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万見
- PDB-9bix: Encapsulin 2 of a two-component Family 2B encapsulin shell from S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bix
タイトルEncapsulin 2 of a two-component Family 2B encapsulin shell from Streptomyces lydicus
要素Crp/Fnr family transcriptional regulator
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / encapsulin / nanocompartment
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Type 2A encapsulin shell protein SrpI-like / Type 2A encapsulin shell protein SrpI-like / : / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Crp/Fnr family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces lydicus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Andreas, M.P. / Dutcher, C. / Giessen, T.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM133325 米国
引用ジャーナル: Adv Sci (Weinh) / 年: 2025
タイトル: A Two-Component Pseudo-Icosahedral Protein Nanocompartment with Variable Shell Composition and Irregular Tiling.
著者: Cassandra A Dutcher / Michael P Andreas / Tobias W Giessen /
要旨: Protein shells or capsids are a widespread form of compartmentalization in nature. Viruses use protein capsids to protect and transport their genomes while many cellular organisms use protein shells ...Protein shells or capsids are a widespread form of compartmentalization in nature. Viruses use protein capsids to protect and transport their genomes while many cellular organisms use protein shells for varied metabolic purposes. These protein-based compartments often exhibit icosahedral symmetry and consist of a small number of structural components with defined roles. Encapsulins are a prevalent protein-based compartmentalization strategy in prokaryotes. All encapsulins studied thus far consist of a single shell protein that adopts the viral Hong Kong 97 (HK97)-fold. Here, the characterization of a Family 2B two-component encapsulin from Streptomyces lydicus is reported. The differential assembly behavior of the two shell components and their ability to co-assemble into mixed shells with variable shell composition is demonstrated. The structures of both shell proteins are determined using cryo-electron microscopy. Using 3D-classification and cross-linking studies, the irregular tiling of mixed shells is highlighted. This work expands the known assembly modes of HK97-fold proteins and lays the foundation for future functional and engineering studies on two-component encapsulins.
履歴
登録2024年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.22025年9月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin / Item: _citation.journal_volume / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Crp/Fnr family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1851
ポリマ－52,1851
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable, gel filtration, cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Crp/Fnr family transcriptional regulator


分子量: 52185.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lydicus (バクテリア)
遺伝子: ADL29_33310 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0N0GVZ6
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1A two-component Family 2B encapsulin shell from Streptomyces lydicus with enriched encapsulin 2COMPLEXall0RECOMBINANT
2Encapsulin 1 of a two-component Family 2B encapsulin shell from Streptomyces lydicusCOMPLEX1RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Streptomyces lydicus (バクテリア)47763
32Streptomyces lydicus (バクテリア)47763
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
32Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTrisC4H11NO31
2150 mMsodium chlorideNaCl1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: The grid was glow discharged for 60 seconds at 5 mA.
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K
詳細: Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 54 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5607
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092 / 動画フレーム数/画像: 25

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARCv3.1.0粒子像選択Template Picker
2Leginon画像取得
4cryoSPARCv3.1.0CTF補正Patch CTF Estimation
7UCSF ChimeraXv 1.2.5モデルフィッティング
9cryoSPARCv3.1.0初期オイラー角割当
10cryoSPARCv3.1.0最終オイラー角割当
12cryoSPARCv3.1.0３次元再構成Homogeneous Refinement
13Coot0.8.9.1モデル精密化
14PHENIX1.20.1-4487モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 288651
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 155190
詳細: The map was generated by homogeneous refinement against the initial ab-initio map using I symmetry, per-particle defocus optimization, and per-group CTF parameter optimization.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 114.4 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient
詳細: The starting encapsulin model was first placed into the map using ChimeraX. It was then refined against the map by alternating rounds of manual refinements in Coot and real-space refinement in PHENIX.
原子モデル構築PDB-ID: 9BHU

9bhu


Accession code: 9BHU / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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