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- PDB-9bhz: Structure of FbsH, an NRPS adenylation domain in the fimsbactin b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bhz
タイトルStructure of FbsH, an NRPS adenylation domain in the fimsbactin biosynthetic pathway bound to Salicyl-AMS
要素2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase
キーワードLIGASE/INHIBITOR / NRPS Adenylation Domain Nonribosomal peptide siderophore Inhibitor / LIGASE / LIGASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


medium-chain fatty acid-CoA ligase activity / fatty acid metabolic process
類似検索 - 分子機能
ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-O-[(2-hydroxybenzoyl)sulfamoyl]adenosine / 2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Ahmed, S.F. / Gulick, A.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM136235 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Expanding the Substrate Selectivity of the Fimsbactin Biosynthetic Adenylation Domain, FbsH.
著者: Ahmed, S.F. / Balutowski, A. / Yang, J. / Wencewicz, T.A. / Gulick, A.M.
履歴
登録2024年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase
B: 2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,6856
ポリマ－128,6282
非ポリマー1,0574
水3,279182
1
A: 2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8423
ポリマ－64,3141
非ポリマー5282
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8423
ポリマ－64,3141
非ポリマー5282
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.329, 74.170, 75.557
Angle α, β, γ (deg.)85.05, 69.91, 70.09
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase


分子量: 64313.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The protein contains an uncleaved, N-terminal His-tag thrombin cleavage site, and T7 tag.
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
株: ATCC 17978 / 遺伝子: AUO97_01775
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A5P1UDB1
#2: 化合物 ChemComp-KT0 / 5'-O-[(2-hydroxybenzoyl)sulfamoyl]adenosine / (2-ヒドロキシベンゾイル)スルファミン酸5′-アデノシル


分子量: 466.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18N6O8S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15% PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.6 mM Salicyl-AMS

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03373 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→35.58 Å / Num. obs: 52019 / % possible obs: 97.95 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 42.68 Å2 / CC1/2: 0.968 / CC star: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.1872 / Rpim(I) all: 0.1202 / Rrim(I) all: 0.2234 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 1.183 / Mean I/σ(I) obs: 1.19 / Num. unique obs: 5132 / CC1/2: 0.714 / CC star: 0.913 / Rpim(I) all: 0.7654 / % possible all: 96.05

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.22→35.58 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2392 1995 3.84 %
Rwork0.1975 --
obs0.1991 51903 97.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→35.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7418 0 72 182 7672
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087627
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.898
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.0411047
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541201
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071334
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.22-2.280.32531410.28483497X-RAY DIFFRACTION96
2.28-2.340.35271510.2643534X-RAY DIFFRACTION97
2.34-2.410.28981300.24143521X-RAY DIFFRACTION97
2.41-2.490.26951400.23523521X-RAY DIFFRACTION97
2.49-2.580.31221460.22793574X-RAY DIFFRACTION98
2.58-2.680.28541290.23033560X-RAY DIFFRACTION98
2.68-2.80.25771450.23023553X-RAY DIFFRACTION98
2.8-2.950.24941450.20893573X-RAY DIFFRACTION98
2.95-3.140.27311480.21353590X-RAY DIFFRACTION98
3.14-3.380.27721470.20853569X-RAY DIFFRACTION99
3.38-3.720.23021470.19243589X-RAY DIFFRACTION99
3.72-4.250.19161370.1673596X-RAY DIFFRACTION99
4.25-5.360.19751480.1643601X-RAY DIFFRACTION99
5.36-35.580.21671410.18563630X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.23240.1584-2.0285.71171.27849.99190.43210.6935-0.2-0.0724-0.32860.13760.3398-1.233-0.10280.47320.1158-0.0490.7094-0.14430.4971-11.792443.493525.7407
21.70140.5971-0.04042.3354-0.03191.22150.0375-0.04240.0293-0.0392-0.00660.06290.0027-0.0787-0.03060.2061-0.0025-0.02240.2517-0.03650.2234-0.060812.933917.1093
31.9004-0.2144-0.95891.72580.14133.79220.0060.0246-0.0143-0.0229-0.070.0234-0.004-0.05630.05940.2406-0.0389-0.03230.2596-0.02570.25221.6129-14.2996-15.6403
40.5326-0.05050.92530.6288-0.32932.02260.1993-0.3214-0.2539-0.2538-0.03960.02520.468-1.0765-0.15870.9432-0.1931-0.2251.0407-0.22380.8386-4.0185-48.2458-26.085
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 440 through 526 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1 through 439 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 439 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 451 through 522 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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