PDB-9bhs: Crystal structure of the WDR domain of human DCAF1 in complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bhs

タイトル

Crystal structure of the WDR domain of human DCAF1 in complex with OICR-9939 compound

要素

DDB1- and CUL4-associated factor 1

キーワード

TRANSFERASE / WD-repeat / WDR / DCAF1 / SGC / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Structural Genomics Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

cell competition in a multicellular organism / histone H2AT120 kinase activity / V(D)J recombination / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / post-translational protein modification / B cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / fibrillar center / positive regulation of protein catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.43 Å

データ登録者

kimani, S. / Dong, A. / Li, Y. / Seitova, A. / Al-Awar, R. / Wilson, B. / Ackloo, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)

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引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the WDR domain of human DCAF1 in complex with OICR-9939 compound
著者: kimani, S. / Dong, A. / Li, Y. / Seitova, A. / Al-Awar, R. / Wilson, B. / Ackloo, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L.

履歴

登録	2024年4月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bhs.cif.gz	282.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bhs.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bhs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9bhs_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9bhs_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	9bhs_validation.xml.gz	28 KB	表示
CIF形式データ	9bhs_validation.cif.gz	42.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/9bhs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/9bhs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DDB1- and CUL4-associated factor 1

B: DDB1- and CUL4-associated factor 1

ヘテロ分子

72.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DDB1- and CUL4-associated factor 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DDB1- and CUL4-associated factor 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.442, 87.884, 73.075
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.75, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	DDB1- and CUL4-associated factor 1 / HIV-1 Vpr-binding protein / VprBP / Serine/threonine-protein kinase VPRBP / Vpr-interacting protein 分子量: 35592.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCAF1, KIAA0800, RIP, VPRBP 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9Y4B6, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-A1APJ / (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-1H-pyrrole-3-carboxamide 分子量: 518.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₁₉Cl₂F₂N₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.33 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 30% PEG2000 Monoethyl Ether, 0.2 M Potassium Bromide

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.43→50 Å / Num. obs: 108966 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.045 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.049 / Χ²: 0.734 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 721964

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.43-1.45	5.5	0.463	4542	0.898	0.973	0.21	0.511	0.51	81.7
1.45-1.48	6.2	0.414	5206	0.934	0.983	0.179	0.452	0.521	93.9
1.48-1.51	6.7	0.361	5566	0.958	0.989	0.15	0.392	0.525	99.3
1.51-1.54	6.7	0.302	5517	0.968	0.992	0.125	0.328	0.554	99
1.54-1.57	6.7	0.247	5505	0.979	0.995	0.103	0.268	0.57	98.7
1.57-1.61	6.6	0.215	5512	0.982	0.995	0.09	0.234	0.562	98.5
1.61-1.65	6.4	0.184	5397	0.985	0.996	0.078	0.201	0.568	97
1.65-1.7	6.4	0.154	5356	0.988	0.997	0.065	0.167	0.581	96.2
1.7-1.75	6.8	0.134	5593	0.992	0.998	0.055	0.145	0.606	99.5
1.75-1.8	6.8	0.113	5545	0.994	0.998	0.046	0.122	0.629	99.2
1.8-1.87	6.7	0.094	5522	0.995	0.999	0.039	0.102	0.664	98.7
1.87-1.94	6.6	0.077	5463	0.996	0.999	0.032	0.084	0.724	97.8
1.94-2.03	6.3	0.065	5363	0.997	0.999	0.028	0.071	0.805	96.1
2.03-2.14	6.9	0.06	5559	0.997	0.999	0.025	0.065	0.897	99.4
2.14-2.27	6.9	0.051	5554	0.998	0.999	0.021	0.056	0.909	99.3
2.27-2.45	6.8	0.046	5556	0.998	1	0.019	0.049	0.891	98.6
2.45-2.69	6.6	0.041	5456	0.999	1	0.017	0.045	0.927	97.2
2.69-3.08	7.1	0.037	5585	0.999	1	0.015	0.04	1.04	99.4
3.08-3.88	6.6	0.031	5515	0.999	1	0.013	0.033	1.089	97.7
3.88-50	6.9	0.027	5654	0.999	1	0.011	0.029	0.943	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		data processing
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.43→42.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 2.064 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.058 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16957	5396	5 %	RANDOM
R_work	0.1405	-	-	-
obs	0.14194	103543	97.14 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.638 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.86 Å²	-0 Å²	-0.53 Å²
2-	-	-1.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.43→42.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4698	0	75	496	5269

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	5183
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	4584
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.348	1.787	7101
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.506	1.76	10533
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.547	5	659
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.77	5	27
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.062	10	775
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	774
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6531
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.349	1.696	2549
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.343	1.695	2548
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.319	3.043	3228
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.32	3.043	3229
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.855	1.882	2634
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.854	1.882	2634
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.932	3.366	3871
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.071	19.72	5466
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.078	17.56	5330
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.085	3	9767
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.43→1.466 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.21	361	-
R_work	0.195	6452	-
obs	-	-	82.43 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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