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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9bjl | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Influenza D virus Nucleoprotein (Oklahoma) | |||||||||
要素 | Nucleoprotein核タンパク質 | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / INFLUENZA VIRUS (オルトミクソウイルス科) / NUCLEOPROTEIN (核タンパク質) / Influenzavirus D Influenza D virus D/bovine | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 helical viral capsid / viral penetration into host nucleus / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza D virus (インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å | |||||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of Influenza D virus Nucleoprotein (Oklahoma) 著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9bjl.cif.gz | 720 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9bjl.ent.gz | 594.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9bjl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/9bjl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/9bjl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63408.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza D virus (インフルエンザウイルス) 遺伝子: NP / プラスミド: InvdC.18714.a.PQ11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: W5RBB9 #2: 化合物 | ChemComp-CL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.6 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 2.4M Malonate, pH 4.0, InvdC.18714.a.PQ11.PS38729 at 40 mg/mL. plate Liu-S-115 C2, Puck: PSL-0806, Cryo: 3.4M Malonate, pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月13日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.43→85.57 Å / Num. obs: 71662 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 2.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 169069 |
反射 シェル | 解像度: 2.43→2.49 Å / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Num. measured all: 13744 / Num. unique obs: 5626 / CC1/2: 0.591 / Rpim(I) all: 0.489 / Rrim(I) all: 0.802 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I) obs: 1.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.43→85.57 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.03 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.43→85.57 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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