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- PDB-9bjt: X-ray crystal structure of Y62F Thermothelomyces thermophilus pol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bjt
タイトルX-ray crystal structure of Y62F Thermothelomyces thermophilus polysaccharide monooxygenase 9E
要素Glycoside hydrolase family 61 protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / polysaccharide monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


lytic cellulose monooxygenase (C4-dehydrogenating) / cellulose catabolic process / monooxygenase activity / hydrolase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Auxiliary Activity family 9 / : / Auxiliary Activity family 9 (formerly GH61)
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / OXYGEN MOLECULE / lytic cellulose monooxygenase (C4-dehydrogenating)
類似検索 - 構成要素
生物種Thermothelomyces thermophilus (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Thomas, W.C. / Sayler, R.I. / Marletta, M.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32-GM143897 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32-GM149060 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1904540 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: Electron transfer in polysaccharide monooxygenase catalysis.
著者: Sayler, R.I. / Thomas, W.C. / Rose, A.J. / Marletta, M.A.
履歴
登録2024年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase family 61 protein
B: Glycoside hydrolase family 61 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7856
ポリマ－48,5642
非ポリマー2214
水41423
1
A: Glycoside hydrolase family 61 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4394
ポリマ－24,2821
非ポリマー1583
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glycoside hydrolase family 61 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3452
ポリマ－24,2821
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.894, 114.606, 91.417
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Glycoside hydrolase family 61 protein / Lytic polysaccharide monooxygenase


分子量: 24281.832 Da / 分子数: 2 / 変異: Y62F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermothelomyces thermophilus (菌類)
遺伝子: MYCTH_79765 / プラスミド: pPICZa / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD 1163 / 参照: UniProt: G2Q7A5
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.1 % / 解説: Plate-like
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: The crystal was grown by hanging drop in conditions optimized from Hampton Index HT G8 (0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 28 % w/v polyethylene glycol 3,350). 1 ul 28 mg/mL Y62F Mt ...詳細: The crystal was grown by hanging drop in conditions optimized from Hampton Index HT G8 (0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 28 % w/v polyethylene glycol 3,350). 1 ul 28 mg/mL Y62F Mt PMO9E in 50 mM MOPS, 50 mM MES was mixed with 1 uL with 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, and 26% PEG 3,350. The crystal was then cryoprotected for 6 seconds in well solution mixed with cryoprotectants to a final concentration of 8% w/v sucrose, 2% w/v glucose, 8% v/v glycerol, and 8% ethylene glycol
PH範囲: 7-7.5 / Temp details: Room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→39.51 Å / Num. obs: 11339 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 15.08 Å2 / CC1/2: 0.839 / CC star: 0.341 / Rmerge(I) obs: 0.341 / Rpim(I) all: 0.205 / Net I/σ(I): 3.1
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.572 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1779 / CC1/2: 0.68 / CC star: 0.911 / Rpim(I) all: 0.344 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→39.51 Å / SU ML: 0.3619 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.3162
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2626 1136 10.02 %
Rwork0.2263 10203 -
obs0.2299 11339 97.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→39.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3426 0 8 23 3457
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00793531
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09324825
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541515
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061652
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.14381238
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.140.29621340.24641270X-RAY DIFFRACTION97.5
3.14-3.30.2681480.23211260X-RAY DIFFRACTION98.95
3.3-3.510.27561360.22571224X-RAY DIFFRACTION94.77
3.51-3.780.29551380.25311258X-RAY DIFFRACTION96.28
3.78-4.160.27851480.23931268X-RAY DIFFRACTION97.19
4.16-4.760.22181410.19221287X-RAY DIFFRACTION99.24
4.76-5.990.22741460.20711309X-RAY DIFFRACTION98.18
5.99-39.510.25851450.2291327X-RAY DIFFRACTION95.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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