PDB-9bif: Fab B11-OspCA complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bif

タイトル

Fab B11-OspCA complex

要素

Outer surface protein C
VH-CH1 domain of B11 Fab
VH-VL domain of B11 Fab

キーワード

IMMUNE SYSTEM / anti-OspCA monoclonal antibody

機能・相同性

external side of cell outer membrane / Lipoprotein, OspC-type / Outer surface protein C-like superfamily / Lipoprotein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / cell surface / membrane / PRASEODYMIUM ION / Outer surface protein C

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.09 Å

データ登録者

Rudolph, M.J. / Mantis, N.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J Immunol. / 年: 2024
タイトル: Structure of a Human Monoclonal Antibody in Complex with Outer Surface Protein C of the Lyme Disease Spirochete, Borreliella burgdorferi.
著者: Rudolph, M.J. / Chen, Y. / Vorauer, C. / Vance, D.J. / Piazza, C.L. / Willsey, G.G. / McCarthy, K. / Muriuki, B. / Cavacini, L.A. / Guttman, M. / Mantis, N.J.

履歴

登録	2024年4月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bif.cif.gz	1.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bif.ent.gz	1.5 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bif.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/9bif ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/9bif	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

H: VH-CH1 domain of B11 Fab

L: VH-VL domain of B11 Fab

A: Outer surface protein C

B: Outer surface protein C

C: VH-CH1 domain of B11 Fab

D: VH-VL domain of B11 Fab

G: VH-CH1 domain of B11 Fab

I: VH-VL domain of B11 Fab

E: Outer surface protein C

F: Outer surface protein C

J: VH-CH1 domain of B11 Fab

K: VH-VL domain of B11 Fab

O: VH-CH1 domain of B11 Fab

P: VH-VL domain of B11 Fab

M: Outer surface protein C

N: Outer surface protein C

Q: VH-CH1 domain of B11 Fab

R: VH-VL domain of B11 Fab

U: VH-CH1 domain of B11 Fab

V: VH-VL domain of B11 Fab

S: Outer surface protein C

T: Outer surface protein C

W: VH-CH1 domain of B11 Fab

X: VH-VL domain of B11 Fab

ヘテロ分子

524 kDa, 24 ポリマー
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1

H: VH-CH1 domain of B11 Fab

L: VH-VL domain of B11 Fab

A: Outer surface protein C

B: Outer surface protein C

C: VH-CH1 domain of B11 Fab

D: VH-VL domain of B11 Fab

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
131 kDa, 6 ポリマー
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2

G: VH-CH1 domain of B11 Fab

I: VH-VL domain of B11 Fab

E: Outer surface protein C

F: Outer surface protein C

J: VH-CH1 domain of B11 Fab

K: VH-VL domain of B11 Fab

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
131 kDa, 6 ポリマー
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3

O: VH-CH1 domain of B11 Fab

P: VH-VL domain of B11 Fab

M: Outer surface protein C

N: Outer surface protein C

Q: VH-CH1 domain of B11 Fab

R: VH-VL domain of B11 Fab

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
131 kDa, 6 ポリマー
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4

U: VH-CH1 domain of B11 Fab

V: VH-VL domain of B11 Fab

S: Outer surface protein C

T: Outer surface protein C

W: VH-CH1 domain of B11 Fab

X: VH-VL domain of B11 Fab

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
131 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	96.737, 97.294, 168.343
Angle α, β, γ (deg.)	97.60, 90.27, 106.21
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABEFMNST

#3: タンパク質	Outer surface protein C / PC 分子量: 17528.031 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア) 遺伝子: ospC, BB_B19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07337

-
抗体 , 2種, 16分子 HCGJOQUWLDIKPRVX

#1: 抗体	VH-CH1 domain of B11 Fab 分子量: 24161.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	VH-VL domain of B11 Fab 分子量: 23641.191 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 234分子

#4: 化合物	ChemComp-PR / PRASEODYMIUM ION 分子量: 140.908 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pr
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.33 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM sodium HEPES [pH 6.5], 18.6% PEG 6K, and 6.6 mM prasseodymium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.09→50 Å / Num. obs: 96279 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 3.1 % / CC_1/2: 0.75 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 3.09→3.15 Å / Num. unique obs: 9069 / CC_1/2: 0.51

