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- PDB-9bh3: Structure of apo Aggregatibacter actinomycetemcomitans SiaP protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bh3
タイトルStructure of apo Aggregatibacter actinomycetemcomitans SiaP protein
要素DctP family TRAP transporter solute-binding subunit
キーワードMEMBRANE PROTEIN / SOME MACROMOLECULE
機能・相同性TRAP transporter solute receptor, DctP family / TRAP transporter solute receptor DctP / TRAP transporter solute receptor DctP superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / ACETATE ION / DctP family TRAP transporter solute-binding subunit
機能・相同性情報
生物種Aggregatibacter actinomycetemcomitans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者King-Hudson, T.-R.J. / Davies, J.S. / Dobson, R.C.J.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Marsden FundUOC1506 ニュージーランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of apo Aggregatibacter actinomycetemcomitans SiaP protein
著者: King-Hudson, T.-R.J. / Davies, J.S.
履歴
登録2024年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DctP family TRAP transporter solute-binding subunit
B: DctP family TRAP transporter solute-binding subunit
C: DctP family TRAP transporter solute-binding subunit
D: DctP family TRAP transporter solute-binding subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,4816
ポリマ－136,3634
非ポリマー1182
水88349
1
A: DctP family TRAP transporter solute-binding subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1502
ポリマ－34,0911
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DctP family TRAP transporter solute-binding subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1502
ポリマ－34,0911
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: DctP family TRAP transporter solute-binding subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0911
ポリマ－34,0911
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: DctP family TRAP transporter solute-binding subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0911
ポリマ－34,0911
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.667, 141.394, 109.405
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.491, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
DctP family TRAP transporter solute-binding subunit / SiaP


分子量: 34090.652 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aggregatibacter actinomycetemcomitans (バクテリア)
遺伝子: FXB68_07930 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5D0EK58
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.15 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Drops consisting of 400 nL of mother-liquor and protein solution (AaSiaP at 20 mg/mL along with and without 0.75 mM Neu5Ac in SEC buffer) were mixed using the Mosquito Protein Crystallization ...詳細: Drops consisting of 400 nL of mother-liquor and protein solution (AaSiaP at 20 mg/mL along with and without 0.75 mM Neu5Ac in SEC buffer) were mixed using the Mosquito Protein Crystallization System and the sitting-drop vapor-diffusion method and incubated at 20 C. Apo AaSiaP crystals that grew in SG1 conditions C11 (0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 30% (w/v) PEG 8000)

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→48.64 Å / Num. obs: 61226 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.58→2.65 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2476 / CC1/2: 0.783

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.58→48.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 28.125 / SU ML: 0.247 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.35 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21965 3158 5.2 %RANDOM
Rwork0.18906 ---
obs0.19069 58058 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.518 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.53 Å2-0 Å2-0.9 Å2
2--1.09 Å2-0 Å2
3----0.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58→48.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9608 0 8 49 9665
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0179798
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0169388
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.531.83113238
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5221.56721676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0935.0811240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.228101748
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.21476
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022156
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4973.144894
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4843.1394892
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.2335.6346108
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.2385.6356109
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6863.5944904
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.6563.5914900
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.2296.3787125
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.71431.0610747
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.71431.0610744
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.647 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 243 -
Rwork0.333 4220 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4790.20470.51740.9232-0.07621.95830.1257-0.09930.05940.0194-0.07-0.0814-0.05810.1312-0.05570.5816-0.01440.19470.0351-0.00630.0764-19.348-26.67729.113
21.6263-0.3767-1.02012.06710.34491.88150.0456-0.0362-0.02190.2701-0.1413-0.00470.0607-0.11190.09560.51860.0240.1250.06930.02660.0477-50.885-7.61929.864
30.82350.08170.46111.10310.56112.3069-0.10910.0996-0.0489-0.0660.13460.0094-0.02870.1367-0.02560.5013-0.0820.1590.0845-0.01630.0533-26.481-72.83826.62
42.24450.0541-0.44711.44640.44972.48710.00670.1088-0.0758-0.2121-0.03080.09750.0627-0.15230.0240.55370.10090.13660.07250.02830.0551-25.544-32.571-26.758
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 3:308 )A3 - 308
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 3:308 )B3 - 308
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 3:308 )C3 - 308
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 3:308 )D3 - 308

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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