PDB-9biv: Crystal Structure of Ubc13 with a New Active Site Loop Conformation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9biv

タイトル

Crystal Structure of Ubc13 with a New Active Site Loop Conformation

要素

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2

キーワード

LIGASE / E2 / Conjugating / Enzyme / Ubiquitin / Ubc13 / Mms2

機能・相同性

機能・相同性情報

error-free postreplication DNA repair / UBC13-MMS2 complex / ubiquitin conjugating enzyme complex / ubiquitin-protein transferase activator activity / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / DNA double-strand break processing / postreplication repair / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / positive regulation of double-strand break repair / ubiquitin conjugating enzyme activity ...error-free postreplication DNA repair / UBC13-MMS2 complex / ubiquitin conjugating enzyme complex / ubiquitin-protein transferase activator activity / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / DNA double-strand break processing / postreplication repair / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / positive regulation of double-strand break repair / ubiquitin conjugating enzyme activity / positive regulation of intracellular signal transduction / protein K63-linked ubiquitination / protein monoubiquitination / ubiquitin ligase complex / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / regulation of DNA repair / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / negative regulation of TORC1 signaling / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / antiviral innate immune response / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / positive regulation of DNA repair / ubiquitin binding / NOD1/2 Signaling Pathway / double-strand break repair via homologous recombination / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / ISG15 antiviral mechanism / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Formation of Incision Complex in GG-NER / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / FCERI mediated NF-kB activation / G2/M DNA damage checkpoint / Interleukin-1 signaling / Aggrephagy / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Downstream TCR signaling / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / T cell receptor signaling pathway / Processing of DNA double-strand break ends / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Farraj, R.A. / Edwards, R.A. / Glover, J.N.M.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Ubc13 with a New Active Site Loop Conformation
著者: Farraj, R.A. / Edwards, R.A. / Glover, J.N.M.

履歴

登録	2024年4月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9biv.cif.gz	186.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9biv.ent.gz	150.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9biv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9biv_validation.pdf.gz	424.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9biv_full_validation.pdf.gz	426.1 KB	表示
XML形式データ	9biv_validation.xml.gz	17 KB	表示
CIF形式データ	9biv_validation.cif.gz	26.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/9biv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/9biv	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (15) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (14) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (15)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (14)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2

B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N

33.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.361, 42.942, 93.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.37, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 / DDVit 1 / Enterocyte differentiation-associated factor 1 / EDAF-1 / Enterocyte differentiation- ...DDVit 1 / Enterocyte differentiation-associated factor 1 / EDAF-1 / Enterocyte differentiation-promoting factor 1 / EDPF-1 / MMS2 homolog / Vitamin D3-inducible protein 分子量: 16380.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2V2, MMS2, UEV2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15819
#2: タンパク質	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N / Bendless-like ubiquitin-conjugating enzyme / E2 ubiquitin-conjugating enzyme N / Ubc13 / UbcH13 / ...Bendless-like ubiquitin-conjugating enzyme / E2 ubiquitin-conjugating enzyme N / Ubc13 / UbcH13 / Ubiquitin carrier protein N / Ubiquitin-protein ligase N 分子量: 17157.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2N, BLU / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61088, E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.01 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 7.5 詳細: Ubc13-Mms2 heterodimer was concentrated to 12 mg/mL and stored in 50 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 1mM TCEP. Complex was left to slowly equilibrate from 277K to 298 overnight

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 200K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→50 Å / Num. obs: 37365 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / CC_1/2: 0.94 / CC star: 0.984 / Net I/σ(I): 5.37
反射シェル	解像度: 1.68→1.71 Å / Num. unique obs: 1843 / CC_1/2: 0.94 / R_rim(I) all: 0.286

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.16_3546: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.68→42.684 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1766	1920	5.14 %
R_work	0.1438	-	-
obs	0.1454	37360	99.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→42.684 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2293	0	0	442	2735

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2346
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.803	3185
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.289	1452
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	347
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	418