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.09→48.62 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 32.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.295	4723	4.91 %
R_work	0.2398	-	-
obs	0.2425	96238	90 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.09→48.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	35347	0	14	220	35581

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	35994
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.968	48802
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.341	4930
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	5664
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	6203

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.09-3.13	0.431	120	0.3173	2359	X-RAY DIFFRACTION	68
3.13-3.16	0.3385	166	0.2929	3021	X-RAY DIFFRACTION	91
3.16-3.2	0.3436	153	0.2795	3012	X-RAY DIFFRACTION	89
3.2-3.24	0.3338	153	0.2838	3042	X-RAY DIFFRACTION	88
3.24-3.28	0.3138	123	0.2894	2739	X-RAY DIFFRACTION	82
3.28-3.33	0.3632	141	0.2897	2717	X-RAY DIFFRACTION	79
3.33-3.38	0.3882	149	0.2978	3107	X-RAY DIFFRACTION	92
3.38-3.43	0.3456	176	0.2876	3210	X-RAY DIFFRACTION	95
3.43-3.48	0.367	156	0.2642	3262	X-RAY DIFFRACTION	95
3.48-3.54	0.3241	184	0.2652	3190	X-RAY DIFFRACTION	95
3.54-3.6	0.3409	184	0.266	3222	X-RAY DIFFRACTION	95
3.6-3.66	0.2897	151	0.2594	3177	X-RAY DIFFRACTION	94
3.66-3.73	0.3079	174	0.2573	3249	X-RAY DIFFRACTION	95
3.73-3.81	0.3281	190	0.2491	3132	X-RAY DIFFRACTION	94
3.81-3.89	0.3142	154	0.2523	3217	X-RAY DIFFRACTION	94
3.89-3.98	0.3218	165	0.2511	3100	X-RAY DIFFRACTION	93
3.98-4.08	0.3229	168	0.2398	3089	X-RAY DIFFRACTION	92
4.08-4.19	0.2605	159	0.2304	3161	X-RAY DIFFRACTION	92
4.19-4.32	0.2605	164	0.2191	3050	X-RAY DIFFRACTION	90
4.32-4.46	0.2529	181	0.2058	2956	X-RAY DIFFRACTION	88
4.46-4.62	0.2601	166	0.21	2923	X-RAY DIFFRACTION	86
4.62-4.8	0.2609	144	0.2124	2734	X-RAY DIFFRACTION	82
4.8-5.02	0.2454	112	0.2129	2726	X-RAY DIFFRACTION	80
5.02-5.28	0.2785	152	0.223	3158	X-RAY DIFFRACTION	93
5.28-5.61	0.287	143	0.229	3239	X-RAY DIFFRACTION	95
5.61-6.05	0.2676	157	0.2329	3252	X-RAY DIFFRACTION	95
6.05-6.65	0.2809	198	0.2371	3135	X-RAY DIFFRACTION	94
6.65-7.61	0.3045	160	0.2342	3174	X-RAY DIFFRACTION	93
7.61-9.58	0.2369	132	0.2002	2932	X-RAY DIFFRACTION	85
9.58-48.62	0.2344	148	0.2039	3230	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3108	-0.29	0.2259	0.7906	-0.0854	0.1949	-0.4727	-0.3368	0.0672	-0.1966	-0.1673	0.1419	-0.2039	-0.6623	-0.0746	0.5487	0.1148	-0.2295	1.5008	0.3323	0.5626	19.6915	-53.5926	18.4672
2	0.7517	-0.1999	0.5756	0.5442	0.0322	0.5653	-0.1835	-0.3723	-0.1204	-0.0545	0.0482	0.0019	-0.0116	0.401	0.1239	0.2111	0.0261	-0.2595	1.4967	0.2898	0.172	18.2795	-47.7614	26.9461
