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万見
- PDB-9bhk: MerTK in complex with small molecule inhibitor 6-{1-[6-(3-hydroxy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bhk
タイトルMerTK in complex with small molecule inhibitor 6-{1-[6-(3-hydroxy-3-methylbutoxy)-1,3-benzoxazol-2-yl]azetidin-3-yl}-3-[(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)amino]pyrazine-2-carboxamide
要素Tyrosine-protein kinase Mer
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / Transferase kinase ATP competitive inhibitor / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of leukocyte apoptotic process / negative regulation of lymphocyte activation / neutrophil clearance / natural killer cell differentiation / secretion by cell / negative regulation of cytokine production / vagina development / photoreceptor outer segment / phagocytosis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity ...negative regulation of leukocyte apoptotic process / negative regulation of lymphocyte activation / neutrophil clearance / natural killer cell differentiation / secretion by cell / negative regulation of cytokine production / vagina development / photoreceptor outer segment / phagocytosis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of phagocytosis / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / establishment of localization in cell / receptor protein-tyrosine kinase / platelet activation / cell migration / nervous system development / cell-cell signaling / retina development in camera-type eye / spermatogenesis / cell surface receptor signaling pathway / protein phosphorylation / receptor complex / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / extracellular space / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Fibronectin type III domain / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Fibronectin type III domain / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Tyrosine-protein kinase Mer
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.106 Å
データ登録者Jakob, C.G. / Gurbani, D. / Qiu, W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Discovery of Potent Azetidine-Benzoxazole MerTK Inhibitors with In Vivo Target Engagement.
著者: Frey, R.R. / Jana, N. / Gorman, J.V. / Wang, J. / Smith, H.A. / Bromberg, K.D. / Thakur, A. / Doktor, S.Z. / Indulkar, A.S. / Jakob, C.G. / Upadhyay, A.K. / Qiu, W. / Manaves, V. / Gambino Jr. ...著者: Frey, R.R. / Jana, N. / Gorman, J.V. / Wang, J. / Smith, H.A. / Bromberg, K.D. / Thakur, A. / Doktor, S.Z. / Indulkar, A.S. / Jakob, C.G. / Upadhyay, A.K. / Qiu, W. / Manaves, V. / Gambino Jr., F. / Valentino, S.A. / Montgomery, D. / Zhou, Y. / Li, T. / Buchanan, F.G. / Ferguson, D.C. / Kurnick, M.D. / Kapecki, N. / Lai, A. / Michaelides, M.R. / Penning, T.D.
履歴
登録2024年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase Mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0416
ポリマ－37,4071
非ポリマー6345
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.385, 80.385, 135.383
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase Mer / Proto-oncogene c-Mer / Receptor tyrosine kinase MerTK


分子量: 37407.020 Da / 分子数: 1 / 断片: tyrosine kinase domain (UNP residues 578-872) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MERTK, MER
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q12866, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-A1APH / 6-{1-[6-(3-hydroxy-3-methylbutoxy)-1,3-benzoxazol-2-yl]azetidin-3-yl}-3-[(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)amino]pyrazine-2-carboxamide


分子量: 492.530 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H28N8O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.92 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 3.0 M sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.653→68.713 Å / Num. obs: 37375 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 50.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.653→1.821 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 1.677 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 482 / Rsym value: 1.677 / % possible all: 98.24

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER2.11.8 (16-JUL-2021)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.106→24.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU R Cruickshank DPI: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.182 / SU Rfree Blow DPI: 0.154 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.149
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2292 1294 5.04 %RANDOM
Rwork0.2067 ---
obs0.2079 25666 97.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 102.87 Å2 / Biso mean: 53.45 Å2 / Biso min: 28.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.4429 Å20 Å20 Å2
2---5.4429 Å20 Å2
3---10.8857 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.106→24.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2204 0 40 170 2414
Biso mean--46.85 54.92 -
残基数----277
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d816SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes405HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2308HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion292SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2023SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2308HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3127HARMONIC20.88
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.88
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.21
LS精密化 シェル解像度: 2.11→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3215 32 6.23 %
Rwork0.281 482 -
all0.2831 514 -
obs--98.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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