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- PDB-9bhc: Salmonella undecaprenyl-phosphate 4-deoxy-4-formamido-L-arabinose... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bhc
タイトルSalmonella undecaprenyl-phosphate 4-deoxy-4-formamido-L-arabinose transferase (ArnC)
要素Undecaprenyl-phosphate 4-deoxy-4-formamido-L-arabinose transferase
キーワードMEMBRANE PROTEIN / transferase / glycolipid biosynthesis / Structural Genomics / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID
機能・相同性
機能・相同性情報


undecaprenyl-phosphate 4-deoxy-4-formamido-L-arabinose transferase / undecaprenyl-phosphate 4-deoxy-4-formamido-L-arabinose transferase activity / 4-amino-4-deoxy-alpha-L-arabinopyranosyl undecaprenyl phosphate biosynthetic process / phosphotransferase activity, for other substituted phosphate groups / lipopolysaccharide biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Undecaprenyl-phosphate 4-deoxy-4-formamido-L-arabinose transferase / : / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
Undecaprenyl-phosphate 4-deoxy-4-formamido-L-arabinose transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Guo, Y. / Borek, D. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Protein Sci / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM SPR structures of Salmonella typhimurium ArnC; the key enzyme in lipid-A modification conferring polymyxin resistance.
著者: Dhruvin H Patel / Elina Karimullina / Yirui Guo / Cameron Semper / Deepak T Patel / Tabitha Emde / Dominika Borek / Alexei Savchenko /
要旨: Polymyxins are last-resort antimicrobial peptides administered clinically against multi-drug resistant bacteria, specifically in the case of Gram-negative species. However, an increasing number of ...Polymyxins are last-resort antimicrobial peptides administered clinically against multi-drug resistant bacteria, specifically in the case of Gram-negative species. However, an increasing number of these pathogens employ a defense strategy that involves a relay of enzymes encoded by the pmrE (ugd) loci and the arnBCDTEF operon. The pathway modifies the lipid-A component of the outer membrane (OM) lipopolysaccharide (LPS) by adding a 4-amino-4-deoxy-l-arabinose (L-Ara4N) headgroup, which renders polymyxins ineffective. Here, we report the cryo-EM SPR structures of glycosyltransferase ArnC from Salmonella typhimurium determined in apo and UDP-bound forms at resolutions 2.75 Å and 3.8 Å, respectively. The structure of the ArnC protomer comprises three distinct regions: an N-terminal glycosyltransferase domain, transmembrane region, and the interface helices (IHs). ArnC forms a tetramer with C2 symmetry, where the C-terminal strand inserts into the adjacent protomer. This tetrameric state is further stabilized by two distinct interfaces formed by ArnC that form a network of hydrogen bonds and salt bridges. The binding of UDP induces conformational changes that stabilize the loop between residues H201 to S213, and part of the putative catalytic pocket formed by IH1 and IH2. The surface property analysis revealed a hydrophobic cavity formed by TM1 and TM2 in the apo state, which is disrupted upon UDP binding. The comparison of ArnC structures to their homologs GtrB and DPMS suggests the key residues involved in ArnC catalytic activity.
履歴
登録2024年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月26日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: em_admin / em_entity_assembly_naturalsource / entity_src_gen
Item: _em_admin.last_update / _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id ..._em_admin.last_update / _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id / _em_entity_assembly_naturalsource.organism / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.12025年2月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Experimental summary / Source and taxonomy / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
カテゴリ: em_admin / em_entity_assembly_naturalsource / entity_src_gen
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Undecaprenyl-phosphate 4-deoxy-4-formamido-L-arabinose transferase
D: Undecaprenyl-phosphate 4-deoxy-4-formamido-L-arabinose transferase
A: Undecaprenyl-phosphate 4-deoxy-4-formamido-L-arabinose transferase
B: Undecaprenyl-phosphate 4-deoxy-4-formamido-L-arabinose transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,2214
ポリマ－146,2214
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Undecaprenyl-phosphate 4-deoxy-4-formamido-L-arabinose transferase / Undecaprenyl-phosphate Ara4FN transferase / Ara4FN transferase


分子量: 36555.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: arnC, pmrF, A7D45_16095, AL463_15935, ASQ14_23645, ATP91_09815, ATQ15_08305, ATR96_07550, AZF90_19445, BH006_03370, CIC26_13560, CQW68_14900, D3346_04750, D3Q81_13430, DT651_10455, EAW95_ ...遺伝子: arnC, pmrF, A7D45_16095, AL463_15935, ASQ14_23645, ATP91_09815, ATQ15_08305, ATR96_07550, AZF90_19445, BH006_03370, CIC26_13560, CQW68_14900, D3346_04750, D3Q81_13430, DT651_10455, EAW95_08415, EBH50_05830, EKD96_13640, F2D26_03380, FJR52_16380, GCH85_08890, NCTC6385_01766, ND68_10730, VH79_14330
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A663DHR7, undecaprenyl-phosphate 4-deoxy-4-formamido-L-arabinose transferase
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ArnC homo tetramer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 311189 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 2.75→113.424 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / WRfactor Rwork: 0.359 / SU B: 9.641 / SU ML: 0.175 / Average fsc overall: 0.7351 / Average fsc work: 0.7351 / ESU R: 0.309 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rwork0.359 136308 -
all0.359 --
Rfree--0 %
obs--100 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 109.868 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.010.0139782
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0320.0159668
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.311.63213252
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.5341.5722140
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg4.86651222
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg29.11620.52500
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg14.014151712
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg16.2981588
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0780.21330
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0070.0210904
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0030.022280
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined0.1940.24606
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbd_other0.1830.219092
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined0.1730.29968
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbtor_other0.0780.211996
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined0.2040.2432
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0860.28
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it10.20110.6894912
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other10.20110.6874911
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it15.24616.0816126
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other15.24616.0836127
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it12.69712.4624870
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other12.69512.4564868
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it20.22418.0387126
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other20.22518.0387126
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_it29.011207.24838769
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_other29.007207.20438762
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_10.1930.0516774
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_20.0420.0519320
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_30.1910.0516812
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_40.1940.0516776
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_50.0570.0519270
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_60.1930.0516818
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Num. reflection Rfree: _ / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc workWRfactor Rwork
2.75-2.8211.557100971.557100970.1911.557
2.821-2.8991.54398061.54398060.3081.543
2.899-2.9831.38196011.38196010.4151.381
2.983-3.0741.15692721.15692720.5461.156
3.074-3.1750.84589010.84589010.6670.845
3.175-3.2870.60687800.60687800.7750.606
3.287-3.410.42583810.42583810.8370.425
3.41-3.550.3181340.3181340.8810.31
3.55-3.7070.26376940.26376940.9150.263
3.707-3.8880.2773920.2773920.9270.27
3.888-4.0980.30270210.30270210.9340.302
4.098-4.3460.33467380.33467380.9510.334
4.346-4.6460.34462190.34462190.9590.344
4.646-5.0170.31158160.31158160.9530.311
5.017-5.4950.2753870.2753870.9410.27
5.495-6.1420.24748550.24748550.9230.247
6.142-7.0890.2742700.2742700.9080.27
7.089-8.6740.25936150.25936150.9190.259
8.674-12.2310.20627870.20627870.9560.206
12.231-113.4240.57315420.57315420.9790.573

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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