3	3.5986	-2.0917	-0.3886	1.1982	0.2179	0.0474	-0.2736	-0.7966	-1.2463	0.0828	0.0715	0.3653	0.3367	0.2015	-0.2559	0.3727	0.0981	-0.1264	1.4697	0.4771	0.569	2.4237	-56.6245	48.8622
4	2.174	1.3474	-2.5897	2.8134	-0.9139	3.3341	0.223	-0.5742	1.6644	-0.0533	-0.0397	-0.0266	-1.1141	0.4863	-0.2913	0.4835	-0.1145	-0.1104	0.6784	0.0257	0.6859	4.3301	-27.9537	26.5238
5	3.5449	-2.2555	1.0255	1.9588	0.6168	3.3586	-0.0441	0.1856	0.4625	-0.1951	0.2539	0.217	-0.8468	0.6375	-0.0054	0.3577	-0.2856	-0.2278	0.8198	0.1484	0.4625	4.99	-33.9386	16.9076
6	4.245	-1.0875	-2.2111	1.793	0.5917	1.1514	-0.0403	0.0511	0.1743	0.0383	-0.0116	0.1658	-0.6808	1.0284	0.0808	0.351	-0.1929	-0.0257	0.8571	0.1379	0.337	4.466	-34.9881	25.8833
7	4.3066	-2.9121	4.5539	2.8722	-2.8907	6.6037	-0.1956	-0.9734	0.2412	0.5027	0.2373	-0.595	-0.514	0.6025	0.1685	0.4496	0.1328	-0.048	1.5327	-0.0194	0.4911	5.5678	-41.8183	56.1913
8	4.7743	2.0159	2.6469	3.075	-1.6804	4.9915	0.555	0.3736	-1.2172	-0.3735	0.0526	0.0691	0.5412	0.6188	-0.49	0.4021	0.2392	-0.184	0.7815	-0.1279	0.6804	-5.4749	-42.0902	40.0433
9	0.6785	-1.1025	-0.3601	1.9121	0.4111	0.4177	-0.5924	-0.5266	-0.1235	0.4986	0.5434	-0.1565	-0.6126	0.9144	0.0208	0.6496	-0.0049	0.0048	2.2016	0.0318	0.477	5.2809	-39.596	62.1085
10	5.3941	-2.0134	-1.3794	2.2724	1.1517	1.7785	-0.0539	-0.5129	-0.0447	0.0347	0.0294	-0.0913	-0.5824	0.7588	-0.0084	0.5277	-0.0994	-0.125	0.9289	0.1332	0.322	16.3242	-50.5858	-7.0906
11	9.5251	-0.2153	-2.7199	2.231	0.2015	6.7578	0.3551	-0.8648	-0.6961	-0.2148	-0.091	-0.0515	0.4126	0.6728	-0.2839	0.6213	-0.0124	-0.1655	0.774	0.1024	0.3541	30.7473	-59.6446	-8.1799
12	7.7903	-2.2882	0.8926	3.1094	0.1812	1.6521	0.6499	-0.0138	-1.3983	-0.3003	-0.5412	-0.0463	0.2065	0.6532	-0.1293	0.6017	0.0766	-0.1674	1.1671	0.3068	0.5797	24.6736	-69.7797	-9.0922
13	2.6663	-0.178	-1.2639	4.6651	1.1256	2.6785	0.7888	0.0039	-0.6825	-0.7776	-0.7523	0.7462	-0.0059	-0.3248	0.0175	0.4929	0.1029	-0.1756	0.9239	0.0165	0.3683	13.6263	-56.7858	-14.3152
14	1.4752	-0.7006	-0.9046	3.0795	1.3412	0.9448	0.1875	0.2507	0.1937	-0.5272	0.0482	0.4797	0.1283	-0.3912	-0.1142	0.5459	-0.074	-0.3048	1.1018	0.2103	0.312	20.9153	-44.1791	-5.1996
15	2.666	-0.1747	-0.7132	1.4095	1.3472	1.39	0.1792	0.0019	-0.2439	0.186	-0.1241	-0.2838	-0.2123	0.7126	-0.0808	0.4452	-0.0287	-0.035	1.2718	0.1282	0.368	34.7763	-50.1591	-5.8196
16	4.676	0.7545	-3.66	5.1617	1.6281	4.4049	0.1058	-0.0335	-0.1172	-0.1453	0.2531	-0.3245	0.3406	1.2347	-0.373	1.0117	-0.5376	-0.0598	1.7593	-0.0179	0.5732	50.1109	-52.711	-5.9096
17	0.5776	-0.1005	0.5963	0.9793	-0.4741	1.6891	-0.378	-0.1789	0.1227	0.3792	0.2711	-0.4014	-0.0269	0.68	0.117	0.368	-0.13	-0.1612	1.3662	0.1208	0.2831	33.8784	-45.8095	1.2344
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精密化 TLSグループ