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6805-1.7225	0.1943	131	0.175	2439	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7225-1.7691	0.1929	150	0.1686	2472	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7691-1.8211	0.2057	133	0.1651	2484	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8211-1.8799	0.189	139	0.1555	2541	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8799-1.9471	0.1895	138	0.1505	2527	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9471-2.025	0.1717	141	0.1417	2519	X-RAY DIFFRACTION	100
2.025-2.1172	0.161	148	0.1324	2512	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1172-2.2288	0.1664	121	0.1317	2550	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2288-2.3685	0.19	129	0.138	2536	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3685-2.5513	0.1692	130	0.1358	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5513-2.808	0.1666	133	0.143	2534	X-RAY DIFFRACTION	100
2.808-3.2142	0.1617	122	0.1388	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2142-4.0491	0.1812	153	0.1281	2546	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6974	0.7338	-2.1055	1.7737	-0.3152	5.5752	0.0535	-0.2992	0.0458	0.2139	-0.154	-0.0277	-0.1857	0.153	0.1307	0.1172	0.0164	-0.0185	0.1181	-0.0428	0.1072	15.5786	21.0861	23.8
2	2.7074	0.1677	-1.2477	0.8097	0.3471	1.8765	0.0082	0.0409	0.0138	0.0986	-0.0451	0.0812	-0.1106	-0.1382	0.0477	0.1151	0.0182	-0.0079	0.0808	-0.0068	0.1025	13.7521	21.1942	13.1214
3	1.5969	-0.839	-0.3247	2.5459	1.0194	2.4202	0.0448	0.148	0.1355	-0.1223	0.0145	-0.254	-0.0926	0.0194	-0.0278	0.0788	-0.0157	0.0036	0.0587	-0.0003	0.0895	21.4502	13.2362	3.7682
4	5.9432	-1.5048	1.6171	4.5165	2.4157	3.3065	-0.1497	-0.5286	-0.3424	0.3728	0.1274	0.3419	0.2291	-0.0914	-0.007	0.1179	0.0044	0.0404	0.1407	0.023	0.1167	11.739	9.7612	22.4625
5	0.6361	0.2704	0.4406	1.9862	-1.0612	7.2016	0.0031	0.1268	-0.1126	0.0304	-0.021	0.2034	-0.2963	-0.3512	-0.0582	0.0734	-0.0056	-0.0038	0.0579	-0.0099	0.1072	15.1761	7.831	3.2216
6	2.0503	-0.9801	0.9261	1.2556	0.2134	5.884	0.0346	-0.089	-0.2103	0.069	-0.064	0.1969	0.3661	-0.0955	-0.002	0.1288	-0.0086	0.0213	0.0759	0.0011	0.1213	17.2157	1.0834	8.7866
7	2.2879	2.1382	-1.1009	6.4777	3.2769	4.6767	0.0828	-0.317	-0.1241	0.3366	0.0192	-0.1115	0.4967	0.377	-0.1039	0.1433	0.0428	-0.0125	0.1987	0.0164	0.1154	20.8599	7.6801	23.2285
8	4.0031	-2.3466	-2.4764	2.8128	1.8397	3.671	-0.0071	-0.1735	0.0495	0.164	0.1139	-0.1384	0.1292	0.1364	-0.1416	0.0899	-0.0074	-0.013	0.0798	-0.0059	0.1064	25.4084	9.9095	11.1872
9	4.2211	-1.1159	0.5159	4.2204	-0.6714	4.4867	0.022	0.0173	0.0178	-0.0607	-0.0133	0.0835	-0.0443	-0.0813	0.0466	0.0993	-0.0107	0.0081	0.0562	-0.0257	0.0826	21.2188	4.9854	-2.3328
10	5.9423	0.5243	-0.0913	2.6852	-0.9831	2.1033	-0.1552	-0.6842	-0.0071	0.6917	0.1385	-0.2389	0.2555	0.228	-0.0599	0.3822	0.0313	-0.0202	0.2546	-0.0053	0.1232	8.2485	23.6939	47.6467
11	5.1909	-2.3983	0.3607	1.7894	-1.3032	1.9377	0.0247	-0.0903	-0.3545	0.1773	0.0631	0.4915	0.1103	-0.2475	0.003	0.1976	0.0067	0.018	0.1977	0.04	0.1214	-0.4803	22.5773	40.4055
12	3.7236	-1.7242	2.0702	2.7482	-1.3327	2.6062	-0.022	-0.1655	0.0329	0.1301	0.0439	0.1351	0.014	-0.1791	-0.052	0.116	0.0048	0.019	0.1365	-0.0031	0.0813	-1.5022	27.4602	32.161
13	1.8708	0.6873	0.43	5.1499	-1.5914	6.0772	0.0086	-0.286	-0.1955	0.068	0.3021	-0.7546	0.0615	0.5732	-0.099	0.1134	0.0381	-0.0556	0.2558	-0.0531	0.2073	17.0853	27.6578	38.4831
14	1.4468	-0.1923	1.6822	1.1687	-0.0819	4.203	-0.0705	-0.048	0.1866	0.174	-0.0244	-0.083	-0.237	0.1293	0.0378	0.1181	-0.0032	-0.011	0.1076	-0.0145	0.1279	5.3712	33.8503	30.515
15	6.3117	1.1532	-3.471	1.9804	-0.9242	1.9555	0.2862	-0.3912	1.0294	0.2775	0.0341	-0.2057	-0.6575	0.6544	-0.1765	0.3361	-0.0727	-0.0353	0.2961	-0.0029	0.4399	3.8407	44.0341	23.2418
16	3.7317	-0.4735	1.1124	4.2707	-0.1423	3.5159	-0.0304	0.1424	0.269	-0.1474	-0.0446	-0.0585	-0.1906	-0.0644	0.0379	0.0987	0.0215	-0.0229	0.1279	0.0072	0.1273	-6.8648	36.5989	18.4045

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 24 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 44 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 45 through 68 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 69 through 78 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 79 through 87 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 88 through 107 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 108 through 114 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 115 through 127 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 128 through 145 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 4 through 17 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 18 through 30 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 31 through 57 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 58 through 67 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 68 through 113 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 114 through 123 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 124 through 151 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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