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万見
- PDB-9bk6: Structure of B10_CYTX binder-complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bk6
タイトルStructure of B10_CYTX binder-complex
要素
  • B10_CYTX binder
  • Cytotoxin 1
キーワードDE NOVO PROTEIN/TOXIN / cytotoxins / protein design / diffusion / deep learning / DE NOVO PROTEIN / DE NOVO PROTEIN-TOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


other organism cell membrane / toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Snake cytotoxin, cobra-type / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Snake three-finger toxin / Snake toxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種synthetic construct (人工物)
Naja pallida (コブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bera, A.K. / Torres, S.V. / Kang, A. / Baker, D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: De novo designed proteins neutralize lethal snake venom toxins.
著者: Vazquez Torres, S. / Benard Valle, M. / Mackessy, S.P. / Menzies, S.K. / Casewell, N.R. / Ahmadi, S. / Burlet, N.J. / Muratspahic, E. / Sappington, I. / Overath, M.D. / Rivera-de-Torre, E. / ...著者: Vazquez Torres, S. / Benard Valle, M. / Mackessy, S.P. / Menzies, S.K. / Casewell, N.R. / Ahmadi, S. / Burlet, N.J. / Muratspahic, E. / Sappington, I. / Overath, M.D. / Rivera-de-Torre, E. / Ledergerber, J. / Laustsen, A.H. / Boddum, K. / Bera, A.K. / Kang, A. / Brackenbrough, E. / Cardoso, I.A. / Crittenden, E.P. / Edge, R.J. / Decarreau, J. / Ragotte, R.J. / Pillai, A.S. / Abedi, M. / Han, H.L. / Gerben, S.R. / Murray, A. / Skotheim, R. / Stuart, L. / Stewart, L. / Fryer, T.J.A. / Jenkins, T.P. / Baker, D.
履歴
登録2024年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年3月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B10_CYTX binder
B: Cytotoxin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2312
ポリマ－18,2312
非ポリマー00
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1820 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area9590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.564, 63.663, 77.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 B10_CYTX binder


分子量: 11392.827 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Cytotoxin 1 / CTX-1 / Cardiotoxin gamma


分子量: 6838.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Naja pallida (コブラ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01468
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES pH 6, 0.01 M Zinc chloride, 20% (w/v) PEG 6000 and 10 % (v/v) Ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月28日 / 詳細: KB bimorph mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→33.17 Å / Num. obs: 12102 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 33.64 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.599 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 864 / CC1/2: 0.929 / Rpim(I) all: 0.281 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_5288精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→33.17 Å / SU ML: 0.1903 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.4279
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 599 4.97 %
Rwork0.2496 11448 -
obs0.2514 12047 99.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→33.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1241 0 0 57 1298
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00211255
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.43781688
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041197
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0039216
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3773499
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.20.41671420.33012786X-RAY DIFFRACTION99.19
2.2-2.520.33611570.30592811X-RAY DIFFRACTION99.53
2.52-3.170.34571540.28132858X-RAY DIFFRACTION99.54
3.17-33.170.22271460.21342993X-RAY DIFFRACTION99.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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