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7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and (resid 115 through 164 )
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13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 160 through 199 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 45 through 75 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 76 through 140 )
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17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 146 through 195 )
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19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 1 through 37 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 38 through 127 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 128 through 221 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 1 through 75 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 76 through 114 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 115 through 215 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'G' and (resid 1 through 17 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'G' and (resid 18 through 37 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'G' and (resid 38 through 102 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'G' and (resid 103 through 222 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'I' and (resid 2 through 129 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'I' and (resid 130 through 213 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 44 through 114 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 115 through 140 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 141 through 169 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 170 through 201 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resid 45 through 75 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'F' and (resid 76 through 94 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 95 through 140 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 141 through 198 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'J' and (resid 1 through 17 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'J' and (resid 18 through 36 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'J' and (resid 37 through 78 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'J' and (resid 79 through 127 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'J' and (resid 128 through 221 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'K' and (resid 1 through 38 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'K' and (resid 39 through 75 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'K' and (resid 76 through 114 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'K' and (resid 115 through 164 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'K' and (resid 165 through 214 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'O' and (resid 1 through 17 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'O' and (resid 18 through 62 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'O' and (resid 63 through 112 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'O' and (resid 113 through 127 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'O' and (resid 128 through 196 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'O' and (resid 197 through 221 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'P' and (resid 2 through 38 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'P' and (resid 39 through 114 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'P' and (resid 115 through 211 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'M' and (resid 45 through 75 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'M' and (resid 76 through 169 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'M' and (resid 170 through 198 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'N' and (resid 44 through 85 )
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'N' and (resid 86 through 201 )
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'Q' and (resid 1 through 17 )
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'Q' and (resid 18 through 37 )
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'Q' and (resid 38 through 102 )
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'Q' and (resid 103 through 221 )
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'R' and (resid 1 through 25 )
68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'R' and (resid 26 through 61 )
69	X-RAY DIFFRACTION	69	chain 'R' and (resid 62 through 114 )
70	X-RAY DIFFRACTION	70	chain 'R' and (resid 115 through 214 )
71	X-RAY DIFFRACTION	71	chain 'U' and (resid 1 through 37 )
72	X-RAY DIFFRACTION	72	chain 'U' and (resid 38 through 73 )
73	X-RAY DIFFRACTION	73	chain 'U' and (resid 74 through 127 )
74	X-RAY DIFFRACTION	74	chain 'U' and (resid 128 through 221 )
75	X-RAY DIFFRACTION	75	chain 'V' and (resid 2 through 75 )
76	X-RAY DIFFRACTION	76	chain 'V' and (resid 76 through 129 )
77	X-RAY DIFFRACTION	77	chain 'V' and (resid 130 through 212 )
78	X-RAY DIFFRACTION	78	chain 'S' and (resid 43 through 89 )
79	X-RAY DIFFRACTION	79	chain 'S' and (resid 90 through 140 )
80	X-RAY DIFFRACTION	80	chain 'S' and (resid 141 through 169 )
81	X-RAY DIFFRACTION	81	chain 'S' and (resid 170 through 199 )
82	X-RAY DIFFRACTION	82	chain 'T' and (resid 44 through 75 )
83	X-RAY DIFFRACTION	83	chain 'T' and (resid 76 through 89 )
84	X-RAY DIFFRACTION	84	chain 'T' and (resid 90 through 140 )
85	X-RAY DIFFRACTION	85	chain 'T' and (resid 141 through 151 )
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87	X-RAY DIFFRACTION	87	chain 'T' and (resid 170 through 199 )
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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