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万見
- PDB-9big: Stat6 bound to degrader AK-1690 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9big
タイトルStat6 bound to degrader AK-1690
要素Signal transducer and activator of transcription 6
キーワードTRANSCRIPTION / inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mast cell proliferation / mammary gland morphogenesis / positive regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of type 2 immune response / T-helper 1 cell lineage commitment / STAT6-mediated induction of chemokines / interleukin-4-mediated signaling pathway / isotype switching to IgE isotypes / mammary gland epithelial cell proliferation / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT ...regulation of mast cell proliferation / mammary gland morphogenesis / positive regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of type 2 immune response / T-helper 1 cell lineage commitment / STAT6-mediated induction of chemokines / interleukin-4-mediated signaling pathway / isotype switching to IgE isotypes / mammary gland epithelial cell proliferation / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Downstream signal transduction / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / defense response / response to peptide hormone / RNA polymerase II transcription regulator complex / transcription coactivator binding / cytokine-mediated signaling pathway / regulation of cell population proliferation / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / protein phosphatase binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
STAT6, C-terminal / STAT6, SH2 domain / STAT6 C-terminal / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : / STAT transcription factor, coiled-coil domain / STAT protein, DNA binding domain ...STAT6, C-terminal / STAT6, SH2 domain / STAT6 C-terminal / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : / STAT transcription factor, coiled-coil domain / STAT protein, DNA binding domain / STAT protein, protein interaction domain / Signal transducer and activator of transcription, linker domain / STAT protein, protein interaction domain / STAT transcription factor, N-terminal domain superfamily / Transcription factor STAT / STAT transcription factor, coiled coil / p53-like transcription factor, DNA-binding / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Signal transducer and activator of transcription 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.304 Å
データ登録者Mallik, L. / Stuckey, J.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30CA046592 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Discovery of AK-1690: A Potent and Highly Selective STAT6 PROTAC Degrader.
著者: Kaneshige, A. / Yang, Y. / Bai, L. / Wang, M. / Xu, R. / Mallik, L. / Chinnaswamy, K. / Metwally, H. / Wang, Y. / McEachern, D. / Tosovic, J. / Yang, C.Y. / Kirchhoff, P.D. / Meagher, J.L. / ...著者: Kaneshige, A. / Yang, Y. / Bai, L. / Wang, M. / Xu, R. / Mallik, L. / Chinnaswamy, K. / Metwally, H. / Wang, Y. / McEachern, D. / Tosovic, J. / Yang, C.Y. / Kirchhoff, P.D. / Meagher, J.L. / Stuckey, J.A. / Wang, S.
履歴
登録2024年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Signal transducer and activator of transcription 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2412
ポリマ－61,2251
非ポリマー1,0161
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.505, 103.505, 53.059
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Signal transducer and activator of transcription 6 / IL-4 Stat


分子量: 61225.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STAT6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42226
#2: 化合物 ChemComp-A1AQQ / [(2-{[(2S)-1-{(2S,4S)-4-[(7-{2-[(3R)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-4-yl}hept-6-yn-1-yl)oxy]-2-[(2R)-2-phenylmorpholine-4-carbonyl]pyrrolidin-1-yl}-3,3-dimethyl-1-oxobutan-2-yl]carbamoyl}-1-benzothiophen-5-yl)di(fluoro)methyl]phosphonic acid


分子量: 1016.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H56F2N5O11PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.11 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M succinic acid pH 7.0, 15% (w/v) PEG 3350, 6 mM strontium chloride hexahydrate, and 10% mixed additive (0.33% w/v 1,5-Naphthalenedisulfonic acid disodium salt, 0.33% w/v Naphthalene- ...詳細: 0.1 M succinic acid pH 7.0, 15% (w/v) PEG 3350, 6 mM strontium chloride hexahydrate, and 10% mixed additive (0.33% w/v 1,5-Naphthalenedisulfonic acid disodium salt, 0.33% w/v Naphthalene-1,3,6-trisulfonic acid trisodium salt hydrate, 0.33% w/v PIPES, and 0.02 M HEPES sodium pH 6.8)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.127 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.22→50 Å / Num. obs: 10231 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.5 % / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.08 / Χ2: 0.921 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 106933
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.22-3.289.21.0284970.7840.9380.3531.0870.76100
3.28-3.349.80.9175260.830.9520.3040.9670.74499.6
3.34-3.410.40.8944780.8160.9480.2910.9410.879100
3.4-3.4710.70.6615320.8970.9730.2110.6940.862100
3.47-3.5410.60.5265140.9460.9860.1670.5520.88299.8
3.54-3.6310.90.445110.9450.9860.1390.4610.896100
3.63-3.7210.70.345190.9650.9910.1080.3570.94100
3.72-3.8210.50.2745190.980.9950.0870.2880.96599.8
3.82-3.9310.60.2114910.9820.9950.0680.2220.98100
3.93-4.069.90.1675290.990.9980.0550.1760.951100
4.06-4.29.10.1214880.990.9980.0420.1291.01797.2
4.2-4.3710.20.1065140.9950.9990.0340.1110.95799.2
4.37-4.5711.20.0915040.9960.9990.0280.0951.004100
4.57-4.8111.20.0775380.9980.9990.0240.081.022100
4.81-5.1111.30.075060.9980.9990.0220.0730.991100
5.11-5.511.10.0675170.99810.0210.070.956100
5.5-6.06110.0655220.9980.9990.020.0680.99100
6.06-6.9310.50.0565100.99810.0180.0590.932100
6.93-8.739.20.045040.99910.0130.0420.78197.5
8.73-50110.0375120.99910.0120.0390.85299.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (8-JUN-2022)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.304→33.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.899 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.806 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.577
詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH ZERO OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2887 492 5.45 %RANDOM
Rwork0.2046 ---
obs0.2092 9026 94.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 51.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2233 Å20 Å20 Å2
2---0.2233 Å20 Å2
3---0.4467 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.304→33.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3227 0 71 117 3415
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0063432HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.94706HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1216SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes620HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3376HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.41
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.9
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion429SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2723SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.304→3.4 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4002 -7.96 %
Rwork0.2436 347 -
obs--49.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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