PDB-9bfo: BCAT mutant 36E

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bfo

タイトル

BCAT mutant 36E

要素

Branched-chain-amino-acid aminotransferase, cytosolic

キーワード

TRANSFERASE / aminotransferase / mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

branched-chain-amino-acid transaminase activity / L-leucine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-valine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-isoleucine-2-oxoglutarate transaminase activity / branched-chain amino acid biosynthetic process / branched-chain-amino-acid transaminase / L-leucine biosynthetic process / Branched-chain amino acid catabolism / L-valine biosynthetic process / lipid metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.663 Å

データ登録者

Dong, M. / Dare, E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2025
タイトル: Crystal structures of the phosphorylation mimics of human cytosolic branched chain aminotransferase.
著者: Dare, E.S. / Newman, R.H. / Conway, M.E. / Dong, M.

履歴

登録	2024年4月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bfo.cif.gz	166.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bfo.ent.gz	123.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bfo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/9bfo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/9bfo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9bfaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Branched-chain-amino-acid aminotransferase, cytosolic

B: Branched-chain-amino-acid aminotransferase, cytosolic

82.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.962, 106.896, 110.477
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Branched-chain-amino-acid aminotransferase, cytosolic / BCAT(c) 分子量: 41271.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCAT1, BCT1, ECA39 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P54687, branched-chain-amino-acid transaminase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.82 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 18% PEG 3350, 200 mM MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.663→76.822 Å / Num. obs: 992392 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 11.4 % / CC_1/2: 0.986 / R_merge(I) obs: 0.148 / R_pim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 1.663→1.692 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 53438 / CC_1/2: 0.294

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.663→76.822 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 4.472 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.117 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2469	4161	4.895 %
R_work	0.2046	80846	-
all	0.207	-	-
obs	-	85007	90.687 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.482 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.44 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.438 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.001 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.663→76.822 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5634	0	30	286	5950

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	5808
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5459
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.873	1.831	7908
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.656	1.743	12600
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.829	5	713
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.483	5	29
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.739	10	961
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.133	10	247
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	882
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	6760
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1282
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	5006
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	2828
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	3043
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	262
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.138	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.169	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.084	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.363	3.29	2864
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.361	3.29	2864
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.423	5.886	3573
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.43	5.887	3574
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.571	3.725	2944
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.573	3.727	2941
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.736	6.658	4335
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.735	6.657	4336
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.841	31.383	6338
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.838	31.377	6299

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.663-1.706	0.477	284	0.442	5790	0.444	6855	0.778	0.805	88.6069	0.439
1.706-1.753	0.414	250	0.436	4582	0.435	6698	0.816	0.812	72.1409	0.432
1.753-1.804	0.38	364	0.389	5970	0.389	6505	0.873	0.859	97.3713	0.387
1.804-1.859	0.352	357	0.323	5921	0.325	6298	0.888	0.898	99.6824	0.32
1.859-1.92	0.329	174	0.328	4198	0.328	6107	0.898	0.906	71.59	0.315
1.92-1.988	0.277	249	0.283	4814	0.283	5926	0.896	0.923	85.4371	0.26
1.988-2.063	0.279	264	0.227	5295	0.23	5733	0.941	0.959	96.9649	0.206
2.063-2.147	0.27	221	0.213	4502	0.215	5552	0.949	0.964	85.0684	0.188
2.147-2.242	0.243	276	0.208	4968	0.21	5268	0.957	0.967	99.5444	0.188
2.242-2.351	0.267	184	0.202	4216	0.204	5085	0.918	0.973	86.529	0.174
2.351-2.479	0.249	237	0.186	4612	0.189	4856	0.96	0.978	99.8558	0.161
2.479-2.629	0.283	219	0.19	4337	0.194	4571	0.949	0.977	99.6718	0.167
2.629-2.81	0.248	179	0.192	3483	0.195	4330	0.961	0.976	84.5728	0.174
2.81-3.035	0.248	195	0.191	3817	0.194	4013	0.962	0.976	99.9751	0.18
3.035-3.324	0.249	187	0.201	3542	0.203	3730	0.96	0.976	99.9732	0.196
3.324-3.715	0.27	126	0.202	2724	0.205	3398	0.933	0.975	83.8729	0.202
3.715-4.289	0.208	136	0.168	2601	0.17	3001	0.978	0.983	91.2029	0.182
4.289-5.248	0.164	127	0.137	2381	0.138	2563	0.986	0.99	97.8541	0.162
5.248-7.405	0.23	71	0.175	1956	0.177	2027	0.974	0.984	100	0.196
7.405-76.822	0.145	61	0.163	1136	0.162	1198	0.982	0.983	99.9165	0.208

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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