0.0237792850513), (-0.0213844901361, -0.0113886558105, -0.999706457967)44.314950032, -11.667496634, 99.4695310076
5given(-0.0334641586879, 0.405166354505, 0.913630327463), (0.324902795202, -0.860080390961, 0.393319074993), (0.945155185011, 0.310003139115, -0.102857814413)-50.0181036657, -43.0096449683, 9.49296905088
6given(0.321263456731, -0.694128022437, 0.644186370422), (-0.265745681443, 0.5868320427, 0.7648577557), (-0.908938405044, -0.416910592488, 0.00406616622694)-25.9844197004, -73.4668975347, 44.83343265
7given(-0.535158050616, -0.844751802273, -0.000503405774775), (0.835529892974, -0.529403512342, 0.147043255767), (-0.124481560107, 0.0782707715396, 0.989129934597)46.2244211314, -16.9967340486, -40.898101371
8given(0.612648195609, 0.0833130990312, -0.78595236239), (-0.703701631224, -0.395219516945, -0.590428274762), (-0.359814122332, 0.914800776648, -0.183502960235)69.0910456947, 53.4944677476, 23.4620570161

-
要素

#1: タンパク質
Rid family protein ACIAD3089


分子量: 17789.084 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baylyi (バクテリア)
遺伝子: ACIAD3089 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6F828
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M SODIUM SULFATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→50 Å / Num. obs: 70631 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.94 % / Biso Wilson estimate: 50.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 14.85
反射 シェル解像度: 2.38→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.581 / Mean I/σ(I) obs: 3.88 / Num. unique obs: 4701

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.38→43.53 Å / SU ML: 0.2943 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 26.4261
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2429 2000 2.83 %
Rwork0.2001 68631 -
obs0.2013 70631 96.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→43.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10305 0 0 141 10446
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008310436
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.109314109
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06321684
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00761817
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.4953761
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.03413222643
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.838921121569
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.937285473758
ens_1d_5AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.699771817693
ens_1d_6AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.873366038404
ens_1d_7AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.873951361425
ens_1d_8AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.901719471021
ens_1d_9AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.863168660147
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.38-2.440.33511330.2684568X-RAY DIFFRACTION91.21
2.44-2.510.29181370.24484676X-RAY DIFFRACTION92.5
2.51-2.580.31911380.24294757X-RAY DIFFRACTION94.13
2.58-2.660.29311400.22654787X-RAY DIFFRACTION95.19
2.66-2.760.241420.22734871X-RAY DIFFRACTION96.26
2.76-2.870.28971410.23274862X-RAY DIFFRACTION96.58
2.87-30.26021400.25164795X-RAY DIFFRACTION95.31
3-3.160.27911440.23774954X-RAY DIFFRACTION98.44
3.16-3.350.25361460.21965010X-RAY DIFFRACTION98.68
3.35-3.610.23661470.2055039X-RAY DIFFRACTION99.37
3.61-3.980.23491460.19115028X-RAY DIFFRACTION99.42
3.98-4.550.18931460.16395023X-RAY DIFFRACTION98.08
4.55-5.730.23141480.17275079X-RAY DIFFRACTION99.89
5.73-43.530.24511520.19075182X-RAY DIFFRACTION98.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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